Документация

От Панели инструментов MATLAB, на вкладке Apps, в группе Обработки изображений и Компьютерного зрения, нажимают Image Batch Processor . Можно также открыть приложение в командной строке с помощью команды imageBatchProcessor. (Если у вас есть Parallel Computing Toolbox™, приложение включает кнопку Use Parallel.)

imageBatchProcessor

В данном примере создайте новую папку в области, где вы имеете разрешение записи и загружаете набор 10 изображений от папки Image Processing Toolbox™ imdata.

mkdir('cellprocessing');
copyfile(fullfile(matlabroot,'toolbox','images','imdata','AT3*.tif'),'cellprocessing');

Нажмите Load Images и задайте папку, содержащую изображения, которые вы хотите обработать в диалоговом окне Load Images from Folder. В данном примере задайте папку, которую вы создали в первом шаге, cellprocessing, и затем нажмите Load. По умолчанию приложение включает изображения в подпапки. Чтобы изменить это поведение, снимите флажок Include images in subfolders.

Приложение Image Batch Processor создает миниатюры изображений в папке и отображает их в панели с возможностью прокрутки. Отображения приложения первое выбранное изображение в большем разрешении во Входной панели Изображений.

Задайте имя функции, которое вы хотите использовать, чтобы обработать изображения в папке. Чтобы задать существующую функцию, введите ее имя в поле Function name или кликните по значку папки, чтобы просмотреть и выбрать функцию. Чтобы создать новую функцию пакетной обработки данных, нажмите New. Приложение открывает шаблон функции пакетной обработки данных в редакторе MATLAB. Этот пример создает новое функциональное нажатие кнопки New.

Отредактируйте шаблон функции пакетной обработки данных, открытый в редакторе MATLAB. Вставьте свой код в пробел, зарезервированный в файле шаблона, и нажмите Save. Пример использует имя функции по умолчанию, myimfcn, но можно дать функции другое имя. Пример кода создает рисунок маски, вычисляет общее количество ячеек в изображении и создает пороговую версию оригинального изображения.

function results = myimfcn(im)
%Image Processing Function
%
% IM      - Input image.
% RESULTS - A scalar structure with the processing results.
%

%--------------------------------------------------------------------------
% Auto-generated by imageBatchProcessor App. 
%
% When used by the App, this function will be called for every input image
% file automatically. IM contains the input image as a matrix. RESULTS is a
% scalar structure containing the results of this processing function.
%
%--------------------------------------------------------------------------

imstd = stdfilt(im,ones(27));
bw    = imstd>30;

thresholdMask = imfuse(im, bw);
[~, n] = bwlabel(bw);

results.bw = bw;
results.thresholdMask = thresholdMask;
results.numCells = n;

Когда вы сохранили файл, отображения приложения имя вашей новой функции в поле Function name.

Запустите пакетный процессор на одном из ваших изображений как тест вашей функции. Может быть полезно испытать вашу функцию пакетной обработки данных на одном из изображений и проверять результаты прежде, чем запустить его на всех изображениях. Когда вы удовлетворены, что функция работает правильно, запустите функцию на всех изображениях в папке. С одним выбранным изображением нажмите Process Selected, чтобы обработать выбранное изображение.

Исследуйте результаты тестового прогона. Отображения приложения результаты обработки в новой вкладке под названием Results. В данном примере отображения приложения бинарная маска, количество количества объектов (ячейки) в изображении и пороговая версия изображения. Чтобы получить более близкое представление результатов изображений, нажмите Show. Приложение, открытое большая версия разрешения изображения в другой вкладке. Можно использовать изменение масштаба и опции панорамирования, чтобы исследовать изображение. При изменении масштаба и панорамировании, приложение соединяет изображение результата с оригинальным изображением — перемещение или изменение масштаба на, каждый заставляет другое изображение перемещаться.

Если результаты тестового прогона успешны, выполните функцию на всех изображениях в вашей входной папке. Кликните по меню дополнительных опций на кнопке Process Selected и выберите Process All. Можно также выбрать повторные изображения к процессу с помощью или Ctrl-Click или Shift-Click. Если у вас есть Parallel Computing Toolbox, можно нажать Use Parallel, чтобы обработать изображения на локальном параллельном пуле.

Процессы приложения все изображения в заданной папке, заполняя квадрат рядом с миниатюрой называют с зеленым. Вкладка Results содержит результаты выбранного изображения.

Нажмите Export, чтобы просмотреть доступные опции. Можно экспортировать результаты в рабочую область или в файл, или можно получить код MATLAB, приложение раньше генерировало результаты.

Выберите опцию theExport result of all processed images to workspace, чтобы сохранить результаты в переменной рабочей области. Выберите результаты, вы хотите сохранить, и нажать OK. Общий подход должен сохранить результаты неизображений в рабочую область и сохранить образы, которые следуют из обработки в файлах. Пример сохраняет количество клеток наряду с именем входного файла к переменной numCells рабочей области.

По умолчанию приложение возвращает результаты, которые вы выбираете в таблице под названием allresults. Можно задать другое имя, и можно также принять решение сохранить результаты в структуре вместо этого. Если вы выбираете Include input image file name, приложение включает имя изображения, сопоставленного с результатами.

   numCells                      fileName                   
    ________    _____________________________________________

    7           'C:\cellprocessing\cellimages\AT3_1m4_10.tif'
    7           'C:\cellprocessing\cellimages\AT3_1m4_01.tif'
    7           'C:\cellprocessing\cellimages\AT3_1m4_02.tif'
    7           'C:\cellprocessing\cellimages\AT3_1m4_03.tif'
    7           'C:\cellprocessing\cellimages\AT3_1m4_04.tif'
    7           'C:\cellprocessing\cellimages\AT3_1m4_05.tif'
    6           'C:\cellprocessing\cellimages\AT3_1m4_06.tif'
    7           'C:\cellprocessing\cellimages\AT3_1m4_07.tif'
    9           'C:\cellprocessing\cellimages\AT3_1m4_08.tif'
    7           'C:\cellprocessing\cellimages\AT3_1m4_09.tif'

Выберите опцию the Export result of all processed images to files, чтобы сохранить образы, произведенные пакетной обработкой данных. Выберите формат файла для каждого возвращенного файла и нажмите OK. По умолчанию приложение хранит файлы в той же папке, которую вы задали, когда вы загрузили свои изображения, но можно задать другую папку.

Вот то, на что папка похожа после сохранения результатов в файлах.

06/19/2005  10:06 PM           310,202 AT3_1m4_01.tif
12/12/2015  11:22 AM             3,822 AT3_1m4_01_bw.tif
12/12/2015  11:22 AM           929,544 AT3_1m4_01_thresholdMask.tif
06/19/2005  10:06 PM           310,434 AT3_1m4_02.tif
12/12/2015  11:22 AM             3,840 AT3_1m4_02_bw.tif
12/12/2015  11:22 AM           929,550 AT3_1m4_02_thresholdMask.tif
06/19/2005  10:06 PM           310,314 AT3_1m4_03.tif
12/12/2015  11:22 AM             3,756 AT3_1m4_03_bw.tif
12/12/2015  11:22 AM           929,508 AT3_1m4_03_thresholdMask.tif
06/19/2005  10:06 PM           310,336 AT3_1m4_04.tif
12/12/2015  11:22 AM             3,806 AT3_1m4_04_bw.tif
12/12/2015  11:22 AM           929,512 AT3_1m4_04_thresholdMask.tif
06/19/2005  10:06 PM           310,378 AT3_1m4_05.tif
12/12/2015  11:22 AM             3,744 AT3_1m4_05_bw.tif
12/12/2015  11:22 AM           929,518 AT3_1m4_05_thresholdMask.tif
06/19/2005  10:06 PM           310,342 AT3_1m4_06.tif
12/12/2015  11:22 AM             3,730 AT3_1m4_06_bw.tif
12/12/2015  11:22 AM           929,538 AT3_1m4_06_thresholdMask.tif
06/19/2005  10:06 PM           310,352 AT3_1m4_07.tif
12/12/2015  11:22 AM             3,756 AT3_1m4_07_bw.tif
12/12/2015  11:22 AM           929,532 AT3_1m4_07_thresholdMask.tif
06/19/2005  10:06 PM           310,364 AT3_1m4_08.tif
12/12/2015  11:22 AM             3,746 AT3_1m4_08_bw.tif
12/12/2015  11:22 AM           929,482 AT3_1m4_08_thresholdMask.tif
06/19/2005  10:06 PM           310,266 AT3_1m4_09.tif
12/12/2015  11:22 AM             3,732 AT3_1m4_09_bw.tif
12/12/2015  11:22 AM           929,500 AT3_1m4_09_thresholdMask.tif
06/19/2005  10:06 PM           310,288 AT3_1m4_10.tif
12/12/2015  11:22 AM             3,718 AT3_1m4_10_bw.tif
12/12/2015  11:22 AM           929,504 AT3_1m4_10_thresholdMask.tif

Выберите опцию the Generate function, чтобы получить код MATLAB, приложение раньше обрабатывало ваши файлы. Приложение генерирует функцию, которая принимает входное имя папки и выходное имя папки как входные параметры. По умолчанию функция возвращает таблицу с результатами, но можно выбрать структуру вместо этого. Для результатов изображений можно задать формат файла и хотите ли вы, чтобы функция записала изображение в заданную выходную папку. Чтобы получить код, нажмите OK.