rnaplot

Чертите вторичную структуру последовательности RNA

Синтаксис

rnaplot(RNA2ndStruct)
ha = rnaplot(RNA2ndStruct)
[ha, H] = rnaplot(RNA2ndStruct)
rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Sequence', SequenceValue, ...)
rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Format', FormatValue, ...)
rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Selection', SelectionValue, ...)
rnaplot(RNA2ndStruct, ...'ColorBy', ColorByValue, ...)

Входные параметры

RNA2ndStruct

Вторичная структура последовательности RNA, представленной также:

  • Вектор символов или строка, задающая обозначение скобки

  • Матрица смежности

Совет

Используйте функцию rnafold, чтобы создать RNA2ndStruct.

SequenceValue

Последовательность RNA вторичная структура, построенная, заданная любым из следующего:

  • Вектор символов или строка

  • Структура, содержащая поле Sequence, которое содержит последовательность RNA

Эта информация используется во всплывающей подсказке, отображенной путем нажатия на основу в графике RNA вторичная структура RNA2ndStruct. Эта информация запрашивается, если вы задаете формат 'Diagram' или если вы задаете, чтобы подсветить какой-либо из следующих парных выборов: 'AU', 'UA', 'GC', 'CG', 'GU' или 'UG'.
FormatValue

Вектор символов или строка, задающая формат графика. Выбор:

  • 'Circle' (значение по умолчанию)

  • 'Diagram'

  • 'Dotdiagram'

  • 'Graph'

  • 'Mountain'

  • 'Tree'

Примечание

Если вы задаете 'Diagram', необходимо также использовать свойство 'Sequence' обеспечить последовательность RNA.

SelectionValue

Любое из следующего:

  • Числовой массив, задающий индексы остатков, чтобы подсветить в графике.

  • Вектор символов или строка, задающая подмножество остатков, чтобы подсветить в графике. Выбор:

    • 'Paired'

    • 'Unpaired'

    • 'AU' или 'UA'

    • 'GC' или 'CG'

    • 'GU' или 'UG'

Примечание

Если вы задаете 'AU', 'UA', 'GC', 'CG', 'GU' или 'UG', необходимо также использовать свойство 'Sequence' обеспечить последовательность RNA.

ColorByValue

Вектор символов или строка, задающая цветовую схему для графика. Выбор:

  • 'State' (значение по умолчанию) — Цвет по парному состоянию: парные основы и непарные основы.

  • остаток Цвет типом остатка (A, C, G, и U).

  • 'Pair' — Цвет парным типом (AU/UA, GC/CG и GU/UG).

Примечание

Если вы задаете 'residue' или 'pair', необходимо также использовать свойство 'Sequence' обеспечить последовательность RNA.

Примечание

Поскольку внутренние узлы дерева соответствуют парным остаткам, вы не можете задать 'residue', если вы задаете 'Tree' для свойства 'Format'.

Выходные аргументы

haОбработайте к оси вращения.
HСтруктура указателей, содержащих подмножество следующих полей, на основе того, что вы задаете для свойств 'Selection' и 'ColorBy':

  • Paired

  • Unpaired

  • A

  • C

  • G

  • U

  • AU

  • GC

  • GU

  • Selected

Описание

rnaplot(RNA2ndStruct) чертит RNA вторичная структура, заданная RNA2ndStruct, вторичная структура последовательности RNA, представленной вектором символов или строкой, задающей обозначение скобки или матрицу смежности.

ha = rnaplot(RNA2ndStruct) возвращает ha, указатель на ось вращения.

[ha, H] = rnaplot(RNA2ndStruct) также возвращает H, структуру указателей, которые можно использовать для элементов графика в Окне рисунка MATLAB®.

Совет

Используйте указатели, возвращенные в H, чтобы изменить свойства элементов графика, таких как цвет, размер маркера и тип маркера.

H содержит подмножество следующих полей, на основе того, что вы задаете для свойств 'Selection' и 'ColorBy'.

Поле Описание
PairedУказатели на все парные остатки
UnpairedУказатели на все непарные остатки
AУказатели на все остатки
CУказатели на все остатки C
GУказатели на все остатки G
UУказатели на все остатки U
AUУказатели на весь AU или пары UA
GCУказатели на весь GC или пары CG
GUУказатели на весь GU или пары UG
SelectedУказатели на все выбранные остатки

rnaplot(RNA2ndStruct, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает rnaplot с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Sequence', SequenceValue, ...) чертит RNA вторичная структура, заданная RNA2ndStruct, и аннотирует его положениями последовательности, предоставленными SequenceValue, последовательность RNA, заданная вектором символов, строкой или структурой, содержащей поле Sequence.

rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Format', FormatValue, ...) чертит RNA вторичная структура, заданная RNA2ndStruct, с помощью формата, заданного FormatValue.

