hmmprofalign
Выровняйте последовательность запроса, чтобы профилировать использующее скрытое выравнивание модели Маркова
Синтаксис
Score = hmmprofalign(Model,
Seq)
[Score, Alignment]
= hmmprofalign(Model, Seq)
[Score, Alignment, Pointer]
= hmmprofalign(Model, Seq)
hmmprofalign(..., 'ShowScore', ShowScoreValue,
...)
hmmprofalign(..., 'Flanks', FlanksValue,
...)
hmmprofalign(..., 'ScoreFlanks', ScoreFlanksValue,
...)
hmmprofalign(..., 'ScoreNullTransitions', ScoreNullTransitionsValue,
...)
Аргументы
Model | Скрытая модель Маркова создается с функциональным |
Seq | Аминокислота или последовательность нуклеотида. Можно также ввести структуру с полем |
ShowScoreValue | Управляет отображением пробела выигрыша и пути к победе. Выбором является |
FlanksValue | Средства управления включение символов, сгенерированных FLANKING, ВСТАВЛЯЮТ состояния в выходную последовательность. Выбором является |
ScoreFlanksValue | Управляет включением вероятностей перехода для фланговых состояний в необработанном счете. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
ScoreNullTransitionsValue | Управляет корректировкой необработанного счета с помощью пустой модели для переходов (Model.NullX). Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
Описание
Score = hmmprofalign(Model,
Seq)Seq) к профилю скрытая модель Маркова (Model). Очки вычисляются с помощью нечетных журналом отношений для вероятностей эмиссии и регистрируют вероятности для изменений состояния.
[ также возвращает вектор символов, показывающий оптимальное выравнивание профиля. Score, Alignment]
= hmmprofalign(Model, Seq)
Прописные буквы и тире соответствуют СООТВЕТСТВИЮ, и состояния DELETE соответственно (объединенное количество равно количеству состояний в модели). Строчные буквы испускаются ВСТАВКА состояниями. Для получения дополнительной информации о профиле HMM, смотрите hmmprofstruct.
[ также возвращает вектор той же длины как модель профиля с индексами, указывающими на соответствующие символы последовательности запроса. Нулевые указатели (Score, Alignment, Pointer]
= hmmprofalign(Model, Seq)NaN) означают, что такие состояния не испускали символ в выровненной последовательности, потому что они представляют модель, спрыгивает с состояния BEGIN состояния СООТВЕТСТВИЯ, модель спрыгивает от состояния СООТВЕТСТВИЯ, в конец утверждают, или потому что выравнивание прошло через состояния DELETE.
hmmprofalign(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) hmmprofalign с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
hmmprofalign(..., 'ShowScore', , то, когда ShowScoreValue,
...)ShowScoreValue является true, отображает пробел выигрыша и путь к победе.
hmmprofalign(..., 'Flanks', , то, когда FlanksValue,
...)FlanksValue является true, включает символы, сгенерированные FLANKING, ВСТАВЛЯЮТ состояния в выходную последовательность.
hmmprofalign(..., 'ScoreFlanks', , то, когда ScoreFlanksValue,
...)ScoreFlanksValue является true, включает вероятности перехода для фланговых состояний в необработанном счете.
hmmprofalign(..., 'ScoreNullTransitions', , то, когда ScoreNullTransitionsValue,
...)ScoreNullTransitionsValue является true, настраивает необработанный счет с помощью пустой модели для переходов (Model.NullX).
Примечание
Несколько предназначаются для выравнивания, не поддержан в этой реализации. Все вероятности Model.LoopX проигнорированы.
Примеры
Выровняйте последовательность запроса, чтобы профилировать выравнивание модели HMM использования
Этот пример показывает, как выровнять последовательность запроса к профилю модели HMM с помощью выравнивания модели HMM.
Загрузите структуру профиля HMM 7 трансмембранных приемников (Семейство секретинов).
load('hmm_model_examples','model_7tm_2');
Загрузите последовательность в качестве примера и выровняйте ее к структуре профиля с помощью выравнивания HMM.
load('hmm_model_examples','sequences'); humanSeq = sequences(1).Sequence; [a,s]=hmmprofalign(model_7tm_2,humanSeq,'showscore',true)
a = 483.7231
s = 'YILVKAIYTLGYSVS-LMSLATGSIILCLFRKLHCTRNYIHLNLFLSFILRAISVLVKDDVLYSSSgtlhcpdqpsswvgCKLSLVFLQYCIMANFFWLLVEGLYLHTLL-VA---MLPPRRCFLAYLLIGWGLPTVCIGAWTAAR------------LYLEDTGC-WDTN-DHSVPWWVIRIPILISIIVNFVLFISIIRILLQKLT----SPDVGGNDQSQYKRLAKSTLLLIPLFGVHYMVFAVFPIS----ISSKYQILFELCLGSFQGLVVAVLYCFLNSEV'
Смотрите также
gethmmprof | hmmprofestimate | hmmprofgenerate | hmmprofgenerate | hmmprofstruct | multialign | pfamhmmread | profalign | showhmmprof