Bioinformatics Toolbox Информация о релизах

  • |
  • Область значений релиза:R2016a к R2019a

R2019a

Новые возможности, исправления ошибок, Вопросы совместимости

Запонки: Выполните статистический и дифференциальный анализ выражения данных последовательности RNA

Можно теперь собрать транскриптомы и выполнить дифференциальный анализ выражения данных RNA-Seq с помощью комплекта функций запонок, включая cufflinks, cuffcompare, cuffmerge, cuffquant, cuffdiff и cuffnorm. Кроме того, можно использовать cuffgffread, чтобы отфильтровать и преобразовать файлы GTF и GFF. cuffgtf2sam позволяет вам преобразовать собранные расшифровки стенограммы в файлах входа GTF к файлам SAM. Эти функции требуют Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Можно загрузить пакет поддержки с Add-On Explorer.

Функциональность, удаляемая или измененная

getgenbank и getgenpept больше не добавляют данные к существующему файлу

Изменение поведения

getgenbank и getgenpept больше не добавляют данные к существующему файлу. Функции теперь перезаписывают содержимое существующего файла без предупреждения.

NGS Browser будет удален

Все еще работает

Приложение NGS Browser и функция ngsbrowser будут удалены в будущем релизе.

R2018b

Новые возможности, исправления ошибок

Упорядочивание следующего поколения: Считайте количество чтений в отформатированных BAM файлах с помощью функции featurecount

Функция featurecount позволяет вам считать количество чтений из отформатированных BAM и SAM-отформатированных файлов.

R2018a

Новые возможности, исправления ошибок

Упорядочивание следующего поколения: Импортируйте файлы BAM, которые используют новый формат Краткого особенного содержащего разрывы отчета выравнивания (CIGAR) ​

Можно теперь импортировать BAM - и SAM-отформатированные файлы, которые содержат = и символы X в строках CIGAR. Используйте функцию BioMap, чтобы импортировать.

Упорядочивание следующего поколения: Сопоставьте чтения с помощью программного обеспечения Bowtie2

Можно теперь сопоставить чтения последовательности со ссылочной последовательностью с помощью функции bowtie2, которая требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки. Можно загрузить этот пакет поддержки с Add-On Explorer.

R2017b

Новые возможности, исправления ошибок, Вопросы совместимости

База данных NCBI: Загрузите геномные данные из NCBI, использующего формат XML

Доступ к веб-сервисам NCBI BLAST с помощью улучшил blastncbi, getblast и функции blastread.

Обновления blastncbi

Новые аргументы пары "имя-значение":

  • 'MaxNumberSequences' – Задает максимальное количество хитов, чтобы возвратиться. Этот аргумент заменяет предыдущий 'Alignments' и пары "имя-значение" 'Descriptions'.

  • 'MatchScores' – Задает соответствие и несоответствие очкам в выравнивании нуклеотида (только для blastn и megablast).

  • 'CompositionAdjustment' – Задает тип композиционной корректировки, чтобы применяться, чтобы компенсировать составы аминокислоты сравниваемых последовательностей.

Обновленные аргументы пары "имя-значение":

  • 'GapCosts' – Этот аргумент теперь доступен и для аминокислоты и для поисковых запросов нуклеотида.

  • Word Были обновлены доступные размеры слова.

  • фильтр Можно теперь задать несколько фильтров целиком. Например, 'Lm' применяет и низкий композиционный фильтр сложности и маску.

  • Выбор базы данных 'Database' - Available был обновлен.

Для списка аргументов пары "имя-значение", которые были удалены из blastncbi, смотрите, что Функциональность изменена или удалена.

Обновления getblast

getblast позволяет вам получить результаты поиска BLAST и сохранить отчет в XML-отформатированном файле с помощью опции 'ToFile'. Эта функция возвращает выходную структуру, которая содержит данные об отчете BLAST со следующими полями: RID, Algorithm, Database, QueryID, QueryDefinition, Hits, Parameters и Statistics.

Для списка аргументов пары "имя-значение", которые были удалены из функций getblast, смотрите, что Функциональность изменена или удалена.

Обновления blastread

blastread теперь берет только XML-отформатированный файл отчета BLAST в качестве входа. Поддержка чтения от URL и других типов файлов была удалена.

Выходная структура имеет новые поля: QueryDefinition, QueryID (заменяет Query), Parameters и HSPs.AlignmentLength.