FormatValue является вектором символов или строкой, задающей формат графика. Выбор следующие.

ФорматОписание
'Circle' (значение по умолчанию)

Каждая основа представлена точкой на окружности круга произвольного размера. Строки соединяют основы что пара друг с другом.

'Diagram'

Двумерное представление RNA вторичная структура. Каждая основа представлена и идентифицирована буквой. Магистраль и водородные связи между парами оснований представлены строками.

Примечание

Если вы задаете 'Diagram', необходимо также использовать свойство 'Sequence' обеспечить последовательность RNA.

'Dotdiagram'

Двумерное представление RNA вторичная структура. Каждая основа представлена и идентифицирована точкой. Магистраль и водородные связи между парами оснований представлены строками.

'Graph'

Основы отображены в их положении последовательности вдоль абсциссы (ось X) графика. Полуэллиптические строки соединяют основы что пара друг с другом. Высота строк пропорциональна расстоянию между парными основами.

'Mountain'

Каждая основа представлена точкой в двумерном графике, где основное положение находится в абсциссе (ось X), и количество пар оснований, заключающих данную основу, находится в ординате (ось Y).

'Tree'

Каждая основа представлена узлом в древовидном графе. Вершины указывают на непарные основы, в то время как каждый внутренний узел указывает на пару оснований. Древовидный корень является фиктивным узлом, не сопоставленным с любой основой во вторичной структуре.

rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Selection', SelectionValue, ...) чертит RNA вторичная структура, заданная RNA2ndStruct, подсвечивая подмножество остатков, заданных SelectionValue. SelectionValue может быть также:

  • Числовой массив, задающий индексы остатков, чтобы подсветить в графике.

  • Вектор символов или строка, задающая подмножество остатков, чтобы подсветить в графике. Выбор:

    • 'Paired'

    • 'Unpaired'

    • 'AU' или 'UA'

    • 'GC' или 'CG'

    • 'GU' или 'UG'

Примечание

Если вы задаете 'AU', 'UA', 'GC', 'CG', 'GU' или 'UG', необходимо также использовать свойство 'Sequence' обеспечить последовательность RNA.

rnaplot(RNA2ndStruct, ...'ColorBy', ColorByValue, ...) чертит RNA вторичная структура, заданная RNA2ndStruct, с помощью цветовой схемы, заданной ColorByValue, вектором символов или строкой, указывающей на цветовую схему. Выбор:

  • 'State' (значение по умолчанию) — Цвет по парному состоянию: парные основы и непарные основы.

  • остаток Цвет типом остатка (A, C, G, и U).

  • 'Pair' — Цвет парным типом (AU/UA, GC/CG и GU/UG).

Примечание

Если вы задаете 'Residue' или 'Pair', необходимо также использовать свойство 'Sequence' обеспечить последовательность RNA.

Примечание

Поскольку внутренние узлы дерева соответствуют парным остаткам, вы не можете задать 'Residue', если вы задаете 'Tree' для свойства 'Format'.

Примеры

  1. Определите минимальную свободную энергию вторичная структура последовательности RNA и постройте его в круговом формате:

    seq = 'GCGCCCGUAGCUCAAUUGGAUAGAGCGUUUGACUACGGAUCAAAAGGUUAGGGGUUCGACUCCUCUCGGGCGCG';
ss = rnafold(seq);
rnaplot(ss)

  2. Постройте последовательность RNA вторичная структура в формате графика и окрасьте его парным типом.

    rnaplot(ss, 'sequence', seq, 'format', 'graph', 'colorby', 'pair')

  3. Постройте последовательность RNA вторичная структура в горном формате и окрасьте его типом остатка. Используйте указатель, чтобы добавить заголовок на график.

    ha = rnaplot(ss, 'sequence', seq, 'format', 'mountain',...
             'colorby', 'residue')
title(ha, 'Bacillus halodurans, tRNA Arg')

  4. Видоизмените первые шесть положений в последовательности и наблюдайте эффект, который изменение имеет на вторичную структуру путем выделения первых шести остатков.

    seqMut = seq;
seqMut(1:6) = 'AAAAAA';
ssMut = rnafold(seqMut);
rnaplot(ss, 'sequence', seq, 'format', 'dotdiagram', 'selection', 1:6);
rnaplot(ssMut, 'sequence', seqMut, 'format', 'dotdiagram', 'selection', 1:6);

Совет

При необходимости перетащите нажатие кнопки легенду, чтобы препятствовать тому, чтобы он покрыл график. Кликните по основе в графике отобразить всплывающую подсказку с информацией о той основе.

Смотрите также

|

Представленный в R2007b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте