Поверхность, соответствующая к биофармацевтическим данным

Программное обеспечение Curve Fitting Toolbox™ обеспечивает некоторые данные в качестве примера для исследования лекарственного взаимодействия анестезии. Можно использовать приложение Curve Fitting, чтобы соответствовать поверхностям ответа к этим данным, чтобы анализировать эффекты лекарственного взаимодействия. Модели поверхности ответа обеспечивают хороший метод для понимания фармакодинамического поведения взаимодействия сочетаний лекарств.

Эти данные основаны на результатах в данной статье:

  • Используйте кернинг SE, Се Г, Белый JL, Игэн ТД. Гипнотические опиатом совместные действия: анализ поверхности ответа пропофола-remifentanil фармакодинамическое взаимодействие в волонтерах. Анестезиология 2004; 100: 1373–81.

Анестезия обычно является, по крайней мере, процессом 2D препарата, состоя из опиата и успокоительного снотворного средства. Этот пример использует Propofol и Reminfentanil как прототипы класса препарата. Их взаимодействие измеряется четырьмя различными мерами болеутоляющего и успокоительного ответа на сочетание лекарств. Альгометрия, Tetany, Успокоение и Laryingoscopy включают четыре меры суррогатного действия препарата в различных комбинациях концентрации Propofol и Reminfentanil.

В интерактивном режиме создать ответ появляется для этого сочетания лекарств:

  1. Используйте Браузер текущей папки, чтобы определить местоположение и просмотреть папку matlab\toolbox\curvefit\curvefit.

  2. Щелкните правой кнопкой по файлу OpioidHypnoticSynergy.txt, и выберите Import Data. Мастер Импорта появляется.

    1. Оставьте набор Column delimiters по умолчанию Tab и Column vectors во вкладке Import.

      Рассмотрите эти шесть переменных, выбранных для импорта: Пропофол, Reminfentanil, Альгометрия, Tetany, Успокоение и Laryingoscopy.

    2. На вкладке Import, в разделе Import, нажимают Import Selection, чтобы импортировать данные ответа дозы в MATLAB® рабочая область.

    В качестве альтернативы можно импортировать данные программно. Введите следующий код, чтобы считать данные ответа дозы из файла в рабочее пространство MATLAB.

    data = importdata( 'OpioidHypnoticSynergy.txt' );
Propofol      = data.data(:,1);
Remifentanil  = data.data(:,2);
Algometry     = data.data(:,3);
Tetany        = data.data(:,4);
Sedation      = data.data(:,5);
Laryingoscopy = data.data(:,6);

  3. Создать ответ появляется, необходимо выбрать эти два наркотика для входных параметров X и Y и один из этих четырех эффектов для Z выход. После того, как вы загрузите переменные в свою рабочую область, можно или открыть инструмент и выбрать переменные в интерактивном режиме или задать начальные подходящие переменные с cftool команда.

    Введите следующее, чтобы открыть приложение Curve Fitting (при необходимости) и создать новую поверхность ответа для Algometry:

    cftool(Propofol, Remifentanil, Algometry)

    Рассмотрите приложение Curve Fitting XY, и Z средства управления вводом и выводом. Инструмент отображает выбранные переменные Propofol, Remifentanil и Algometry, с поверхностной подгонкой. Подгонка по умолчанию является поверхностью интерполяции это точки проходов через данные.

  4. Создайте копию текущей поверхностной подгонки также:

    1. Выбор Fit> Копирует "Current Fit Name".

    2. Щелчок правой кнопкой по подгонке в Table of Fits и выбор Duplicate.

  5. Выберите тип подгонки Custom Equation из выпадающего списка, чтобы определить ваше собственное уравнение, чтобы соответствовать данным.

  6. Выберите и удалите пример пользовательский текст уравнения в окне редактирования.

    Можно использовать пользовательское окно редактирования уравнения, чтобы ввести код MATLAB, чтобы задать модель. Уравнение, которое задает модель, должно зависеть от входных переменных x и y и список фиксированных параметров, допускающих оценку параметров или обоих.

    Модель из бумаги:

    E=Emax.(CAIC50A+CBIC50B+α.CAIC50A.CBIC50B)n1+(CAIC50A+CBIC50B+α.CAIC50A.CBIC50B)n

    где CA и CB являются концентрациями препарата, и IC50A, IC50B, альфой, и n являются коэффициентами, которые будут оценены.

    Можно задать это в коде MATLAB как

    Effect = Emax*( CA/IC50A + CB/IC50B + alpha*( CA/IC50A )...
         .* ( CB/IC50B ) ).^n ./(( CA/IC50A + CB/IC50B + ...
         alpha*( CA/IC50A ) .* ( CB/IC50B ) ).^n  + 1);

    Сообщение инструмента, который переменные соответствовать и который параметры оценить, требует перезаписи имен переменных CA и CB к x, и y. Необходимо включать x и y когда вы вводите пользовательское уравнение в окно редактирования. Примите Emax = 1 потому что эффект выход нормирован.

  7. Введите следующий текст в пользовательском окне редактирования уравнения. 

    ( x/IC50A + y/IC50B + alpha*( x/IC50A ) .* ( y/IC50B ) ).^n
  ./(( x/IC50A + y/IC50B + alpha*( x/IC50A ) .* 
  ( y/IC50B ) ).^n  + 1);

    Приложение Curve Fitting соответствует поверхности к данным с помощью пользовательской модели уравнения.

  8. Установите некоторые подходящие опции путем нажатия на Fit Options при пользовательском уравнении.

    В Подходящем Окне параметров:

    1. Установите Robust на Lar

    2. Установите StartPoint alpha на 1 и нижнюю границу к –5.

    3. Оставьте другие значения по умолчанию и нажмите Close.

      Инструмент переоборудует вашими новыми опциями.

  9. Рассмотрите панель Results. Представление (и, опционально, копия) любой из этих результатов:

    • Уравнение модели

    • Значения предполагаемых коэффициентов

    • Статистика качества подгонки

  10. Отобразите график остаточных значений проверять распределение точек относительно поверхности путем нажатия кнопки на панели инструментов или выбора View> Residuals Plot.

  11. Чтобы сгенерировать код для всех подгонок и графики в вашем сеансе приложения Curve Fitting, выберите File> Generate Code.

    Приложение Curve Fitting генерирует код от вашего сеанса и отображает файл в редакторе MATLAB. Файл включает все подгонки и графики в вашем текущем сеансе.

  12. Сохраните файл с именем по умолчанию, createFits.m.

  13. Можно воссоздать подгонки и графики путем вызова файла из командной строки (с исходными данными или новыми данными как входные параметры). В этом случае ваши исходные данные все еще появляются в рабочей области.

    Подсветите первую строку файла (исключая слово function), и оцените его или щелкающим правой кнопкой и выбором Evaluate Selection in Command Window, нажатие F9, или копируя и вставляя следующее к командной строке:

    [fitresult, gof] = createFits(Propofol,...
 Remifentanil, Algometry)

    Функция создает окно рисунка для каждой подгонки, которую вы имели на своем сеансе. Подобранный на заказ рисунок показывает и поверхность и графики остаточных значений, что вы создали в интерактивном режиме в приложении Curve Fitting.

  14. Создайте новую подгонку к ответу Tetany вместо Альгометрии путем ввода:

    [fitresult, gof] = createFits(Propofol,...
 Remifentanil, Tetany)

    Необходимо отредактировать файл, если вы хотите новую метку ответа на графиках. Можно использовать сгенерированный код в качестве начальной точки, чтобы изменить поверхностные подгонки и графики соответствовать потребностям. Для списка методов можно использовать, видеть sfit.

Чтобы видеть, как программно соответствовать поверхностям к той же проблеме в качестве примера, смотрите, что Поверхность Соответствует Пользовательским уравнениям к Биофармацевтическим Данным.

Документация Curve Fitting Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте