Запонки: Выполните статистический и дифференциальный анализ выражения данных последовательности RNA
Можно теперь собрать транскриптомы и выполнить дифференциальный анализ выражения данных RNA-Seq с помощью комплекта функций запонок, включая cufflinks
, cuffcompare
, cuffmerge
, cuffquant
, cuffdiff
и cuffnorm
. Кроме того, можно использовать cuffgffread
, чтобы отфильтровать и преобразовать файлы GTF и GFF. cuffgtf2sam
позволяет вам преобразовать собранные расшифровки стенограммы в файлах входа GTF к файлам SAM. Эти функции требуют Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Можно загрузить пакет поддержки с Add-On Explorer.
Функциональность, удаляемая или измененная
getgenbank
и getgenpept
больше не добавляют данные к существующему файлу
Изменение поведения
getgenbank
и getgenpept
больше не добавляют данные к существующему файлу. Функции теперь перезаписывают содержимое существующего файла без предупреждения.
NGS Browser будет удален
Все еще работает
Приложение NGS Browser и функция ngsbrowser
будут удалены в будущем релизе.
Упорядочивание следующего поколения: Считайте количество чтений в отформатированных BAM файлах с помощью функции featurecount
Функция featurecount
позволяет вам считать количество чтений из отформатированных BAM и SAM-отформатированных файлов.
Упорядочивание следующего поколения: Импортируйте файлы BAM, которые используют новый формат Краткого особенного содержащего разрывы отчета выравнивания (CIGAR)
Можно теперь импортировать BAM - и SAM-отформатированные файлы, которые содержат =
и символы X
в строках CIGAR. Используйте функцию BioMap, чтобы импортировать.
Упорядочивание следующего поколения: Сопоставьте чтения с помощью программного обеспечения Bowtie2
Можно теперь сопоставить чтения последовательности со ссылочной последовательностью с помощью функции bowtie2
, которая требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки. Можно загрузить этот пакет поддержки с Add-On Explorer.
База данных NCBI: Загрузите геномные данные из NCBI, использующего формат XML
Доступ к веб-сервисам NCBI BLAST с помощью улучшил blastncbi
, getblast
и функции blastread
.
Обновления blastncbi
Новые аргументы пары "имя-значение":
'MaxNumberSequences'
– Задает максимальное количество хитов, чтобы возвратиться. Этот аргумент заменяет предыдущий'Alignments'
и пары "имя-значение"'Descriptions'
.'MatchScores'
– Задает соответствие и несоответствие очкам в выравнивании нуклеотида (только дляblastn
иmegablast
).'CompositionAdjustment'
– Задает тип композиционной корректировки, чтобы применяться, чтобы компенсировать составы аминокислоты сравниваемых последовательностей.
Обновленные аргументы пары "имя-значение":
'GapCosts'
– Этот аргумент теперь доступен и для аминокислоты и для поисковых запросов нуклеотида.Word
Были обновлены доступные размеры слова.фильтр
Можно теперь задать несколько фильтров целиком. Например,'Lm'
применяет и низкий композиционный фильтр сложности и маску.Выбор базы данных
'Database'
- Available был обновлен.
Для списка аргументов пары "имя-значение", которые были удалены из blastncbi
, смотрите, что Функциональность изменена или удалена.
Обновления getblast
getblast
позволяет вам получить результаты поиска BLAST и сохранить отчет в XML-отформатированном файле с помощью опции 'ToFile'
. Эта функция возвращает выходную структуру, которая содержит данные об отчете BLAST со следующими полями: RID
, Algorithm
, Database
, QueryID
, QueryDefinition
, Hits
, Parameters
и Statistics
.
Для списка аргументов пары "имя-значение", которые были удалены из функций getblast
, смотрите, что Функциональность изменена или удалена.
Обновления blastread
blastread
теперь берет только XML-отформатированный файл отчета BLAST в качестве входа. Поддержка чтения от URL и других типов файлов была удалена.
Выходная структура имеет новые поля: QueryDefinition
, QueryID
(заменяет Query
), Parameters
и HSPs.AlignmentLength
.
Функциональность изменена или удалена
Программа BLAST 'psiblast'
была удалена
Ошибки
Программа BLAST 'psiblast'
была удалена из одной из поддерживаемых программ blastncbi
.
Опция 'Inclusion'
в blastncbi
была удалена
Ошибки
Пара "имя-значение" 'Inclusion'
для blastncbi
была удалена, поскольку это только применяется к программе psiblast
, которая была также удалена.
Опция 'Descriptions'
в blastncbi
была удалена
Ошибки
Пара "имя-значение" 'Descriptions'
для blastncbi
была удалена. Используйте 'MaxNumberSequences'
вместо этого, чтобы задать максимальное количество хитов, чтобы возвратиться.
Опция 'Alignments'
в blastncbi
была удалена
Ошибки
Пара "имя-значение" 'Alignments'
для blastncbi
была удалена. Используйте 'MaxNumberSequences'
вместо этого, чтобы задать максимальное количество хитов, чтобы возвратиться.
Опция 'GapOpen'
в blastncbi
была удалена
Ошибки
Пара "имя-значение" 'GapOpen'
для blastncbi
была удалена. Используйте 'GapCosts'
вместо этого.
Опция 'ExtendGap'
в blastncbi
была удалена
Ошибки
Пара "имя-значение" 'ExtendGap'
для blastncbi
была удалена. Используйте 'GapCosts'
вместо этого.
Опция 'Pct'
в blastncbi
была удалена
Ошибки
Пара "имя-значение" 'Pct'
для blastncbi
была удалена.
Опция 'Alignments'
в getblast
была удалена
Ошибки
Пара "имя-значение" 'Alignments'
для getblast
была удалена. Количеством хитов, возвращенных в выводе, управляет количество хитов в отчете входа BLAST.
Опция 'Descriptions'
в getblast
была удалена
Ошибки
Пара "имя-значение" 'Descriptions'
для getblast
была удалена. Количеством хитов, возвращенных в выводе, управляет количество хитов в отчете входа BLAST.
Опция 'FileFormat'
в getblast
была удалена
Ошибки
Пара "имя-значение" 'FileFormat'
для getblast
была удалена. Файл XML-отформатирован автоматически.
Опция 'R2012b'
в seqalignviewer
была удалена
Ошибки
Пара "имя-значение" 'R2012b'
для seqalignviewer
была удалена. Версия по умолчанию seqalignviewer
запускается более надежно, чем предыдущая версия (R2012b).
knnclassify
был удален
Ошибки
Функция knnclassify
была удалена. Используйте fitcknn
, чтобы соответствовать модели классификации knn
и классифицировать данные с помощью функции predict
объекта ClassificationKNN
.
featuresparse
был удален
Ошибки
Функция featuresparse
была удалена. Используйте featureparse
вместо этого.
featuresmap
был удален
Ошибки
Функция featuresmap
была удалена. Используйте featureview
вместо этого.
Метод princomp
объекта DataMatrix был переименован
Ошибки
Метод princomp
DataMatrix object
был переименован. Замените экземпляры princomp
с pca
.
seqlinkage
правильно вычисляет вход попарные расстояния
Изменение поведения
Для R2017a или более ранних версий, seqlinkage
неправильно удвоил вход попарные расстояния при создании дерева. Эта ошибка была исправлена в R2017b.
Если вы были ранее selecting
, подмножество дерева, возвращенного seqlinkage
с порогом расстояния, рассматривает деление порога 2.
Обратите внимание на то, что древовидная топология всегда вычислялась правильно и не затрагивалась этой ошибкой.
Упорядочивание следующего поколения Графики QC: Сгенерируйте графики контроля качества от данных FASTQ
Можно получить доступ к качеству данных FASTQ с помощью функции seqqcplot
. Функция предоставляет несколько графиков контроля качества, таких как коробчатая диаграмма счета среднего качества, линейный график базового состава последовательности, качественного графика распределения счета, графика распределения GC и графика распределения длины последовательности. Можно задать обрезку и фильтрацию критериев и получить доступ к качеству данных только тех последовательностей, которые соответствуют критериям, не изменяя исходные данные.
Функциональность изменена или удалена
Функциональность | Результат | Используйте это вместо этого | Вопросы совместимости |
---|---|---|---|
Объект BioReadQualityStatistics | Предупреждает | Используйте seqqcplot вместо этого, чтобы сгенерировать графики контроля качества для данных о последовательности. | Этот объект будет удален в будущем релизе. |
getCounts | — | — | Метод теперь возвращает векторный массив или массив ячеек в зависимости от того, заданы ли несколько ссылок. |
'alu_repeats' как база данных, чтобы искать использование blastncbi | Ошибки | 'alu' | Параметр базы данных 'alu_repeats' был переименован к 'alu' . |
Упорядочивание Следующего поколения: Предварительно обработайте данные NGS с seqfilter
, seqtrim
, seqsplit
и функциями seqsplitpe
Можно предварительно обработать следующее поколение, упорядочивающее данные с помощью различных функций. seqfilter
позволяет вам отфильтровать последовательности, которые не соответствуют заданным критериям, таким как максимальный порог на количестве низкокачественных позволенных основ, минимальная длина или минимальное среднее качество последовательности. seqtrim
позволяет вам обрезать последовательности в концах последовательности, или когда качество последовательности понижается данный порог. seqsplit
разделяет последовательности в FASTQ-файле на основе соответствующих штрихкодов, позволяющих конкретное количество несоответствий. seqsplitpe
разделяет объединенные последовательности парного конца в два отдельных файла.
Функциональность изменена или удалена
Функциональность | Результат | Используйте это вместо этого | Вопросы совместимости |
---|---|---|---|
Свойства RowLabelsColor и ColumnLabelsColor HeatMap и объектов clustergram | Предупреждает | Установите | Эти свойства будут удалены в будущем релизе. Установите |
Метод princomp DataMatrix object | Предупреждает | pca | Замените экземпляры princomp с pca . |
Аргумент пары "имя-значение" 'Type' gethmmtree . | Ошибки | Чтобы загрузить дерево 'seed' , используйте gethmmtree без любых дополнительных входных параметров. Чтобы получить дерево 'full' , можно использовать gethmmalignment , чтобы загрузить выравнивание 'full' и создать дерево с помощью функций seqneighjoin и seqpdist . | Эта пара "имя-значение" была удалена. |
Аргумент пары "имя-значение" 'Mirror' gethmmprof и gethmmalignment | Ошибки | Функция теперь ищет базу данных PFAM по http://pfam.xfam.org/. | Эта пара "имя-значение" была удалена. |
Вызывание функции biograph без любых входных параметров | Предупреждает | Чтобы создать случайный биообъект диаграмм, задайте случайную матрицу смежности как входной параметр. | Вызывание функции без любых входных параметров возвращает случайный биографик с 15 узлами. Это поведение изменится в будущем релизе. |
featurecount: Обобщите чтения последовательности для больших наборов данных NGS
Функция featurecount
позволяет вам считать количество чтений от данных об упорядочивании следующего поколения, которые сопоставляют с геномными функциями интереса с помощью SAM и входных параметров файла GTF. Можно обобщить чтения последовательности на различных уровнях функции, таких как экзон, расшифровки стенограммы или гены. Функциональные поддержки, скрученные, упорядочивая протоколы, а также одно конец и подсчет чтения парного конца. Различный выбор для нескольких чтений отображения доступен, подходит и для RNA-Seq и для анализа данных CHIP-Seq, а также различных методов для чтения (или фрагмент) разрешение неоднозначности.
Функциональность изменена или удалена
Функциональность | Результат | Используйте это вместо этого | Вопросы совместимости |
---|---|---|---|
Поле Color структуры для свойств RowLabelsColor и ColumnLabelsColor HeatMap и объектов clustergram | Все еще работает | Не применяется | Независимая цветная поддержка каждой строки или метки столбца была удалена. Если существует несколько цветов, (черный) цвет по умолчанию используется в качестве цвета текста метки. Установите |
featuresparse | Предупреждает | featureparse | Функция была переименована к featureparse . |
featuresmap | Предупреждает | featureview | Функция была переименована к featureview . |
affyinvarsetnorm | Все еще работает | Не применяется | Функция была обновлена, чтобы перестроить с поведением R2012b или более ранних релизов. |
getTranscripts и методы getGenes класса GTFAnnotation | Все еще работает | Не применяется | Эти два метода были обновлены, чтобы улучшить время вычисления. |