cghfreqplot

Отобразите частоту изменений номера копии DNA через несколько выборок

свернуть все на странице

Синтаксис

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Threshold', ThresholdValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Group', GroupValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subgrp', SubgrpValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subplot', SubplotValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Cutoff', CutoffValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chromosome', ChromosomeValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeX', IncludeXValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeY', IncludeYValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chrominfo', ChrominfoValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'ShowCentr', ShowCentrValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Color', ColorValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'YLim', YLimValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Titles', TitlesValue, ...)

Входные параметры

CGHData

Основанная на массиве сравнительная геномная гибридизация (aCGH) данные в любой из следующих форм:

  • Структура со следующими полями:

    • Sample — Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий демонстрационные (дополнительные) имена.

    • Chromosome — Вектор, содержащий числа хромосомы, на которых расположены клоны.

    • GenomicPosition — Вектор, содержащий геномные положения (в BP, Кбите или mb модулях), с которым сопоставлены клоны.

    • Log2Ratio — Матрица, содержащая log2 отношение теста к ссылочной интенсивности сигнала для каждого клона. Каждая строка соответствует клону, и каждый столбец соответствует выборке.

  • Матрица, в которой каждая строка соответствует клону. Первый столбец содержит номер хромосомы, второй столбец содержит геномное положение и остальные столбцы, каждый содержит log2 отношение теста к ссылочной интенсивности сигнала для выборки.

ThresholdValue

Положительная скалярная величина или вектор, который задает порог усиления/потери. Клон считается усилением, если его log2 отношение выше ThresholdValue и потери, если ее log2 отношение ниже отрицательного ThresholdValue.

ThresholdValue применяется можно следующим образом:

  • Если положительная скалярная величина, это - усиление и порог потерь для всех выборок.

  • Если двухэлементный вектор, первый элемент является порогом усиления для всех выборок, и второй элемент является порогом потерь для всех выборок.

  • Если вектор той же длины как количество выборок, каждый элемент в векторе рассматривается как уникальное усиление и порог потерь для каждой выборки.

Значением по умолчанию является 0.25.

GroupValue

Задает демонстрационные группы, чтобы вычислить частоту от. Выбор:

  • Вектор демонстрационных индексов столбца (для данных только с одной группой). Выборки, заданные в векторе, рассматриваются группой.

  • Массив ячеек векторов демонстрационных индексов столбца (для данных, разделенных на несколько групп). Каждый элемент в массиве ячеек рассматривается группой.

Значением по умолчанию является одна группа всех выборок в CGHData.

SubgrpValueУправляет анализом выборок подгруппами. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.
SubplotValueУправляет отображением всех графиков в одном Окне рисунка, когда больше чем одна подгруппа анализируется. Выбором является true (значение по умолчанию) или false (графики отображений в отдельных окнах).
CutoffValueСкаляр или двухэлементный числовой вектор, который задает сокращение, которое управляет графическим выводом только клонов с прибылями или убытками частоты, больше, чем или равный CutoffValue. Если двухэлементный вектор, первый элемент является сокращением для усилений, и второй элемент за потери. Значением по умолчанию является 0.
ChromosomeValueОдин номер хромосомы или вектор чисел хромосомы, которые задают хромосомы, для которых можно отобразить частотные графики. Значением по умолчанию являются все хромосомы в CGHData.
IncludeXValueУправляет включением X хромосом в анализе. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.
IncludeYValueУправляет включением хромосомы Y в анализе. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
ChrominfoValue

Цитогенетическая информация соединения, указанная любым из следующего:

  • Структура возвращена функцией cytobandread

  • Вектор символов или строка, задающая имя файла текстового файла идеограммы NCBI или Браузера Генома UCSC cytoband текстовый файл

Значением по умолчанию является Человек разумный цитогенетическая информация о соединении от Браузера Генома UCSC, Сборка NCBI 36.1 (https://genome.UCSC.edu).

ShowCentrValue

Управляет отображением позиций центромеры вертикальных пунктирных линий в частотном графике. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

Совет

Положения центромеры получены из ChrominfoValue.

ColorValue

Цветовая схема для вертикальных строк в графике, указывая на частоту прибылей и убытков, заданных любым из следующего:

  • Имя или указатель на функцию, которая возвращает палитру

  • Матрица M-3, содержащая значения RGB. Если M равняется 1, то тот один цвет используется для всех прибылей и убытков. Если M равняется 2 или больше, то первая строка используется для усилений, вторая строка используется за потери, и проигнорированы остающиеся строки. Например, [0 1 0;1 0 0] задает зеленый для усиления и красный за потерю.

