Преобразуйте mzXML структуру, чтобы достигнуть максимума список
[Peaklist, Times]
= mzxml2peaks(mzXMLStruct)
[Peaklist, Times]
= mzxml2peaks(mzXMLStruct, 'Levels', LevelsValue)
mzXMLStruct | MATLAB® структура, содержащая информацию из mzXML файла, такой как один созданный |
LevelsValue | Положительное целое число или вектор из целых чисел, который задает уровень (уровни) спектров в |
Peaklist | Любое из следующего:
|
Times | Вектор времен задержания, сопоставленных с жидкостной хроматографией / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных. Число элементов в Times равняется числу элементов в Peaklist. |
[ извлечения достигают максимума информация от Peaklist, Times]
= mzxml2peaks(mzXMLStruct)mzXMLStruct, структура MATLAB, содержащая информацию из mzXML файла, такой как один созданный mzxmlread функция, и создает Peaklist, массив ячеек матриц, содержащих массу/заряд (m/z) значения и ионные значения интенсивности и Times, вектор времен задержания, сопоставленных с жидкостной хроматографией / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных. mzXMLStruct включает следующие поля:
| Поле | Описание |
|---|---|
scan | Массив структур, содержащий данные, имеющие отношение к каждому отдельному скану, такому как уровень масс-спектрометрии, общий текущий ион, полярность, предшествующая масса (когда это применяется), и данные о спектре. |
index | Структура, содержащая индексы к позициям элементов скана в XML-документе. |
mzXML | Структура, содержащая:
|
[ задает уровень (уровни) спектров в Peaklist, Times]
= mzxml2peaks(mzXMLStruct, 'Levels', LevelsValue)mzXMLStruct чтобы преобразовать, принимая спектры от тандемных наборов данных MS. Значением по умолчанию является 1, который преобразует только спектры первого уровня, то есть, спектры, содержащие предшествующие ионы. Установка LevelsValue к 2 преобразует только спектры второго уровня, которые являются спектрами фрагмента (созданный из предшествующего иона).
Примечание
В следующем примере, файл results.mzxml не обеспечивается. Выборка mzXML файлы может быть найдена в:
Используйте mzxmlread функционируйте, чтобы считать mzXML файл в программное обеспечение MATLAB как структура. Затем извлеките пиковую информацию только ионов первого уровня от структуры.
mzxml_struct = mzxmlread('results.mzxml');
[peaks,time] = mzxml2peaks(mzxml_struct);
Создайте точечную диаграмму данных LC/MS.
msdotplot(peaks,time)