Exponenta Banner

rnaconvert

Преобразуйте вторичную структуру последовательности RNA между скобкой и матричными обозначениями

Синтаксис

RNAStruct2 = rnaconvert(RNAStruct)

Входные параметры

RNAStructВторичная структура последовательности RNA, представленной также:

  • Обозначение скобки

  • Матрица смежности

Совет

Используйте rnafold функция, чтобы создать RNAStruct.

Выходные аргументы

RNAStruct2Вторичная структура последовательности RNA, представленной также:

  • Bracket notation — Вектор символов или точки строки, содержащей и скобки, где каждая точка представляет непарную основу, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет пару оснований.

  • Connectivity matrix — Двоичный файл, верхняя треугольная матрица, где RNAmatrix(i, j) = 1 если и только если iостаток th в последовательности RNA Seq соединяется с jостаток th Seq.

Описание

RNAStruct2 = rnaconvert(RNAStruct) возвращает RNAStruct2, вторичная структура последовательности RNA, в матричном обозначении (если RNAStruct находится в обозначении скобки), или в обозначении скобки (если RNAStruct находится в матричном обозначении).

Примеры

Пример 69. Преобразование от скобки до матричного обозначения

  1. Создайте вектор символов, представляющий вторичную структуру последовательности RNA в обозначении скобки.

    Bracket = '(((..((((.......)))).((.....)).))).';

  2. Преобразуйте вторичную структуру в представление матрицы смежности.

    Matrix = rnaconvert(Bracket);
Пример 70. Преобразование от матрицы до обозначения скобки

  1. Создайте матрицу смежности, представляющую вторичную структуру последовательности RNA.

        Matrix2 = zeros(12);
    Matrix2(1,12) = 1;
    Matrix2(2,11) = 1;
    Matrix2(3,10) = 1;
    Matrix2(4,9) = 1;

  2. Преобразуйте вторичную структуру, чтобы заключить в скобки обозначение.

    Bracket2 = rnaconvert(Matrix2)

Bracket2 =

((((....))))

Смотрите также

|

Представленный в R2007b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка