В этом примере показано, как использовать sbioconsmoiety
функционируйте, чтобы найти сохраненные количества в модели SimBiology®.
Используйте sbioconsmoiety
определить сохраненные количества, существующие в двух моделях гликолиза в T. brucei.
Используйте вычисленные сохраненные количества в анализе этих моделей.
Трипаносома brucei является одноклеточным, эукариотическим паразитом, ответственным за африканскую сонную болезнь. Этот организм выживает в зараженном хосте путем усваивания глюкозы от кровотока хоста. В T. brucei, а также других трипаносомах, значительная часть гликолиза происходит в специализированном органоиде, названном гликонекоторыми.
Исследовать функцию гликонекоторых, Беккер и др. (2000, 1997) созданный и подтвердило вычислительную модель гликолиза в T. brucei, который явным образом включает glycosomal разделение. Они сравнили свойства этой модели к тем из выведенной модели, в которой гликонекоторые отсутствует. Среди других результатов они нашли, что в отсутствие гликонекоторых, hexose промежуточные звенья фосфата в гликольной трассе может накопиться до высокого уровня, который был бы опасен для ячейки. В их анализе Беккер и др. смог объяснить, как разделение метаболитов, обеспеченных гликонекоторыми, предотвращает это потенциально токсичное накопление.
Один способ изучить эффект разделения состоит в том, чтобы исследовать, как это влияет на сохраненные количества, существующие в системе. В этом примере мы вычисляем сохраненные количества в двух моделях T. brucei гликолиз и обсуждаем их значение в контексте анализа Беккера и др.
Начните путем загрузки проекта в командной строке с помощью sbioloadproject
.
sbioloadproject trypanosome_glycolysis
Проект содержит две модели. Первая модель, m1
, содержит сеть гликолиза дикого типа, отображенную ниже. (Можно исследовать сеть в интерактивном режиме путем запуска приложения SimBiology Model Builder с simBiologyModelBuilder
и открытие файла проекта trypanosome_glycolysis.sbproj расположенный в (matlabroot/toolbox/simbio/simbiodemos).
Эта система является немного упрощенной версией трассы, используемой Беккером и др. Модель имеет три отсека: гликонекоторые, цитозоль, и внешний. Метаболиты, содержавшиеся в гликонекоторых, находятся в синем, в то время как метаболиты в цитозоли или внешний к ячейке находятся в зеленом. Некоторые разновидности, такие как глицерин, с 3 фосфатами (Gly-3-P), присутствуют в нескольких отсеках.
Трасса начинается с импорта внеклеточной глюкозы в гликонекоторых (для удобства, цитозоль "пропущена" в этом процессе). Трасса продолжает вниз в схеме, заканчивающейся транспортом пирувата из цитозоли. При аэробных условиях глицерин, с 3 фосфатами (Gly-3-P), оксидирован через glycerol-3-phosphate оксидазу (GPO) вне гликонекоторых; как следствие глюкоза полностью преобразована в пируват. При анаэробных условиях не происходит эта реакция, и гликольная трасса производит глицерин в дополнение к пирувату.
Функциональный sbioconsmoiety
исследует структуру матрицы стехиометрии модели, чтобы найти линейные комбинации разновидностей, которые сохраняются. Этот анализ структурен в этом, он полагается только на стехиометрию и структуру сети а не на кинетике реакции. На самом деле все скорости реакции в этой модели были установлены в 0, потому что эти уровни не важны для нашего анализа. Здесь мы вызываем sbioconsmoiety
со спецификацией алгоритма 'semipos'
, так, чтобы все сохраненные возвращенные количества включили только положительные суммы разновидностей. Третий аргумент 'p'
просит выход быть распечатанным к массиву ячеек строк.
cons_wt = sbioconsmoiety(m1,'semipos','p')
cons_wt = 10x1 cell
{'external.glucose' }
{'external.glycerol' }
{'external.pyruvate' }
{'cytosol.H20' }
{'cytosol.O2' }
{'cytosol.Gly-3-P + cytosol.DHAP' }
{'cytosol.ATP + cytosol.ADP + cytosol.AMP' }
{'glycosome.ATP + glycosome.ADP + glycosome.AMP' }
{'glycosome.NAD+ + glycosome.NADH' }
{'2 glycosome.ATP + glycosome.ADP + glycosome.G-6-P + glycosome.F-6-P + 2 glycosome.F-1,6-BP + glycosome.DHAP + glycosome.GA-3-P + glycosome.Gly-3-P + glycosome.1,3-BPGA'}
Последняя ячейка в массиве ячеек содержит длинную строку. Разбейте эту строку и отобразите ее так, она может быть считана.
disp(cons_wt{end}(1:68));
2 glycosome.ATP + glycosome.ADP + glycosome.G-6-P + glycosome.F-6-P
disp(cons_wt{end}(69:147));
+ 2 glycosome.F-1,6-BP + glycosome.DHAP + glycosome.GA-3-P + glycosome.Gly-3-P
disp(cons_wt{end}(148:end));
+ glycosome.1,3-BPGA
Выход sbioconsmoiety
содержит десять количеств, скорость изменения которых является нулем, независимо от кинетики реакции. Существует два сохраненных пула нуклеотидов аденина ATP, ADP и AMP, один в гликонекоторых и один в цитозоли. glycosomal пул нуклеотидов никотинамида NAD + и NADH сохраняется также. Отдельно сохраненные разновидности, такие как external.glucose и цитозоль. O2 являются разновидностями на контуре системы, которые имеют их набор свойств BoundaryCondition к истине. Эти разновидности включены в выход sbioconsmoiety
потому что их суммы действительно остались бы постоянными во время гипотетической симуляции.
