Отображает набор выравниваний профиля HMM
hmmprofmerge(Sequences)
hmmprofmerge(Sequences, Names)
hmmprofmerge(Sequences, Names, Scores)
Sequences | Массив последовательностей. Sequences может также быть структурированным массивом с выровненными последовательностями в поле Aligned или Sequences и дополнительными именами в поле Header или Name. |
Names | Имена для последовательностей. Введите массив ячеек из символьных векторов. |
Scores | Попарные очки выравнивания от функционального |
hmmprofmerge( открывает ваш веб-браузер по умолчанию и отображает набор предварительно выровненных последовательностей к профилю модели HMM. Вывод выравнивается, соответствуя состояниям HMM.Sequences)
Match states — Прописные буквы
Insert states — Строчные буквы или звездочки (*)
Delete states — Тире
Периоды (.) добавляются при соответствии положений, вставляет в другие последовательности. Входные последовательности должны иметь то же количество состояний профиля, то есть, объединенное количество прописных букв и тире должно быть тем же самым.
hmmprofmerge( маркирует последовательности Sequences, Names)Names.
hmmprofmerge( сортирует отображенные последовательности с помощью Sequences, Names, Scores)Scores.
load('hmm_model_examples','model_7tm_2') %load model
load('hmm_model_examples','sequences') %load sequences
for ind =1:length(sequences)
[scores(ind),sequences(ind).Aligned] =...
hmmprofalign(model_7tm_2,sequences(ind).Sequence);
end
hmmprofmerge(sequences, scores)