seqlogo
Отобразите логотип последовательности для нуклеотида или последовательностей аминокислот
Синтаксис
seqlogo(Seqs)
seqlogo(Profile)
WgtMatrix =
seqlogo(...)
[WgtMatrix, Handle]
= seqlogo(...)
seqlogo(..., 'Displaylogo', DisplaylogoValue,
...)
seqlogo(..., 'Alphabet', AlphabetValue,
...)
seqlogo(..., 'Startat', StartatValue,
...)
seqlogo(..., 'Endat', EndatValue,
...)
seqlogo(..., 'SSCorrection', SSCorrectionValue,
...)
Входные параметры
Seqs | Набор попарных или умножает выровненный нуклеотид или последовательности аминокислот, представленные любым следующим:
|
Profile | Матрица распределения профиля последовательности с частотой нуклеотидов или аминокислот для каждого столбца в нескольких выравнивание, такой, как возвращено функцией Размер матрицы плотности распределения:
Если разрывы были включены, |
DisplaylogoValue | Управляет отображением логотипа последовательности. Выбором является |
AlphabetValue | Вектор символов или строка, задающая тип последовательности (нуклеотид или аминокислота). Выбором является |
StartatValue | Положительное целое число, которое задает стартовую позицию для последовательностей в |
EndatValue | Положительное целое число, которое задает конечное положение для последовательностей в |
SSCorrectionValue | Управляет использованием исправления небольшой выборки по оценке количества битов. Выбором является |
Выходные аргументы
WgtMatrix | Массив ячеек, содержащий символ, перечисляет в Seqs или Profile и матрице веса, используемой, чтобы графически отобразить логотип последовательности. |
Handle | Обработайте к фигуре логотипа последовательности. |
Описание
seqlogo( отображает логотип последовательности для Seqs)Seqs, набора выровненных последовательностей. Логотип графически отображает сохранение последовательности в особом положении в выравнивании последовательностей, измеренных в битах. Максимальное сохранение последовательности на сайт является битами log2(4) для последовательностей нуклеотида и битами log2(20) для последовательностей аминокислот. Если значение сохранения последовательности является нулем или отрицательный, никакой логотип не отображен в том положении.
seqlogo( отображает логотип последовательности для Profile)Profile, матрицы распределения профиля последовательности с частотой нуклеотидов или аминокислот для каждого столбца в нескольких выравнивание, такой, как возвращено функцией seqprofile.
Цветовой код для нуклеотидов
| Нуклеотид | Цвет |
|---|---|
A | Зеленый |
C | Синий |
G | Желтый |
T, U | Красный |
| Другой | Фиолетовый |
Цветовой код для аминокислот
| Аминокислота | Химическое свойство | Цвет |
|---|---|---|
G S T Y C Q N | Полярный | Зеленый |
A V L I P W F M | Гидрофобный | Оранжевый |
D E | Кислый | Красный |
K R H | Основной | Синий |
| Другой | — | Загар |
WgtMatrix =
seqlogo(...)Seqs или Profile и информационная матрица веса, используемая, чтобы графически отобразить логотип.
[ возвращает указатель на фигуру логотипа последовательности. WgtMatrix, Handle]
= seqlogo(...)
seqlogo(Seqs, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) seqpdist с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
seqlogo(..., 'Displaylogo', управляет отображением логотипа последовательности. Выбором является DisplaylogoValue,
...)true (значение по умолчанию) или false.
seqlogo(..., 'Alphabet', задает тип последовательности (нуклеотид или аминокислота). Выбором является AlphabetValue,
...)'NT' (значение по умолчанию) or'AA'.
Примечание
Если вы предоставляете последовательности аминокислот seqlogo, необходимо установить Alphabet на 'AA'.
seqlogo(..., 'Startat', задает стартовую позицию для последовательностей в StartatValue,
...)Seqs. Стартовой позицией по умолчанию является 1.
seqlogo(..., 'Endat', задает конечное положение для последовательностей в EndatValue,
...)Seqs. Значением по умолчанию конечное положение является максимальная длина последовательностей в Seqs.
seqlogo(..., 'SSCorrection', управляет использованием исправления небольшой выборки по оценке количества битов. Выбором является SSCorrectionValue,
...)true (значение по умолчанию) или false.
Примечание
Простое вычисление битов имеет тенденцию переоценивать сохранение в конкретном местоположении. Чтобы компенсировать эту переоценку, когда SSCorrection установлен в true, грубая оценка применяется как аппроксимированное исправление. Это исправление работает лучше, когда количество последовательностей больше, чем 50.
Примеры
Отобразите логотип последовательности для выровненных последовательностей нуклеотида
Этот пример показывает, как отобразить логотип последовательности для набора выровненных последовательностей нуклеотида.
Создайте серию выровненных последовательностей нуклеотида.
S = {'ATTATAGCAAACTA',...
'AACATGCCAAAGTA',...
'ATCATGCAAAAGGA'}
S =
1x3 cell array
{'ATTATAGCAAACTA'} {'AACATGCCAAAGTA'} {'ATCATGCAAAAGGA'}
Отобразите логотип последовательности.
seqlogo(S)
Отобразите логотип последовательности для выровненных последовательностей аминокислот
Этот пример показывает, как отобразить логотип последовательности для набора выровненных последовательностей аминокислот.
Создайте серию выровненных последовательностей аминокислот.
S2 = {'LSGGQRQRVAIARALAL',...
'LSGGEKQRVAIARALMN',...
'LSGGQIQRVLLARALAA',...
'LSGGERRRLEIACVLAL',...
'FSGGEKKKNELWQMLAL',...
'LSGGERRRLEIACVLAL'};
Отобразите логотип последовательности, задав последовательность аминокислот и ограничив логотип, чтобы упорядочить положения 2 - 10.
seqlogo(S2, 'alphabet', 'aa', 'startAt', 2, 'endAt', 10)
Ссылки
[1] Шнейдер, T.D., и Стивенс, R.M. (1990). Логотипы последовательности: новый способ отобразить последовательности согласия. Исследование Нуклеиновых кислот 18, 6097–6100.