Остающиеся два сохраненных количества представляют пулы связанного фосфата, одной внутренней части и одной внешней стороны гликонекоторые. Одна внутренняя часть включает девять различных разновидностей. Обратите внимание на то, что коэффициенты ATP и fructose-1,6-biphosphate (F-1,6-BP) оба 2 как эти разновидности, у каждого есть две передаваемых группы фосфата.
Разновидности, участвующие в сохраненной сумме, были подсвечены ниже. Этот рисунок был сгенерирован путем выбора соответствующих разновидностей в Табличном представлении Схемы в рабочем столе SimBiology. Сохраненный цикл "начинается", когда глюкоза является phosphorylated ATP, чтобы сформировать глюкозу, с 6 фосфатами (G-6-P). Эта группа фосфата распространяет вниз через трассу, пока это не возвращено к ATP от 1,3-biphosphoglycerate (1,3-BPGA) или glycosomal глицерина, с 3 фосфатами (Gly-3-P), завершив цикл.
Обратите внимание на то, что сумма cytosol.DHAP + cytosol.Gly-3-P возникает как независимо сохраненный пул, потому что DHAP/Gly-3-P антиносильщик обменивается одним glycosomal DHAP молекула для одной цитозольной Gly-3-P молекулы и наоборот. Существуют потоки групп фосфата в и из этого пула, но следующий поток является нулем, потому что эти потоки уравновешивают друг друга.
Теперь давайте рассмотрим вторую модель, m2
, это содержит в silico экспериментальной сети Беккера и др., в котором гликонекоторые был удален. В этой модели все метаболиты находятся в цитозоли. В частности, больше нет обмена антипорта DHAP и Gly-3-P в и из гликонекоторых, и существует один пул для нуклеотидов аденина ATP, ADP и AMP.
cons_exp = sbioconsmoiety(m2,'semipos','p')
cons_exp = 7x1 cell
{'external.glucose' }
{'external.glycerol' }
{'external.pyruvate' }
{'cytosol.H20' }
{'cytosol.O2' }
{'cytosol.NADH + cytosol.NAD+' }
{'cytosol.AMP + cytosol.ADP + cytosol.ATP'}
Разновидности на контуре системы все еще присутствуют в экспериментальной модели, и их суммы снова сохраняются. Без гликонекоторых, однако, сохранение связанных фосфатов исчезло, оставив только отношения сохранения для нуклеотидов аденина и никотинамида.
В их анализе функции гликонекоторых в T. brucei, Беккер и др. находит, что glycosomal разделение предотвращает потенциально токсичное накопление hexose промежуточных звеньев фосфата G-6-P и F-1,6-BP во время гликолиза. Это наблюдение может быть изучено в свете наблюдаемого различия в сохранении фосфатов с и без гликонекоторых. Когда гликонекоторые присутствуют, промежуточные звенья, такие как G-6-P или F-1,6-BP не могут накопиться до произвольно высокого уровня, когда они ограничиваются общей суммой органического фосфата, существующего в сохраненном пуле. Без гликонекоторых это ограничение отсутствует. Понимание может также быть получено путем рассмотрения glycosomal разделения нуклеотидов аденина. Когда внеклеточный уровень глюкозы увеличен, реакции, HK и PFK стимулированы. Когда гликонекоторые присутствуют, эти реакции самоограничивают, когда они истощают ATP от сохраненного пула glycosomal ATP, ADP и AMP. Когда гликонекоторые отсутствуют, с другой стороны, цитозольное отношение ATP/ADP на самом деле увеличивается с увеличивающимися уровнями внеклеточной глюкозы. Как следствие реакции HK и PFK далее стимулированы, ведя к накоплению их продуктов, G-6-P и F-1,6-BP.
Этот анализ показывает, что glycosomal разделение обеспечивает механизм отрицательной обратной связи на наращивании промежуточных звеньев. Беккер и др. предполагает, что сохраненный пул органических фосфатов может также служить механизмом аккумулирования энергии для дикого типа T. brucei во времена исчерпания ресурсов.
В этом примере мы показали, как вычислить сохраненные количества в модели SimBiology и как анализ этих сохраненных количеств может привести к пониманию поведения сети.
Беккер, B. M. Mensonides, F. I. C., Teusink, B., ван Хоек, P., Michels, P. Утра, и Вестерхофф, Х. В. Компартментэйшн Протектс Трипэнозомес из Опасного Проекта Гликолиза. PNAS (2000) издание 97, 2087-2092.
Беккер, B. M. Michels, P. Утра, Opperdoes, F. R., и Вестерхофф, Х. В. Гликолизис в Трипаносоме Формы Кровотока brucei Могут быть Изучены в терминах кинетики Гликольных Ферментов. Дж. Байол. Chem. (1997) издание 272, 3207-3215.