Класс: BioMap
Отфильтруйте чтения последовательности флагом SAM
Indices = filterByFlag(BioObj, FlagName, FlagValue)
Indices = filterByFlag(BioObj, Subset, FlagName, FlagValue)
Indices = filterByFlag(..., FlagName1, FlagValue1, FlagName2, FlagValue2,
...)
Indices = filterByFlag(BioObj, FlagName, FlagValue)Indices, вектор из логических индексов, указывая на последовательности чтения в BioObjA BioMap объект, с FlagName установите на FlagValue.
Indices = filterByFlag(BioObj, Subset, FlagName, FlagValue)Indices, вектор из логических индексов, указывая на последовательности чтения, которые соответствуют заданным критериям от подмножества записей в a BioMap объект.
Indices = filterByFlag(..., FlagName1, FlagValue1, FlagName2, FlagValue2,
...)
|
Объект |
|
Любое из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
|
|
Вектор символов или строка, задающая один из следующих флагов, чтобы отфильтровать:
|
|
Логическое значение, указывающее на состояние флага. |
|
Вектор из логических индексов, указывая на последовательности чтения в |
Создайте a BioMap объект, и затем определяет последовательности чтения, которые и сопоставлены в соответствующей паре и сначала в паре:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Filter the elements using 'pairedInMap' and 'readIsFirst' flags
Indices = filterByFlag(BMObj1, 'pairedInMap', true,...
'readIsFirst', true);
% Return the headers of the filtered elements
filtered_Headers = BMObj1.Header(Indices);