Функции MATLAB, которые работают с файлами всегда, принимают полные пути к тем файлам как входные параметры. Если вы не задаете полный путь, то MATLAB ищет файлы в текущей папке сначала, и затем в папках на пути поиска файлов. Чтобы убедиться, что MATLAB находит файл, который вы ожидаете, можно создать и передать полный путь, измениться на соответствующую папку или добавить папку в путь. Для получения дополнительной информации смотрите Файлы и Папки что MATLAB доступы.