Exponenta Banner
exponenta event banner

ontology property

Класс: термин

Вектор символов только для чтения, описывающий онтологию, ИДЕТ термин

Описание

ontology свойство только для чтения термина класс. ontology вектор символов, описывающий онтологию ПОЙТИ термина.

Значения

'molecular function'
'biological process'
'cellular component'

Используйте ontology свойство определить онтологию объектов термина, или получить доступ или отфильтровать объекты термина онтологией.

Примеры

Пример 82. Используя Свойство онтологии Определить Онтологию Объекта термина

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в MATLAB® программное обеспечение.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont. 

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отобразите онтологию термина объект в 155-м положении в объекте geneont, GeneontObj.

    GeneontObj.terms(155).ontology

ans =

molecular function

Совет

Если вы знаете ПОЙТИ идентификатор (например, 179) объекта термина, вместо его индекса или номера положения (например, 155), можно использовать следующий синтаксис, чтобы отобразить онтологию объекта термина:

GeneontObj(179).terms.ontology

Для справки, преобразующей индекс или количество положения объекта термина к ИДТИ идентификатор, смотрите term.id свойство.

Пример 83. Фильтрация Объектов термина Сотовой Онтологией Компонента

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отобразите массив структур, содержащий 27 786 объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    GeneontObj.terms

27786x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

  3. Просмотрите свойства термина объект в 14,723-м положении в объекте geneont.

    GeneontObj.terms(14723)

            id: 31655
          name: 'negative regulation of heat dissipation'
      ontology: 'biological process'
    definition: [1x113 char]
       comment: ''
       synonym: {4x2 cell}
          is_a: [3x1 double]
       part_of: 31653
      obsolete: 0

  4. Создайте массив ячеек из символьных векторов, которые перечисляют ontology свойство для каждого термина в объекте geneont.

    ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');

  5. Создайте логическую маску, которая идентифицирует все термины с ontology свойство cellular component.

    mask = strcmp(ontologies,'cellular component');

  6. Примените логическую маску ко всем терминам в GeneontObj объект geneont возвратить структуру, содержащую только, называет с ontology свойство cellular component.

    cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask)

2362x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Существует 2 362 термина с ontology свойство cellular component.

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка