Exponenta Banner

свойство определения

Класс: термин

Вектор символов только для чтения, который задает, ИДЕТ термин

Описание

definition является свойством только для чтения термина класс. definition является вектором символов, который задает ПОЙТИ термин.

Значения

Возможные значения являются любым определением, используемым для термина в базе данных Gene Ontology. Используйте свойство definition определить определения объектов термина, или получить доступ или отфильтровать объекты термина по определению.

Примеры

Пример 94. Используя Свойство определения Определить Определение Объекта термина

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont. 

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отобразите объект определения слова в 287-м положении в объекте geneont, GeneontObj.

    GeneontObj.terms(287).name

ans =

"The smaller of the two subunits of an organellar ribosome." [GOC:mcc]

Совет

Если вы знаете ПОЙТИ идентификатор (например, 314) объекта термина, вместо его индекса или номера положения (например, 287), можно использовать следующий синтаксис, чтобы отобразить определение объекта термина:

GeneontObj(314).terms.definition

Для справки, преобразовывающей индекс или количество положения объекта термина к ИДТИ идентификатор, смотрите свойство term.id.

Пример 95. Фильтрация Объектов термина текстом в Их Определениях

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отобразите массив структур, содержащий 27 786 объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    GeneontObj.terms

27786x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

  3. Найдите объекты термина, определения которых включают фразу “олигосахариды керамида” первым созданием массива ячеек из символьных векторов, которые перечисляют свойство definition для каждого термина в объекте geneont.

    definitions = get(GeneontObj.terms,'definition');

  4. Используйте функцию regexpi, чтобы искать эти векторы символов 'ceramide oligosaccharides'.

    matches = regexpi(definitions,'ceramide oligosaccharides','once');

  5. Создайте логическую маску, которая идентифицирует все условия со свойством definition, которое включает фразу “олигосахариды керамида”.

    mask = ~cellfun(@isempty,matches);

  6. Примените логическую маску ко всем условиям в GeneontObj geneont объект возвратить структуру, содержащую ПОЙТИ идентификаторы условий с определением, которое включает фразу “олигосахариды керамида”.

    get(GO.terms(mask),'id')

ans = 

    [1573]
    [1574]

  7. Примените логическую маску ко всем условиям в GeneontObj geneont объект возвратить структуру, содержащую полные определения условий с определением, которое включает фразу “олигосахариды керамида”.

    char(get(GO.terms(mask),'definition'))
Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка