Документация

Обзор

Виртуальный Набор данных HDF5 (VDS), который функция позволяет вам данным о доступе из набора файлов HDF5 как один, объединенный набор данных, не изменяя, как данные хранятся в исходных файлах. Виртуальные наборы данных могут иметь неограниченные размерности и сопоставить с исходными наборами данных с неограниченными размерностями. Это отображение позволяет Виртуальному Набору данных расти в зависимости от времени, когда его базовые исходные наборы данных изменяются в размере.

Функция VDS была введена в версии 1.10 библиотеки HDF5. Чтобы использовать VDS, необходимо быть знакомы с моделью программирования HDF5 VDS. Для получения дополнительной информации см. Виртуальную документацию Набора данных HDF5 относительно веб-сайта HDF Group.

Создайте виртуальный набор данных

Выполните эти общие шаги для создания Виртуального Набора данных:

Работа с удаленно сохраненными виртуальными наборами данных

Можно использовать низкоуровневые HDF5 функции MATLAB, чтобы создать и считать Виртуальные Наборы данных, сохраненные в удаленных местоположениях, таких как Amazon S3™ и Windows Azure^® Сервис блоба. Используйте высокоуровневые HDF5 функции, чтобы считать и получить доступ к информации о Виртуальных Наборах данных, сохраненных в удаленных местоположениях.

Когда доступ к Виртуальному Набору данных сохранил в удаленном месте, необходимо задать полный путь с помощью универсального локатора ресурса (URL). Например, отобразите метаданные файла HDF5, хранившего на Amazon S3.

h5disp('s3://bucketname/path_to_file/my_VDSdata.h5'); 

Для получения дополнительной информации о подготовке MATLAB, чтобы получить доступ к вашему сервису оперативного хранения, смотрите работу с Удаленными данными.

Создайте виртуальный набор данных из наборов данных различных размеров

Создайте Виртуальный Набор данных HDF5 из наборов данных различных размеров и с не сочетающейся группой и именами набора данных. Данные о вертикальном изменении в этих трех наборах данных сгенерированы от peaks MATLAB функция.

Используйте три набора данных, содержащие данные о вертикальном изменении, чтобы восстановить большее, больше полной топографической карты. Эти три набора данных являются непересекающимися, означая, что пространственные данные отсутствуют вдоль одного или нескольких их коллективных измерений, и они варьируются по форме и размеру.

Восстановите топографический профиль с тремя непересекающимися наборами данных. Точки выборки от этих трех наборов данных являются overlayed на топографическом профиле согласно их пространственным координатам. И в графиках, оси X и Y представляют долготы и в широты, соответственно, с широтами, увеличивающимися в направлении Y.

Отобразите информацию об этих трех наборах данных в файлах data_W.h5, data_NE.h5, data_SE.h5. h5disp функционируйте информация об отображениях о наборах данных, включая их имена, типы данных, размерности и группы, которым они принадлежат.

h5disp("data_W.h5")

HDF5 data_W.h5 
Group '/' 
    Group '/data' 
        Dataset 'elevation' 
            Size:  20x10
            MaxSize:  20x10
            Datatype:   H5T_IEEE_F64LE (double)
            ChunkSize:  []
            Filters:  none
            FillValue:  0.000000

h5disp("data_NE.h5")

HDF5 data_NE.h5 
Group '/' 
    Dataset 'z' 
        Size:  11x12
        MaxSize:  11x12
        Datatype:   H5T_IEEE_F64LE (double)
        ChunkSize:  []
        Filters:  none
        FillValue:  0.000000

h5disp("data_SE.h5")

HDF5 data_SE.h5 
Group '/' 
    Dataset 'Elev' 
        Size:  9x13
        MaxSize:  9x13
        Datatype:   H5T_IEEE_F64LE (double)
        ChunkSize:  []
        Filters:  none
        FillValue:  0.000000

Создайте пространство данных и список свойств создания для Виртуального Набора данных. Затем сопоставьте каждый набор данных с виртуальным пространством данных с помощью упорядоченного расположения размерностей C-стиля и основанной на нуле индексации.

Например, нижний левый угол блока данных для Северо-восточной области соответствует индексам MATLAB [10 11]. Чтобы преобразовать эти индексы в упорядоченный C-стиль, основанные на нуле индексы, инвертируйте индексы [10 11] и вычтите значение 1. Получившимися индексами запуска является [10 9].

