simulate
Класс: SimBiology.export.Model
Симулируйте экспортируемую модель SimBiology
Синтаксис
[t,x,names]
= simulate(model)
[t,x,names]
= simulate(model,initialValues)
[t,x,names]
= simulate(model,initialValues,doses)
simDataObj = simulate(___)
Описание
[ симулирует модель, с помощью начальных значений по умолчанию, заданных t,x,names]
= simulate(model)model.InitialValues (которые всегда равны InitialValue свойство на соответствующем ValueInfo объект. simulate возвращается:
t, выборки времени.x, данные моделирования, которые содержат изменение количества состояний в зависимости от времени.names, метки столбца данных моделированияx.
Можно установить опции дополнительной симуляции с помощью свойства SimBiology.export.Model.SimulationOptions.
[ симулирует модель, с помощью значений, заданных в t,x,names]
= simulate(model,initialValues)initialValues как начальные значения симуляции.
[ симулирует модель, с помощью заданных начальных значений и доз.t,x,names]
= simulate(model,initialValues,doses)
simDataObj = simulate(___) возвращает данные моделирования в SimData object simDataObj с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах. simDataObj содержит время и данные состояния, а также метаданные, такие как типы и имена для состояний, о которых сообщают. Можно получить доступ ко времени, данным и хранилищам имен в simDataObj использование свойств simDataObj.Time, simDataObj.Data, и simDataObj.DataNames, соответственно.
Входные параметры
|
|
|
Вектор из значений для Значение по умолчанию: Значения заданы в |
|
Вектор из объектов дозы, задающих дозы, используется для симуляции. Входные объекты дозы должны быть подмножеством доз в экспортируемой модели, как возвращено Значение по умолчанию: Вся доза возражает в экспортируемой модели. |
Выходные аргументы
|
n-by-1 вектор из выборок времени от симуляции, где n является количеством выборок времени. |
|
n-by-m матрица данных моделирования, где n является количеством выборок времени и m, является количеством состояний, регистрируемых во время симуляции. Каждый столбец |
|
m-by-1 массив ячеек из символьных векторов с именами, маркирующими строки и столбцы |
|
|
Примеры
Симулируйте экспортируемую модель SimBiology
Загрузите демонстрационный объект модели SimBiology и выберите разновидности y1 и y2 для симуляции.
modelObj = sbmlimport('lotka'); modelObj.getconfigset.RuntimeOptions.StatesToLog = ... sbioselect(modelObj,'Name',{'y1','y2'});
Экспортируйте объект модели.
em = export(modelObj);
Симулируйте экспортируемую модель.
[t,y] = simulate(em); figure() plot(t,y)
Измените начальные условия и симулируйте снова.
xIndex = em.getIndex('x');
em.InitialValues(xIndex) = em.InitialValues(xIndex)*1.1;
[t,y] = simulate(em);
figure()
plot(t,y)