mzcdf2peaks

Преобразуйте mzCDF структуру, чтобы достигнуть максимума список

Синтаксис

[Peaklist, Times] = mzcdf2peaks(mzCDFStruct)

Входные параметры

mzCDFStruct

MATLAB® структура, содержащая информацию из файла NetCDF, такой как один созданный mzcdfread функция. Его поля соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле NetCDF. Если переменная NetCDF содержит локальные атрибуты, дополнительное поле создается с именем поля, являющегося именем переменной, добавленным с _attributes. Номер и имена полей будут варьироваться, в зависимости от массового программного обеспечения спектрометра, но обычно существует mass_values и intensity_values поля .

Выходные аргументы

Peaklist

Любое из следующего:

  • Матрица 2D столбца, где первый столбец содержит массу/заряд (m/z) значения и второй столбец, содержит ионные значения интенсивности.

  • Массив ячеек пиковых списков, где каждым элементом является матрица 2D столбца m/z значений и ионных значений интенсивности и каждого элемента, соответствует время задержания или спектру.

Times

Скаляр вектора времен задержания, сопоставленных с жидкостной хроматографией / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных. Если Times вектор, число элементов равняется количеству пиковых списков, содержавшихся в Peaklist.

Описание

[Peaklist, Times] = mzcdf2peaks(mzCDFStruct) извлечения достигают максимума информация от mzCDFStruct, структура MATLAB, содержащая информацию из файла NetCDF, такой как один созданный mzcdfread функция, и создает Peaklist, одна матрица или массив ячеек матриц, содержащих массу/заряд (m/z) значения и ионные значения интенсивности и Times, скаляр или вектор времен задержания, сопоставленных с жидкостной хроматографией / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных.

mzCDFStruct содержит поля, которые соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле NetCDF. Если переменная NetCDF содержит локальные атрибуты, дополнительное поле создается с именем поля, являющегося именем переменной, добавленным с _attributes. Номер и имена полей будут варьироваться, в зависимости от массового программного обеспечения спектрометра, но обычно существует mass_values и intensity_values поля .

Примеры

В следующем примере, файл results.cdf не обеспечивается.

  1. Используйте mzcdfread функционируйте, чтобы считать файл NetCDF в программное обеспечение MATLAB как структура. Затем извлеките пиковую информацию из структуры.

    mzcdf_struct = mzcdfread('results.cdf');
    [peaks,time] = mzcdf2peaks(mzcdf_struct)
    
    peaks = 
    
        [7008x2 single]
        [7008x2 single]
        [7008x2 single]
        [7008x2 single]
    
    time =
    
        8.3430
       12.6130
       16.8830
       21.1530
    
  2. Создайте карту цветов, содержащую цвет для каждого пикового списка (время задержания).

    colors = hsv(numel(peaks));
    
  3. Создайте 3-D фигуру peaks и добавьте метки в него.

    figure
    hold on
    
    for i = 1:numel(peaks)
        t = repmat(time(i),size(peaks{i},1),1);
        plot3(t,peaks{i}(:,1),peaks{i}(:,2),'color',colors(i,:))
    end
    
    view(70,60)
    xlabel('Time')
    ylabel(mzcdf_struct.mass_axis_label)
    zlabel(mzcdf_struct.intensity_axis_label)
    

Смотрите также

| | |

Представленный в R2008b