% Define the fill value and specify the file access property list identifier.
fillValue = NaN;
faplID = H5P.create('H5P_FILE_ACCESS');

% Create the file for the Virtual Dataset.
vdsFileID = H5F.create('data_VDS.h5','H5F_ACC_TRUNC','H5P_DEFAULT',faplID);

% Define the datatype and dataspace.
datatypeID = H5T.copy('H5T_NATIVE_DOUBLE');
vdsDataspaceID = H5S.create_simple(2,[24 20],[]);

% Initialize Virtual Dataset creation property list with virtual layout and fill value.
vdsDcplID = H5P.create('H5P_DATASET_CREATE');
H5P.set_layout(vdsDcplID,'H5D_VIRTUAL');
H5P.set_fill_value(vdsDcplID,datatypeID,fillValue);

% Perform full dataset mapping for three individual source datasets.

% Map '/data/elevation' from data_W.h5 to the Virtual Dataset.
srcDataspaceID_W = H5S.create_simple(2,[10 20],[]);
H5S.select_hyperslab(vdsDataspaceID,'H5S_SELECT_SET',[0 0],[],[],[10 20]);
H5P.set_virtual(vdsDcplID, vdsDataspaceID,'data_W.h5','/data/elevation',srcDataspaceID_W);

% Map '/z' from data_NE.h5 to the Virtual Dataset.
srcDataspaceID_NE = H5S.create_simple(2,[12 11],[]);
H5S.select_hyperslab(vdsDataspaceID,'H5S_SELECT_SET',[10 9],[],[],[12 11]);
H5P.set_virtual(vdsDcplID,vdsDataspaceID,'data_NE.h5','/z',srcDataspaceID_NE);

% Map '/Elev' from data_SE.h5 to the Virtual Dataset.
srcDataspaceID_SE = H5S.create_simple(2,[13 9],[]);
H5S.select_hyperslab(vdsDataspaceID,'H5S_SELECT_SET',[11 0],[],[],[13 9]);
H5P.set_virtual(vdsDcplID,vdsDataspaceID,'data_SE.h5','/Elev',srcDataspaceID_SE);

Создайте файл HDF5 и Виртуальный Набор данных /elevation, и затем закройте все открытые ресурсы.

% Call H5D.create using the defined properties.
vdsDatasetID = H5D.create(vdsFileID,'/elevation',datatypeID,vdsDataspaceID,'H5P_DEFAULT',vdsDcplID,'H5P_DEFAULT');

% Close open resources.
H5D.close(vdsDatasetID);
H5S.close(srcDataspaceID_SE);
H5S.close(srcDataspaceID_NE);
H5S.close(srcDataspaceID_W);
H5P.close(vdsDcplID);
H5S.close(vdsDataspaceID);
H5T.close(datatypeID);
H5F.close(vdsFileID);
H5P.close(faplID);

Считайте Виртуальный Набор данных и постройте его.

Получившийся график похож на исходный график топографической карты, за исключением областей, где данные отсутствуют из-за непересекающихся наборов данных.

% Read elevations using the low-level interface.
vdsFileID = H5F.open('data_VDS.h5','H5F_ACC_RDONLY','H5P_DEFAULT');
vdsDatasetID = H5D.open(vdsFileID,'/elevation','H5P_DEFAULT');
elevation = H5D.read(vdsDatasetID,'H5ML_DEFAULT','H5S_ALL','H5S_ALL','H5P_DEFAULT');
H5D.close(vdsDatasetID);
H5F.close(vdsFileID);
contourf(elevation,10);

Отобразите содержимое Виртуального файла Набора данных.

h5disp('data_VDS.h5')

HDF5 data_VDS.h5 
Group '/' 
    Dataset 'elevation' 
        Size:  20x24
        MaxSize:  20x24
        Datatype:   H5T_IEEE_F64LE (double)
        ChunkSize:  []
        Filters:  none
        FillValue:  NaN

Можно выполнить операции I/O на Виртуальном Наборе данных. Например, считайте гиперплиту данных из /elevation набор данных с помощью h5read функция в высокоуровневом интерфейсе.

sample = h5read('data_VDS.h5','/elevation',[1 1],[5 6],[4 4])

sample = 5×6

    0.0007    0.0102    0.0823    0.3265    0.0765    0.0059
    0.0028    0.0331    0.3023    2.9849    0.1901    0.4741
    0.1661    3.3570    2.5482    1.3171    4.8474    3.3676
    0.1915    3.9606    1.1585    0.9892    3.9113    2.5722
    0.0151    0.2633    1.0373    2.5380    0.9625    0.2401