Класс: термин
Числовое значение только для чтения, которое соответствует, чтобы ПОЙТИ идентификатор, ИДЕТ термин
id
является свойством термина класс. id
является числовым значением только для чтения, которое соответствует ПОЙТИ идентификатору ПОЙТИ термина.
Можно использовать функцию num2goid
, чтобы преобразовать id
в ПОЙТИ вектор символов ID, отформатированный как 7-разрядный номер, которому предшествует префиксный GO:
, который является стандартом, используемым базой данных Gene Ontology.
Любое значение от 1
до N
, где N
является самым большим значением для идентификатора объекта термина в объекте geneont. Используйте свойство id
определить, ИДУТ идентификаторы объектов термина, или получить доступ к объектам термина их ИДТИ идентификатор.
Можно использовать свойство id
для ПОЙТИ термина в качестве входа к методам объекта geneont, таким как geneont.getancestors
, geneont.getdescendants
и geneont.getrelatives
.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в MATLAB.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Отобразите ПОЙТИ идентификатор термина объект в 183-м положении в объекте geneont, GeneontObj
.
GeneontObj.terms(183).id ans = 207
Индекс или положение (183 в этом примере) термина объект в объекте geneont не являются тем же самым как ПОЙТИ идентификатором (207 в этом примере) для термина объект. Это вызвано тем, что существует много условий, которые являются устаревшими и не включены как объекты термина в объекте geneont.
Отформатируйте ПОЙТИ идентификатор в символьный массив.
num2goid(GeneontObj.terms(183).id) ans = 'GO:0000207'
Найдите индекс или количество положения термина объект, свойством name
которого является 'membrane'
.
membrane_index = find(strcmp(get(GeneontObj.terms,'name'),'membrane')) membrane_index = 9556
Используйте этот индекс или номер положения и свойство id
определить ПОЙТИ идентификатор термина объект.
membrane_goid = GeneontObj.terms(membrane_index).id membrane_goid = 16020
Используйте это ПЕРЕХОДИТ идентификатор, как введено к методу getrelatives
, чтобы найти ПОЙТИ идентификаторы других объектов термина, которые являются мгновенными родственниками термина объект, свойством name
которого является 'membrane'
.
relative_ids = getrelatives(GeneontObj,membrane_goid) relative_ids = 5628 5886 16020 19867 30673 31090 34045 34357 42175 42622 42734 44464 45211 48475 60342
Перечислите свойства name
этих объектов термина.
get(GeneontObj(relative_ids).terms,'name') ans = 'prospore membrane' 'plasma membrane' 'membrane' 'outer membrane' 'axolemma' 'organelle membrane' 'pre-autophagosomal structure membrane' 'photosynthetic membrane' 'nuclear envelope-endoplasmic reticulum network' 'photoreceptor outer segment membrane' 'presynaptic membrane' 'cell part' 'postsynaptic membrane' 'coated membrane' 'photoreceptor inner segment membrane'
geneont.getancestors
| geneont.getdescendants
| geneont.getrelatives
| num2goid