sbioensemblerun

Несколько стохастических запусков ансамбля модели SimBiology

Синтаксис

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, Interpolation)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, Interpolation)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj, Interpolation)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj, Interpolation)

Аргументы

simdataObjМассив SimData objects содержание данных моделирования сгенерировано sbioensemblerun. Все элементы simdataObj содержите данные для тех же состояний в той же модели.
modelObjОбъект модели, который будет симулирован.
Numruns

Целочисленный скаляр, представляющий количество стохастических запусков, чтобы сделать.

Interpolation

Вектор символов или строка, обозначающая схему интерполяции, которая будет использоваться, если данные должны быть интерполированы, чтобы получить сопоставимый временной вектор. Допустимыми значениями является 'linear' (линейная интерполяция), 'zoh' (нулевой порядок содержит), или 'off' (никакая интерполяция). Значением по умолчанию является 'off'. Если интерполяция включена, данные интерполированы, чтобы совпадать с временным вектором самому маленькому времени остановки симуляции.

configsetObjЗадайте объект конфигурации модели использовать в симуляции ансамбля. Для получения дополнительной информации о конфигурациях модели, смотрите Configset object.
variantObjЗадайте различный объект примениться к модели во время симуляции ансамбля. Для получения дополнительной информации о различных объектах, смотрите Variant object.

Описание

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns) выполняет стохастический запуск ансамбля SimBiology® объект модели (modelObj), и возвращает результаты в simdataObj, массив SimData objects. Активный configset и активные варианты используются в процессе моделирования и сохранены в выходе, объект SimData (simdataObj).

sbioensemblerun использует настройки в активном configset на объекте модели (modelObj) выполнять повторные запуски симуляции. SolverType свойство активного configset должно быть установлено в один из стохастических решателей: 'ssa', 'expltau', или 'impltau'. sbioensemblerun генерирует ошибку если SolverType свойство установлено в любой из детерминированных (ОДУ) решатели.

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, Interpolation) выполняет стохастический запуск ансамбля объекта модели (modelObj), и интерполирует результаты ансамбля, запущенного на общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj) выполняет запуск ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью заданной конфигурации модели (configsetObj).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, Interpolation) выполняет запуск ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью заданной конфигурации модели (configsetObj), и интерполирует результаты ансамбля, запущенного на общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj) выполняет запуск ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью различного объекта или массива различных объектов (variantObj).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj, Interpolation) выполняет запуск ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью различного объекта или массива различных объектов (variantObj), и интерполирует результаты ансамбля, запущенного на общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj) выполняет запуск ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью конфигурации модели (configsetObj), и различный объект или массив различных объектов (variantObj). Если объект конфигурации модели (configsetObj) пусто, активный configset на модели используется для симуляции. Если различный объект (variantObj) пусто, затем никакой вариант (даже активные варианты в модели) не используется для симуляции.

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj, Interpolation) выполняет запуск ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью конфигурации модели (configsetObj), и различный объект или массив различных объектов (variantObj), и интерполирует результаты ансамбля, запущенного на общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

Примеры

В этом примере показано, как выполнить запущенный ансамбль и сгенерировать 2D график распределения.

  1. Файл проекта, radiodecay.sbproj, содержит модель, сохраненную в переменной под названием m1. Загрузите m1 в MATLAB® рабочая область.

    sbioloadproject('radiodecay.sbproj','m1');

  2. Измените решатель активного configset, чтобы быть ssa. Кроме того, настройте LogDecimation свойство на SolverOptions свойство конфигурации модели.

    cs = getconfigset(m1, 'active');
set(cs, 'SolverType', 'ssa');
so = get(cs, 'SolverOptions');
set(so, 'LogDecimation', 10);

    Совет

    LogDecimation свойство позволяет вам задать, как часто данные моделирования зарегистрированы, как выведено. Если ваша модель имеет высокие концентрации или суммы разновидностей или длинное время симуляции (например, 600s), можно записать данные моделирования менее часто, чтобы управлять сгенерированным объемом данных. Следует иметь в виду, что путем выполнения, таким образом, вы можете пропустить некоторые переходы, если ваша модель является очень динамической. Попробуйте установку LogDecimation к 10 или больше.

  3. Выполните ансамбль 20 запусков с линейной интерполяцией, чтобы получить сопоставимый временной вектор.

    simdata = sbioensemblerun(m1, 20, 'linear');

  4. Создайте 2D график распределения разновидностей 'z' за один раз = 1.0. 

    FH = sbioensembleplot(simdata, 'z', 1.0);

Смотрите также

| | | | |

Введен в R2006a

Документация SimBiology

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте