Exponenta Banner

hmmprofmerge

Отображает набор выравниваний профиля HMM

Синтаксис

hmmprofmerge(Sequences)
hmmprofmerge(Sequences, Names)
hmmprofmerge(Sequences, Names, Scores)

Аргументы

SequencesМассив последовательностей. Sequences может также быть структурированным массивом с выровненными последовательностями в поле Aligned или Sequences и дополнительными именами в поле Header или Name.
Names

Имена для последовательностей. Введите массив ячеек из символьных векторов.

Scores

Попарные очки выравнивания от функционального hmmprofalign. Введите вектор значений с той же длиной как количество последовательностей в Sequences.

Описание

hmmprofmerge(Sequences) открывает ваш веб-браузер по умолчанию и отображает набор предварительно выровненных последовательностей к профилю модели HMM. Вывод выравнивается, соответствуя состояниям HMM.

  • Match states — Прописные буквы

  • Insert states — Строчные буквы или звездочки (*)

  • Delete states — Тире

Периоды (.) добавляются при соответствии положений, вставляет в другие последовательности. Входные последовательности должны иметь то же количество состояний профиля, то есть, объединенное количество прописных букв и тире должно быть тем же самым.

hmmprofmerge(Sequences, Names) маркирует последовательности Names.

hmmprofmerge(Sequences, Names, Scores) сортирует отображенные последовательности с помощью Scores.

Примеры

load('hmm_model_examples','model_7tm_2')  %load model
load('hmm_model_examples','sequences')  %load sequences

for ind =1:length(sequences)
    [scores(ind),sequences(ind).Aligned] =...
        hmmprofalign(model_7tm_2,sequences(ind).Sequence);
    end
hmmprofmerge(sequences, scores)

Смотрите также

|

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка