Exponenta Banner

свойство онтологии

Класс: термин

Вектор символов только для чтения, описывающий онтологию, ИДЕТ термин

Описание

ontology является свойством только для чтения термина класс. ontology является вектором символов, описывающим онтологию ПОЙТИ термина.

Значения

'molecular function'
'biological process'
'cellular component'

Используйте свойство ontology определить онтологию объектов термина, или получить доступ или отфильтровать объекты термина онтологией.

Примеры

Пример 103. Используя Свойство онтологии Определить Онтологию Объекта термина

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont. 

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отобразите онтологию термина объект в 155-м положении в объекте geneont, GeneontObj.

    GeneontObj.terms(155).ontology

ans =

molecular function

Совет

Если вы знаете ПОЙТИ идентификатор (например, 179) объекта термина, вместо его индекса или номера положения (например, 155), можно использовать следующий синтаксис, чтобы отобразить онтологию объекта термина:

GeneontObj(179).terms.ontology

Для справки, преобразовывающей индекс или количество положения объекта термина к ИДТИ идентификатор, смотрите свойство term.id.

Пример 104. Фильтрация Объектов термина Сотовой Онтологией Компонента

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отобразите массив структур, содержащий 27 786 объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    GeneontObj.terms

27786x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

  3. Просмотрите свойства термина объект в 14,723-м положении в объекте geneont.

    GeneontObj.terms(14723)

            id: 31655
          name: 'negative regulation of heat dissipation'
      ontology: 'biological process'
    definition: [1x113 char]
       comment: ''
       synonym: {4x2 cell}
          is_a: [3x1 double]
       part_of: 31653
      obsolete: 0

  4. Создайте массив ячеек из символьных векторов, которые перечисляют свойство ontology для каждого термина в объекте geneont.

    ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');

  5. Создайте логическую маску, которая идентифицирует все условия со свойством ontology cellular component.

    mask = strcmp(ontologies,'cellular component');

  6. Примените логическую маску ко всем условиям в GeneontObj geneont объект возвратиться, структура, содержащая только, называет со свойством ontology cellular component.

    cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask)

2362x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Существует 2 362 условия со свойством ontology cellular component.

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка