Язык разметки системной биологии (SBML) является стандартным форматом для совместного использования моделей системной биологии среди различных программных инструментов моделирования и симуляции. Текущая спецификация доступна в http://sbml.org/documents/.
Импортируйте модель SBML из файла или URL с помощью sbmlimport.
SimBiology® поддерживает подмножество спецификации версии 1 уровня 3 SBML. Следующие функции SBML не импортируются в модель SimBiology:
Кусочная кинетика — Модели с кусочной кинетикой загружаются, но определения для кусочной кинетики проигнорированы.
MATLAB® несовместимые имена переменных в UnitDefinition — Модели, которые имеют имена переменных, несовместимые с MATLAB в UnitDefinition, не загружаются, и сообщение об ошибке отображено.
Атрибут hasOnlySubstanceUnits не имеет соответствующего свойства в объекте разновидностей SimBiology. Вместо этого если разновидность не имеет никаких модулей, SimBiology использует свойство DefaultSpeciesDimension определить, интерпретировать ли имена разновидностей в выражениях, когда вещество составляет или концентрации. Когда вы устанавливаете DefaultSpeciesDimension на substance и не задаете модули, SimBiology интерпретирует имена разновидностей, когда вещество составляет и не масштабируется никакой способностью отсека (объем). Когда свойство установлено в concentration, имена разновидностей интерпретированы как концентрации и масштабируются соответствующей способностью отсека. SimBiology не позволяет вам установить начальное значение разновидности, когда концентрация или вещество составляют независимо от того, как вы обращаетесь к нему в выражениях. Чтобы предоставить лучшей совместимости с моделями SBML, имеющими этот атрибут, SimBiology добавляет первоначальное правило присвоения или соответствующие модули во время процесса импорта. Для получения дополнительной информации смотрите раздел Compatibility sbmlimport.
Модели, содержащие другие модели как подмодели, загружаются, но подмодели проигнорированы.
Атрибут fast любого объекта реакции проигнорирован.
delay, priority, initialValue и атрибуты persistent объектов-событий проигнорированы.
XOR, OR и логические операторы AND, имеющие три или больше аргумента, не поддержаны. Они поддерживаются для бинарных операций только.
Можно импортировать модели SBML с функциональными определениями. SimBiology заменяет функциональные определения на соответствующие математические выражения.
Можно также загрузить модели SBML, которые используют идентификаторы реакции для ссылочных скоростей реакции в математических выражениях. SimBiology заменяет ссылки на соответствующие скорости реакции.
Следующая информация о модели SimBiology включена в файл формата SBML:
Отсеки, разновидности, параметры, реакции, правила и события, которые заданы в модели и имеют их набор свойств Active к true.
Все модульные определения в SBML-совместимом формате.
Свойства компонента модели с эквивалентами SBML, такими как примечания и стоимости единицы для разновидностей и параметров.
Уравнение скорости реакции, но не кинетическое определение закона.
Следующие функции SimBiology не поддерживаются SBML и не включены в сохраненный файл формата SBML. Можно хранить эту информацию в файле проекта SimBiology, который имеет расширение .sbproj.
Projects — Модели, аналитические задачи и данные.
Модели Kinetic law information — SimBiology хранят кинетическую информацию закона, такую как кинетическое имя закона и кинетическое определение закона.
Variant information — Наборы количеств (отсеки, разновидности и/или параметры), что можно использовать, чтобы изменить начальную или основную настройку модели.
Dosing information — Внешний шаг к сумме (или концентрация) разновидности в модели.
Пользовательские файлы функции MATLAB — Пользовательские функции, которые вы использовали в своей модели SimBiology.
Функции и свойства, характерные для программного обеспечения SimBiology, такие как Name (Rule возражает только), Tag и Active.
Поскольку предыдущая информация не поддержана SBML, мы рекомендуем сохранить файлы проекта SimBiology, чтобы получить эту информацию.
