probesetplot
Постройте зонд Affymetrix установленные значения интенсивности
Синтаксис
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'GeneName', GeneNameValue, ...)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'Field', FieldValue, ...)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'ShowStats', ShowStatsValue, ...)
Аргументы
CELStruct | Структура, созданная affyread функция от Affymetrix® Файл CEL. |
CDFStruct | Структура, созданная affyread функция из файла библиотеки Affymetrix CDF сопоставлена с файлом CEL. |
PS | Тестовый индекс набора или тестовый ID/имя набора. |
GeneNameValue | Средства управления, определил ли зонд имя или название гена, используются для заголовка графика. Выбором является true или false (значение по умолчанию).Примечание
|
FieldValue | Вектор символов или строка, задающая тип данных, чтобы построить. Выбор:
|
ShowStatsValue | Средства управления, включены ли линии среднего и стандартного отклонения в график. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
Описание
probesetplot( премьер-министр графиков (идеальная пара) и MM (несоответствие) значения интенсивности для заданного тестового набора. CELStruct, CDFStruct, PS)CELStruct структура, созданная affyread функция из файла Affymetrix CEL. CDFStruct структура, созданная affyread функция из файла библиотеки Affymetrix CDF сопоставлена с файлом CEL. PS тестовый индекс набора или тестовый ID/имя набора.
Примечание
MATLAB® программное обеспечение использует 1- основанная индексация для зонда определила номера, в то время как CDF-файл Affymetrix использует 0- основанная индексация для зонда определила номера. Например, CDFStruct.ProbeSets(1) имеет ProbeSetNumber из 0 в ProbePairs поле .
probesetplot ( вызовы CELStruct, CDFStruct, PSPropertyName ', PropertyValue, ...)probesetplot с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
probesetplot( средства управления, определил ли зонд имя или название гена, используются для заголовка графика. Выбором является CELStruct, CDFStruct, PS,
...'GeneName', GeneNameValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
Примечание
'GeneName' свойство требует, чтобы файл библиотеки GIN, сопоставленный с CEL и CDF-файлами, был расположен в той же папке как файл библиотеки CDF от который CDFStruct был создан.
probesetplot( задает тип данных, чтобы построить. Выбор: CELStruct, CDFStruct, PS,
...'Field', FieldValue, ...)
'Intensity'(значение по умолчанию)'StdDev''Background''Pixels''Outlier'
probesetplot( средства управления, включены ли линии среднего и стандартного отклонения в график. Выбором является CELStruct, CDFStruct, PS,
...'ShowStats', ShowStatsValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
Примеры
Постройте зонд Affymetrix™ установленные значения интенсивности
Этот пример использует выборочные данные от E. coli Массив Генома Антисмысла. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT использование Инструмента Передачи данных.
Также необходимо загрузить Ecoli_ASv2. Файл библиотеки CDF для E. coli Массив Генома Антисмысла. У вас могут уже быть эти файлы, если у вас есть какое-либо программное обеспечение Affymetrix GeneChip, установленное на вашей машине. В противном случае получите файлы библиотеки путем загрузки и разархивации E. coli zip-файл Генома Антисмысла Массивов.
Считайте содержимое файла CEL в структуру MATLAB.
celStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CEL');
Считайте содержимое CDF-файла в структуру MATLAB.
cdfStruct = affyread('C:\LibFiles\Ecoli_ASv2.CDF');
Постройте PM и MM значения интенсивности argG_b3172_at тестовый набор, включая среднее и стандартное отклонение.
probesetplot(celStruct, cdfStruct, 'argG_b3172_at','showstats', true)
Смотрите также
affyread | celintensityread | probesetlink | probesetlookup | probesetvalues