Функциональность изменена или удалена

Программа BLAST 'psiblast' была удалена

Ошибки

Программа BLAST 'psiblast' была удалена из одной из поддерживаемых программ blastncbi.

Опция 'Inclusion' в blastncbi была удалена

Ошибки

Пара "имя-значение" 'Inclusion' для blastncbi была удалена, поскольку это только применяется к программе psiblast, которая была также удалена.

Опция 'Descriptions' в blastncbi была удалена

Ошибки

Пара "имя-значение" 'Descriptions' для blastncbi была удалена. Используйте 'MaxNumberSequences' вместо этого, чтобы задать максимальное количество хитов, чтобы возвратиться.

Опция 'Alignments' в blastncbi была удалена

Ошибки

Пара "имя-значение" 'Alignments' для blastncbi была удалена. Используйте 'MaxNumberSequences' вместо этого, чтобы задать максимальное количество хитов, чтобы возвратиться.

Опция 'GapOpen' в blastncbi была удалена

Ошибки

Пара "имя-значение" 'GapOpen' для blastncbi была удалена. Используйте 'GapCosts' вместо этого.

Опция 'ExtendGap' в blastncbi была удалена

Ошибки

Пара "имя-значение" 'ExtendGap' для blastncbi была удалена. Используйте 'GapCosts' вместо этого.

Опция 'Pct' в blastncbi была удалена

Ошибки

Пара "имя-значение" 'Pct' для blastncbi была удалена.

Опция 'Alignments' в getblast была удалена

Ошибки

Пара "имя-значение" 'Alignments' для getblast была удалена. Количеством хитов, возвращенных в выводе, управляет количество хитов в отчете входа BLAST.

Опция 'Descriptions' в getblast была удалена

Ошибки

Пара "имя-значение" 'Descriptions' для getblast была удалена. Количеством хитов, возвращенных в выводе, управляет количество хитов в отчете входа BLAST.

Опция 'FileFormat' в getblast была удалена

Ошибки

Пара "имя-значение" 'FileFormat' для getblast была удалена. Файл XML-отформатирован автоматически.

Опция 'R2012b' в seqalignviewer была удалена

Ошибки

Пара "имя-значение" 'R2012b' для seqalignviewer была удалена. Версия по умолчанию seqalignviewer запускается более надежно, чем предыдущая версия (R2012b).

knnclassify был удален

Ошибки

Функция knnclassify была удалена. Используйте fitcknn, чтобы соответствовать модели классификации knn и классифицировать данные с помощью функции predict объекта ClassificationKNN.

featuresparse был удален

Ошибки

Функция featuresparse была удалена. Используйте featureparse вместо этого.

featuresmap был удален

Ошибки

Функция featuresmap была удалена. Используйте featureview вместо этого.

Метод princomp объекта DataMatrix был переименован

Ошибки

Метод princomp DataMatrix object был переименован. Замените экземпляры princomp с pca.

seqlinkage правильно вычисляет вход попарные расстояния

Изменение поведения

Для R2017a или более ранних версий, seqlinkage неправильно удвоил вход попарные расстояния при создании дерева. Эта ошибка была исправлена в R2017b.

Если вы были ранее selecting, подмножество дерева, возвращенного seqlinkage с порогом расстояния, рассматривает деление порога 2.

Обратите внимание на то, что древовидная топология всегда вычислялась правильно и не затрагивалась этой ошибкой.

R2017a

Новые возможности, исправления ошибок, Вопросы совместимости

Упорядочивание следующего поколения Графики QC: Сгенерируйте графики контроля качества от данных FASTQ

Можно получить доступ к качеству данных FASTQ с помощью функции seqqcplot. Функция предоставляет несколько графиков контроля качества, таких как коробчатая диаграмма счета среднего качества, линейный график базового состава последовательности, качественного графика распределения счета, графика распределения GC и графика распределения длины последовательности. Можно задать обрезку и фильтрацию критериев и получить доступ к качеству данных только тех последовательностей, которые соответствуют критериям, не изменяя исходные данные.

Функциональность изменена или удалена

Функциональность РезультатИспользуйте это вместо этогоВопросы совместимости
Объект BioReadQualityStatisticsПредупреждаетИспользуйте seqqcplot вместо этого, чтобы сгенерировать графики контроля качества для данных о последовательности.

Этот объект будет удален в будущем релизе.

getCounts

Метод теперь возвращает векторный массив или массив ячеек в зависимости от того, заданы ли несколько ссылок.

'alu_repeats' как база данных, чтобы искать использование blastncbiОшибки'alu'Параметр базы данных 'alu_repeats' был переименован к 'alu'.

R2016b

Новые возможности, исправления ошибок, Вопросы совместимости

Упорядочивание Следующего поколения: Предварительно обработайте данные NGS с seqfilter, seqtrim, seqsplit и функциями seqsplitpe​

Можно предварительно обработать следующее поколение, упорядочивающее данные с помощью различных функций. seqfilter позволяет вам отфильтровать последовательности, которые не соответствуют заданным критериям, таким как максимальный порог на количестве низкокачественных позволенных основ, минимальная длина или минимальное среднее качество последовательности. seqtrim позволяет вам обрезать последовательности в концах последовательности, или когда качество последовательности понижается данный порог. seqsplit разделяет последовательности в FASTQ-файле на основе соответствующих штрихкодов, позволяющих конкретное количество несоответствий. seqsplitpe разделяет объединенные последовательности парного конца в два отдельных файла.

Функциональность изменена или удалена

Функциональность РезультатИспользуйте это вместо этогоВопросы совместимости
Свойства RowLabelsColor и ColumnLabelsColor HeatMap и объектов clustergramПредупреждает

Установите LabelsWithMarkers на true для цветных маркеров вместо цветных текстов.

Эти свойства будут удалены в будущем релизе.

Установите LabelsWithMarkers на true для цветных маркеров вместо цветных текстов. Для получения дополнительной информации смотрите HeatMap object.

Метод princomp DataMatrix objectПредупреждаетpcaЗамените экземпляры princomp с pca.
Аргумент пары "имя-значение" 'Type' gethmmtree.ОшибкиЧтобы загрузить дерево 'seed', используйте gethmmtree без любых дополнительных входных параметров. Чтобы получить дерево 'full', можно использовать gethmmalignment, чтобы загрузить выравнивание 'full' и создать дерево с помощью функций seqneighjoin и seqpdist.Эта пара "имя-значение" была удалена.
Аргумент пары "имя-значение" 'Mirror' gethmmprof и gethmmalignmentОшибкиФункция теперь ищет базу данных PFAM по http://pfam.xfam.org/.Эта пара "имя-значение" была удалена.
Вызывание функции biograph без любых входных параметровПредупреждаетЧтобы создать случайный биообъект диаграмм, задайте случайную матрицу смежности как входной параметр.Вызывание функции без любых входных параметров возвращает случайный биографик с 15 узлами. Это поведение изменится в будущем релизе.

R2016a

Новые возможности, исправления ошибок, Вопросы совместимости

featurecount: Обобщите чтения последовательности для больших наборов данных NGS

Функция featurecount позволяет вам считать количество чтений от данных об упорядочивании следующего поколения, которые сопоставляют с геномными функциями интереса с помощью SAM и входных параметров файла GTF. Можно обобщить чтения последовательности на различных уровнях функции, таких как экзон, расшифровки стенограммы или гены. Функциональные поддержки, скрученные, упорядочивая протоколы, а также одно конец и подсчет чтения парного конца. Различный выбор для нескольких чтений отображения доступен, подходит и для RNA-Seq и для анализа данных CHIP-Seq, а также различных методов для чтения (или фрагмент) разрешение неоднозначности.

Функциональность изменена или удалена

Функциональность РезультатИспользуйте это вместо этогоВопросы совместимости
Поле Color структуры для свойств RowLabelsColor и ColumnLabelsColor HeatMap и объектов clustergramВсе еще работаетНе применяется

Независимая цветная поддержка каждой строки или метки столбца была удалена. Если существует несколько цветов, (черный) цвет по умолчанию используется в качестве цвета текста метки.

Установите LabelsWithMarkers на true для цветных маркеров вместо цветного текста. Для получения дополнительной информации смотрите HeatMap object.

featuresparseПредупреждаетfeatureparseФункция была переименована к featureparse.
featuresmapПредупреждаетfeatureviewФункция была переименована к featureview.
affyinvarsetnormВсе еще работаетНе применяетсяФункция была обновлена, чтобы перестроить с поведением R2012b или более ранних релизов.
getTranscripts и методы getGenes класса GTFAnnotationВсе еще работаетНе применяетсяЭти два метода были обновлены, чтобы улучшить время вычисления.