rnafold

Предскажите минимальную свободную энергию вторичная структура последовательности RNA

Синтаксис

rnafold(Seq)
RNAbracket = rnafold(Seq)
[RNAbracket, Energy] = rnafold(Seq)
[RNAbracket, Energy, RNAmatrix] = rnafold(Seq)
... = rnafold(Seq, ...'MinLoopSize', MinLoopSizeValue, ...)
... = rnafold(Seq, ...'NoGU', NoGUValue, ...)
... = rnafold(Seq, ...'Progress', ProgressValue, ...)

Входные параметры

Seq

Любое из следующего:

  • Вектор символов или строка, задающая последовательность RNA.

  • Структура MATLAB®, содержащая поле Sequence, которое задает последовательность RNA.

MinLoopSizeValueЦелое число, задающее минимальный размер циклов (в основах), чтобы быть рассмотренным при вычислении свободной энергии. Значением по умолчанию является 3.
NoGUValueСредствам управления или GU или парам UG запрещают сформироваться. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
ProgressValueУправляет отображением индикатора выполнения во время вычисления минимальной свободной энергии вторичная структура. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

RNAbracketВектор символов точек и скобок, указывающих на обозначение скобки для энергии без минимума вторичная структура последовательности RNA. В обозначении скобки каждая точка представляет непарную основу, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет пару оснований.
EnergyЗначение, задающее энергию (в kcal/mol) минимальной свободной энергии вторичная структура последовательности RNA.
RNAmatrixМатрица смежности, представляющая минимальную свободную энергию вторичная структура последовательности RNA. Двоичный файл, верхняя треугольная матрица, где RNAmatrix(i, j) = 1, если и только если i th остаток в последовательности RNA Seq соединяется с j th остаток Seq.

Описание

rnafold(Seq) предсказывает и отображает вторичную структуру (в обозначении скобки) сопоставленный с минимальной свободной энергией для последовательности RNA, Seq, с помощью термодинамического подхода ближайшего соседа.

Примечание

Для длинных последовательностей этот прогноз может быть трудоемким. Например, последовательность с 600 нуклеотидами может занять несколько минут и последовательностей, больше, чем 1 000 нуклеотидов могут принять 1 час, в зависимости от вашей системы.

RNAbracket = rnafold(Seq) предсказывает и возвращает вторичную структуру, сопоставленную с минимальной свободной энергией для последовательности RNA, Seq, с помощью термодинамического подхода ближайшего соседа. Возвращенная структура, RNAbracket, находится в обозначении скобки, которое является вектором точек и скобок, где каждая точка представляет непарную основу, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет пару оснований.

[RNAbracket, Energy] = rnafold(Seq) также возвращает Energy, энергетическая ценность (в kcal/mol) минимальной свободной энергии вторичная структура последовательности RNA.

[RNAbracket, Energy, RNAmatrix] = rnafold(Seq) также возвращает RNAmatrix, матрица смежности, представляющая вторичную структуру, сопоставленную с минимальной свободной энергией. RNAmatrix является верхней треугольной матрицей, где RNAmatrix(i, j) = 1, если и только если i th остаток в последовательности RNA Seq соединяется с j th остаток Seq.

... = rnafold(Seq, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает rnafold с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = rnafold(Seq, ...'MinLoopSize', MinLoopSizeValue, ...) задает минимальный размер циклов (в основах), чтобы быть рассмотренным при вычислении свободной энергии. Значением по умолчанию является 3.

... = rnafold(Seq, ...'NoGU', NoGUValue, ...) средствам управления или GU или парам UG запрещают сформироваться. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

... = rnafold(Seq, ...'Progress', ProgressValue, ...) управляет отображением индикатора выполнения во время вычисления минимальной свободной энергии вторичная структура. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примеры

Определите минимальную свободную энергию вторичная структура (и в скобке и в матричном обозначении) и энергетическая ценность следующей последовательности RNA:

seq = 'ACCCCCUCCUUCCUUGGAUCAAGGGGCUCAA';
[bracket, energy, matrix] = rnafold(seq);bracket

bracket =

..(((((...((....))...))))).....

Ссылки

[1] Wuchty, S., Фонтана, W., Hofacker, я., и Шустер, P. (1999). Завершите субоптимальное сворачивание RNA и устойчивость вторичных структур. Биополимеры 49, 145–165.

[2] Мэтьюс, D., Сабина, J., Zuker, M. и Токарь, D. (1999). Расширенная зависимость последовательности термодинамических параметров улучшает прогноз RNA вторичная структура. J. Молекулярная масса Biol. 288, 911–940.

Смотрите также

|

Представленный в R2007b