Анализ последовательности нуклеотида
Вычислите и в интерактивном режиме исследуйте статистику последовательности; вычислите свойства последовательности; анализируйте мотивы; разработайте капсюли; найдите ферменты ограничения
Приложения
| Sequence Viewer | Визуализируйте и в интерактивном режиме исследуйте биологические последовательности |
Функции
basecount | Считайте нуклеотиды в последовательности |
codonbias | Вычислите частоту кодона для каждой аминокислоты, закодированной для в последовательности нуклеотида |
codoncount | Считайте кодоны в последовательности нуклеотида |
dimercount | Считайте димеры в последовательности нуклеотида |
ntdensity | Постройте плотность нуклеотидов вдоль последовательности |
seqwordcount | Считайте количество случаев слова в последовательности |
nt2aa | Преобразуйте последовательность нуклеотида в последовательность аминокислот |
aa2nt | Преобразуйте последовательность аминокислот в последовательность нуклеотида |
nt2int | Преобразуйте последовательность нуклеотида от буквы до целочисленного представления |
int2nt | Преобразуйте последовательность нуклеотида от целого числа, чтобы обозначить буквами представление |
dna2rna | Преобразуйте последовательность DNA в последовательность RNA |
rna2dna | Преобразуйте последовательность RNA в последовательность DNA |
revgeneticcode | Возвратите отображение реверса (аминокислота к кодону нуклеотида) для генетического кода |
seqcomplement | Вычислите комплементарную нить последовательности нуклеотида |
seqrcomplement | Вычислите противоположную комплементарную нить последовательности нуклеотида |
seqreverse | Вычислите противоположную скрутку последовательности нуклеотида |
baselookup | Найдите коды нуклеотида, целые числа, имена и дополнения |
geneticcode | Возвратите кодон нуклеотида в отображение аминокислоты для генетического кода |
oligoprop | Вычислите свойства последовательности олигонуклеотида DNA |
cpgisland | Найдите острова CpG в последовательности DNA |
joinseq | Соедините две последовательности, чтобы произвести самую короткую суперпоследовательность |
palindromes | Найдите палиндромы в последовательности |
randseq | Сгенерируйте случайную последовательность от конечного алфавита |
seqmatch | Найдите соответствия для каждого вектора символов в библиотеке |
seqviewer | Визуализируйте и в интерактивном режиме исследуйте биологические последовательности |
seqdisp | Формат длинная последовательность выводится для легкого просмотра |
seqshoworfs | Отобразите открытые рамки считывания в последовательности |
seqshowwords | Графически отобразите слова в последовательности |
featuresmap | Чертите линейную или круговую карту функций от структуры GenBank |
featureparse | Проанализируйте функции от GenBank, GenPept или данных EMBL |
featuresparse | Проанализируйте функции от GenBank, GenPept или данных EMBL |
featureview | Чертите линейную или круговую карту функций от структуры GenBank |
seqconsensus | Вычислите последовательность согласия |
seqdotplot | Создайте точечную диаграмму двух последовательностей |
seqlogo | Отобразите логотип последовательности для нуклеотида или последовательностей аминокислот |
seqprofile | Вычислите профиль последовательности от набора умножают выровненные последовательности |
seqinsertgaps | Вставьте разрывы в нуклеотид или последовательность аминокислот |
rebasecuts | Найдите ферменты ограничения, которые сокращают последовательность нуклеотида |
restrict | Разделите последовательность нуклеотида на сайте ограничения |
seq2regexp | Преобразуйте последовательность с неоднозначными символами к регулярному выражению |
Примеры и руководства
Исследование последовательности нуклеотида Используя командную строку
Начиная с последовательности DNA вычислите статистику для содержимого нуклеотида.
Исследование последовательности нуклеотида Используя приложение Sequence Viewer
Используйте графический интерфейс для функций последовательности.
Концепции
Утилиты последовательности и статистика
Можно управлять и анализировать последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических, и биологических характеристик данных.
