cytobandread
Считайте цитогенетические информации соединения
Синтаксис
CytoStruct = cytobandread(File)
Входные параметры
File | Вектор символов или строка, задающая файл, содержащий цитогенетические данные G-соединения, такие как текстовый файл идеограммы NCBI или Браузер Генома UCSC cytoband текстовый файл. |
Выходные аргументы
CytoStruct | Структура, содержащая цитогенетические данные G-соединения в следующих полях:
|
Описание
CytoStruct = cytobandread(File)File чтений, который является вектором символов или строкой, задающей файл, содержащий цитогенетические данные G-соединения, и возвращает CytoStruct, который является структурой, содержащей следующие поля.
| Поле | Описание |
|---|---|
ChromLabels | Массив ячеек, содержащий метку хромосомы (номер или буква), на котором расположена каждая полоса. |
BandStartBPs | Вектор-столбец, содержащий количество пары оснований в начале каждой полосы. |
BandEndBPs | Вектор-столбец, содержащий количество пары оснований в конце каждой полосы. |
BandLabels | Массив ячеек, содержащий метку FISH каждой полосы, например, p32.3. |
GieStains | Массив ячеек, содержащий Giemsa, окрашивающий результат для каждой полосы. Возможные результаты окраски зависят от разновидностей. Например, для Человека разумного, возможности:
|
Совет
Можно загрузить файлы, содержащие цитогенетические данные G-соединения из NCBI или FTP-сайта Браузера Генома UCSC. Например, можно загрузить цитогенетические данные о соединении для Человека разумного от:
Примеры
Считайте цитогенетические информации соединения из файла
Считайте цитогенетические информации соединения для Человека разумного в структуру.
bands = cytobandread('hs_cytoBand.txt')bands = struct with fields:
ChromLabels: {862x1 cell}
BandStartBPs: [862x1 int32]
BandEndBPs: [862x1 int32]
BandLabels: {862x1 cell}
GieStains: {862x1 cell}
Постройте целую идеограмму хромосомы.
chromosomeplot(bands)
title('Human Karyogram')