Схема цвета по умолчанию является областью значений цветов от чистого зеленого (усиление = 1) через желтый (0) к чистому красному (потеря = –1).

YLimValueДвухэлементный вектор, задающий минимальные и максимальные значения на вертикальной оси. Значением по умолчанию является [1, -1].
TitlesValueВектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, который задает заголовки для группы (групп), которые добавляются к верхним частям графика (графиков).

Выходные аргументы

FreqStructСтруктура, содержащая данные о частоте в следующих полях:

  • Group — Массив структур, с каждой структурой, представляющей группу выборок. Каждая структура содержит следующие поля:

    • Sample — Массив ячеек, содержащий имена выборок в группе.

    • GainFrequency — Вектор-столбец, содержащий среднее усиление для каждого клона для группы выборок.

    • LossFrequency — Вектор-столбец, содержащий среднюю потерю для каждого клона для группы выборок.

  • Chromosome — Вектор-столбец, содержащий числа хромосомы, на которых расположены клоны.

  • GenomicPosition — Вектор-столбец, содержащий геномные положения клонов.

Совет

Можно использовать эту выходную структуру, как введено для функции cghfreqplot.

Описание

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData) отображает частоту усиления номера копии или потери через несколько выборок для каждого клона на массиве против их геномного положения вдоль хромосом.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает cghfreqplot с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Threshold', ThresholdValue, ...) задает порог усиления/потери. Клон считается усилением, если его log2 отношение выше ThresholdValue и потери, если ее log2 отношение ниже отрицательного ThresholdValue.

ThresholdValue применяется можно следующим образом:

  • Если положительная скалярная величина, это - усиление и порог потерь для всех выборок.

  • Если двухэлементный вектор, первый элемент является порогом усиления для всех выборок, и второй элемент является порогом потерь для всех выборок.

  • Если вектор той же длины как количество выборок, каждый элемент в векторе рассматривается как уникальное усиление и порог потерь для каждой выборки.

Значением по умолчанию является 0.25.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Group', GroupValue, ...) задает демонстрационные группы, чтобы вычислить частоту от. Выбор:

  • Вектор демонстрационных индексов столбца (для данных только с одной группой). Выборки, заданные в векторе, рассматриваются группой.

  • Массив ячеек векторов демонстрационных индексов столбца (для данных, разделенных на несколько групп). Каждый элемент в массиве ячеек рассматривается группой.

Значением по умолчанию является одна группа всех выборок в CGHData.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subgrp', SubgrpValue, ...) управляет анализом выборок подгруппами. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subplot', SubplotValue, ...) управляет отображением всех графиков в одном Окне рисунка, когда больше чем одна подгруппа анализируется. Выбором является true (значение по умолчанию) или false (графики отображений в отдельных окнах).

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Cutoff', CutoffValue, ...) задает значение сокращения, которое управляет графическим выводом только клонов с прибылями или убытками частоты, больше, чем или равный CutoffValue. CutoffValue является скаляром или двухэлементным числовым вектором. Если двухэлементный числовой вектор, первый элемент является сокращением для усилений, и второй элемент за потери. Значением по умолчанию является 0.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chromosome', ChromosomeValue, ...) отображает частотные графики только хромосомы (хромосом), заданной ChromosomeValue, который может быть одним номером хромосомы или вектором чисел хромосомы. Значением по умолчанию являются все хромосомы в CGHData.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeX', IncludeXValue, ...) управляет включением X хромосом в анализе. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeY', IncludeYValue, ...) управляет включением хромосомы Y в анализе. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chrominfo', ChrominfoValue, ...) указывает цитогенетическую информацию соединения для хромосом. ChrominfoValue может иметь любой следующее

  • Структура возвращена функцией cytobandread

  • Вектор символов или строка, задающая имя файла текстового файла идеограммы NCBI или Браузера Генома UCSC cytoband текстовый файл

Значением по умолчанию является Человек разумный цитогенетическая информация о соединении от Браузера Генома UCSC, Сборка NCBI 36.1 (https://genome.UCSC.edu).

Совет

Можно загрузить файлы, содержащие цитогенетические данные G-соединения из NCBI или FTP-сайта Браузера Генома UCSC. Например, можно загрузить цитогенетические данные о соединении для Человека разумного от: 

ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg18/database/cytoBandIdeo.txt.gz

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'ShowCentr', ShowCentrValue, ...) управляет отображением позиций центромеры вертикальных пунктирных линий в частотном графике. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

Совет

Положения центромеры получены из ChrominfoValue.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Color', ColorValue, ...) задает цветовую схему для вертикальных строк в графике, указывая на частоту прибылей и убытков. Выбор:

  • Имя или указатель на функцию, которая возвращает палитру.

