Exponenta Banner

getstoichmatrix (model)

Получите матрицу стехиометрии от объекта модели

Порядок разновидностей в выходных аргументах (M и objSpecies) совпадает с порядком разновидностей, возвращенных modelObj.Species.

Синтаксис

M = getstoichmatrix(modelObj)
[M,objSpecies] = getstoichmatrix(modelObj)
[M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(modelObj)

Аргументы

MМатрица стехиометрии для modelObj.
modelObjЗадайте model object.
objSpecies

Возвратите список modelObj разновидности Name свойство разновидностей.

Если разновидности находятся в нескольких отсеках, имена разновидностей квалифицированы с именем отсека в форме compartmentName.speciesName. Например, nucleus.DNA, cytoplasm.mRNA.

objReactionsВозвратите список modelObj реакции Name свойство реакций.

Описание

getstoichmatrix возвращает матрицу стехиометрии для объекта модели.

M = getstoichmatrix(modelObj) возвращает матрицу стехиометрии для SimBiology® объект модели (modelObj) к M.

Матрица стехиометрии задана путем листинга всех реакций, содержавших в modelObj по столбцам и все разновидности содержатся в modelObj построчный в матрице. Разновидности реакции представлены в матрице со стехиометрическим значением в местоположении [строка разновидностей, столбец реакции]. Реагенты имеют отрицательные величины. Продукты имеют положительные значения. Все другие местоположения в матрице 0.

Например, если modelObj объект модели с двумя реакциями с именами R1 и R2 и значения Реакции 2 A + B -> 3 C и B + 3 D -> 4 A, матрица стехиометрии была бы задана как:

      R1   R2
A     -2    4
B     -1   -1
C      3    0
D      0   -3

[M,objSpecies] = getstoichmatrix(modelObj) возвращает матрицу стехиометрии в M и разновидности к objSpecies. objSpecies задан путем листинга всего Name значения свойств разновидностей содержатся в Obj. В вышеупомянутом примере, objSpecies был бы {'A', 'B', 'C', 'D'};.

[M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(modelObj) возвращает матрицу стехиометрии в M и реакции на objReactions. objReactions задан путем листинга всего Name значения свойств реакций содержатся в modelObj. В вышеупомянутом примере, objReactions был бы {'R1', 'R2'}.

Примеры

  1. Читайте в m1, объект модели, с помощью sbmlimport:

    m1 = sbmlimport('lotka.xml');

  2. Получите матрицу стехиометрии для m1:

    [M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(m1)

Вопросы совместимости

развернуть все

Поведение изменяется в R2019b

Введен в R2006a

Документация SimBiology

Поддержка