Предскажите минимальную свободную энергию вторичная структура последовательности RNA
rnafold(Seq)
RNAbracket = rnafold(Seq)
[RNAbracket, Energy] =
rnafold(Seq)
[RNAbracket, Energy, RNAmatrix]
= rnafold(Seq)
... = rnafold(Seq,
...'MinLoopSize', MinLoopSizeValue, ...)
... = rnafold(Seq,
...'NoGU', NoGUValue, ...)
... = rnafold(Seq,
...'Progress', ProgressValue, ...)
Seq | Любое из следующего:
|
MinLoopSizeValue | Целое число, задающее минимальный размер циклов (в основах), чтобы быть рассмотренным при вычислении свободной энергии. Значением по умолчанию является 3. |
NoGUValue | Средствам управления или GU или парам UG запрещают сформироваться. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
ProgressValue | Управляет отображением индикатора выполнения во время вычисления минимальной свободной энергии вторичная структура. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
RNAbracket | Вектор символов точек и скобок, указывающих на обозначение скобки для энергии без минимума вторичная структура последовательности RNA. В обозначении скобки каждая точка представляет непарную основу, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет пару оснований. |
Energy | Значение, задающее энергию (в kcal/mol) минимальной свободной энергии вторичная структура последовательности RNA. |
RNAmatrix | Матрица смежности, представляющая минимальную свободную энергию вторичная структура последовательности RNA. Двоичный файл, верхняя треугольная матрица, где i th остаток в последовательности RNA Seq соединяется с j th остаток Seq. |
rnafold( предсказывает и отображает вторичную структуру (в обозначении скобки) сопоставленный с минимальной свободной энергией для последовательности RNA, Seq)Seq, с помощью термодинамического подхода ближайшего соседа.
Для длинных последовательностей этот прогноз может быть трудоемким. Например, последовательность с 600 нуклеотидами может занять несколько минут и последовательностей, больше, чем 1 000 нуклеотидов могут принять 1 час, в зависимости от вашей системы.
RNAbracket = rnafold(Seq)Seq, с помощью термодинамического подхода ближайшего соседа. Возвращенная структура, RNAbracket, находится в обозначении скобки, которое является вектором точек и скобок, где каждая точка представляет непарную основу, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет пару оснований.
[ также возвращает RNAbracket, Energy] =
rnafold(Seq)Energy, энергетическая ценность (в kcal/mol) минимальной свободной энергии вторичная структура последовательности RNA.
[ также возвращает RNAbracket, Energy, RNAmatrix]
= rnafold(Seq)RNAmatrix, матрица смежности, представляющая вторичную структуру, сопоставленную с минимальной свободной энергией. RNAmatrix является верхней треугольной матрицей, где RNAmatrix(i, j) = 1i th остаток в последовательности RNA Seq соединяется с j th остаток Seq.
... = rnafold(Seq, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) rnafold с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает минимальный размер циклов (в основах), чтобы быть рассмотренным при вычислении свободной энергии. Значением по умолчанию является ... = rnafold(Seq,
...'MinLoopSize', MinLoopSizeValue, ...)3.
... = rnafold(Seq,
...'NoGU', NoGUValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
... = rnafold(Seq,
...'Progress', ProgressValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
Определите минимальную свободную энергию вторичная структура (и в скобке и в матричном обозначении) и энергетическая ценность следующей последовательности RNA:
seq = 'ACCCCCUCCUUCCUUGGAUCAAGGGGCUCAA';
[bracket, energy, matrix] = rnafold(seq);bracket
bracket =
..(((((...((....))...))))).....[1] Wuchty, S., Фонтана, W., Hofacker, я., и Шустер, P. (1999). Завершите субоптимальное сворачивание RNA и устойчивость вторичных структур. Биополимеры 49, 145–165.
[2] Мэтьюс, D., Сабина, J., Zuker, M. и Токарь, D. (1999). Расширенная зависимость последовательности термодинамических параметров улучшает прогноз RNA вторичная структура. J. Молекулярная масса Biol. 288, 911–940.