Выполните процедуру Устойчивого среднего значения мультимассивов (RMA) на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile)
Expression = affyrma(ProbeStructure)
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile,
...'CELPath', CELPathValue, ...)
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile,
...'CDFPath', CDFPathValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Method', MethodValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Truncate', TruncateValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Median', MedianValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Output', OutputValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Showplot', ShowplotValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Verbose', VerboseValue, ...)
CELFiles | Любое следующее:
|
CDFFile | Любое из следующего:
|
ProbeStructure | Структура MATLAB®, содержащая информацию из файлов CEL, включая тестовую интенсивность, зондирует индексы и тестовые идентификаторы набора, возвращенные функцией |
CELPathValue | Вектор символов или строка, задающая путь и папку, где файлы, заданные в |
CDFPathValue | Вектор символов или строка, задающая путь и папку, где файл, заданный в |
MethodValue | Задает метод оценки для фоновых параметров модели корректировки. Выбором является |
TruncateValue | Задает модель фонового шума. Выбором является |
MedianValue | Задает использование медианы оцениваемых значений вместо среднего значения для нормализации. Выбором является |
OutputValue | Задает шкалу возвращенных значений экспрессии гена. Выбор:
В последнем экземпляре данные преобразовываются, как задано функциональным |
ShowplotValue | Управляет графическим выводом гистограммы, показывающей распределение (синих) значений интенсивности зонда PM и замысловатая (красная) функция распределения вероятностей, с предполагаемыми параметрами mu, сигмой и альфой. Введите или Например:
|
VerboseValue | Управляет отображением состояния чтения обработки RMA и файлов. Выбором является |
Expression | Объект DataMatrix, содержащий log2, основывал значения экспрессии гена, которые были настроенным фоном, нормированным, и полученное в итоге использование процедуры Устойчивого среднего значения мультимассивов (RMA). Каждая строка в |
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile)Expression, объект DataMatrix, содержащий log2, основывал значения экспрессии гена в матрице, тестовые идентификаторы набора, как строка называет, и имена файлов CEL как имена столбцов. Обратите внимание на то, что каждая строка в Expression соответствует гену (тестовый набор), и каждый столбец соответствует файлу Affymetrix CEL. (Каждый файл CEL сгенерирован от отдельного чипа. Все микросхемы должны иметь тот же тип.)
CELFiles является вектором символов, строкой, вектором строки или массивом ячеек из символьных векторов, содержащим имена файлов CEL. CDFFile является вектором символов или строкой, задающей имя CDF-файла. Если вы устанавливаете CELFiles на '*', то это читает все файлы CEL в текущей папке. Если вы устанавливаете CELFiles на ' ', то это открывает диалоговое окно Select CEL Files, из которого вы выбираете файлы CEL.
Для получения дополнительной информации на чтении файлов и обработке RMA, смотрите celintensityread, rmabackadj, quantilenorm и rmasummary.
Expression = affyrma(ProbeStructure)ProbeStructure, структура MATLAB, содержащая информацию из файлов CEL, включая тестовую интенсивность, тестовые индексы и тестовые идентификаторы набора, возвращенные функцией celintensityread, и, возвращает Expression.
Expression = affyrma(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) affyrma с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает путь и папку, где файлы, заданные Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile,
...'CELPath', CELPathValue, ...)CELFiles, хранятся.
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile,
...'CDFPath', CDFPathValue, ...)CDFFile, хранится.
Expression = affyrma(...,
'Method', MethodValue, ...)MethodValue является 'RMA', affyrma реализует метод оценки, описанный Bolstad, 2005. Когда MethodValue является 'MLE', affyrma оценивает параметры с помощью наибольшего правдоподобия. Значением по умолчанию является 'RMA'.
Expression = affyrma(...,
'Truncate', TruncateValue, ...)TruncateValue является false, affyrma использует неусеченный Гауссов в качестве модели фонового шума. Значением по умолчанию является true.
Expression = affyrma(...,
'Median', MedianValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
Expression = affyrma(...,
'Output', OutputValue, ...)OutputValue может быть:
'log'
'log2'
'log10'
'linear'
@functionname
В последнем экземпляре данные преобразовываются, как задано функциональным functionname. Значением по умолчанию является 'log2'.
Expression = affyrma(...,
'Showplot', ShowplotValue, ...)ShowplotValue является 'all', rmabackadj строит гистограмму для каждого столбца или чипа. Когда ShowplotValue является номером, списком чисел или областью значений чисел, rmabackadj строит гистограмму для обозначенного номера столбца (чип).
Например:
(..., 'Showplot', 3,...) строит значения интенсивности в столбце 3.
(..., 'Showplot', [3,5,7],...) строит значения интенсивности в столбцах 3, 5, и 7.
(..., 'Showplot', 3:9,...) строит значения интенсивности в столбцах 3 - 9.
Expression = affyrma(...,
'Verbose', VerboseValue, ...)true (значение по умолчанию) или false.
Следующий пример принимает, что у вас есть файл библиотеки HG_U95Av2.CDF, хранивший в D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome, и что ваша текущая папка указывает на местоположение, содержащее файлы CEL, сопоставленные с этим файлом библиотеки CDF. В этом примере функция affyrma читает все файлы CEL в текущей папке и CDF-файл в заданной папке. Это также выполняет фоновую корректировку RMA, нормализацию квантиля и процедуры резюмирования на значениях интенсивности зонда премьер-министра, и возвращает объект DataMatrix, содержа метаданные и обработанные данные.
Expression = affyrma('*', 'HG_U95Av2.CDF',...
'CDFPath', 'D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome');
[1] Irizarry, R.A., Хоббс, B., Коллин, F., Бизер-Барклай, Y.D., Antonellis, K.J., Scherf, U., скорость, T.P. (2003). Исследование, нормализация и сводные данные данных об уровне зонда олигонуклеотида высокой плотности массивов. Биостатистика. 4, 249–264.
[2] Mosteller, F. и Tukey, J. (1977). Анализ данных и Регрессия (Чтение, Массачусетс: Издательство Аддисона-Уэсли), стр 165–202.
[3] Лучше всего, C.J.M., Гиллеспи, J.W., И, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Gathright, Y., Эриксон, H.S., Георгевич, L., Tangrea, M.A., Duray, P.H., Гонсалес, S., Веласко, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Цена, D.K., Figg, W.D., Emmert-маркер, M.R., и Chuaqui, R.F. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке простаты после терапии абляции андрогена. Клинические Исследования рака 11, 6823–6834.
[4] Bolstad, B. (2005). “affy: встроенные методы обработки” https://www.bioconductor.org/packages/2.1/bioc/vignettes/affy/ inst/doc/builtinMethods.pdf
affygcrma | celintensityread | gcrma | mafdr | mattest | quantilenorm | rmabackadj | rmasummary