  • Матрица M-3, содержащая значения RGB. Если M равняется 1, то тот один цвет используется для всех прибылей и убытков. Если M равняется 2 или больше, то первая строка используется для усилений, вторая строка используется за потери, и проигнорированы остающиеся строки. Например, [0 1 0;1 0 0] задает зеленый для усиления и красный за потерю.

Схема цвета по умолчанию является областью значений цветов от чистого зеленого (усиление = 1) через желтый (0) к чистому красному (потеря = –1).

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'YLim', YLimValue, ...) задает y вертикальные пределы для частотного графика. YLimValue является двухэлементным вектором, задающим минимальные и максимальные значения на вертикальной оси. Значением по умолчанию является [1, -1].

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Titles', TitlesValue, ...) задает заголовки для группы (групп), которые добавляются к верхним частям графика (графиков). TitlesValue может быть вектором символов, строкой, вектором строки или массивом ячеек из символьных векторов.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Отобразите данные на графике из исследования клеточной линии Coriell

Загрузите основанный на массиве CGH (aCGH) данные из исследования клеточной линии Coriell (Snijders, A. и др., 2001).

load coriell_baccgh

Отобразите частотный график изменений номера копии через все выборки.

Struct = cghfreqplot(coriell_data);

Просмотрите всплывающие подсказки для данных, хромосом и центромер. Сначала нажмите кнопку Data Cursor на панели инструментов, затем кликните по черной границе хромосомы или точечной строке центромеры в графике. Чтобы удалить эту всплывающую подсказку, щелкните правой кнопкой по нему, затем выберите Delete Current Datatip.

Отобразите цветную полосу, указывающую на степень усиления или потери путем нажатия кнопки Insert Colorbar на панели инструментов.

Отобразите данные на графике из исследования рака поджелудочной железы

Загрузите aCGH данные из исследования рака поджелудочной железы (Агирре, A. и др., 2004).

load pancrea_oligocgh

Отобразите частотный график изменений номера копии через все выборки с помощью зелено-красной цветовой схемы.

cghfreqplot(pancrea_data, 'Color', [0 1 0; 1 0 0])

Графический вывод групп aCGH Данных

Задайте две группы данных.

grp1 = strncmp('PA.C', pancrea_data.Sample,4);
grp1_ind = find(grp1);
grp2 = strncmp('PA.T', pancrea_data.Sample,4);
grp2_ind = find(grp2);

Отобразите частотный график изменений номера копии через все выборки в этих двух группах и ограничьте графический вывод только клонами с прибылями или убытками частоты, больше, чем или равный 0,25.

SP = cghfreqplot(pancrea_data, 'Group', {grp1_ind, grp2_ind},...
                 'Title', {'CL', 'PT'}, 'Cutoff', 0.25);

Отобразите частотный график изменений номера копии через все выборки в первой группе и ограничьте график хромосомой 4 только.

SP = cghfreqplot(pancrea_data, 'Group', grp1_ind, ...
                 'Title', 'CL Group on Chr 4', 'Chromosome', 4);

Используйте функцию chromosomeplot с опцией 'addtoplot', чтобы добавить идеограмму хромосомы 4 для Человека разумного к этому частотному графику. Поскольку график данных о частоте из исследования рака поджелудочной железы находится в модулях Кбита, используйте опцию 'Unit', чтобы преобразовать данные об идеограмме в модули Кбита.

chromosomeplot('hs_cytoBand.txt', 4, 'addtoplot', gca, 'Unit', 2);

Ссылки

[1] Snijders, Утра, Nowak, N., Segraves, R., Блэквуд, S., Браун, N., Conroy, J., Гамильтон, G., Hindle, A.K., Хьюи, B., Kimura, K., Закон, S., Myambo, K., Паломник, J., Ylstra, B., Юэ, J.P., Серый, J.W., джайн, А.Н., Pinkel, D., и Альбертсон, D.G. (2001). Блок микромассивов для измерения всего генома DNA копирует номер. Генетика природы 29, 263–264.

[2] Агирре, A.J., Брэннан, C., Стена замка, G., Sinha, R., Фэн, B., Лео, C., Чжан, Y., Чжан, J., Gans, степень доктора юридических наук, Бардиси, N., Cauwels, C., Cardo Кордона, C., Redston, M.S., DePinho, R.A., и Подбородок, L. (2004). Характеристика с высоким разрешением генома аденокарциномы поджелудочной железы. PNAS 101, 24, 9067–9072.

Смотрите также

| |

Введенный в R2008a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте