Импортируйте SBML-отформатированный файл
modelObj = sbmlimport(File)
modelObj = sbmlimport( импорт File)File, Язык разметки системной биологии (SBML) - отформатированный файл, в MATLAB и создает объект модели modelObj.
File является вектором символов или строкой, задающей имя файла или путь и имя файла, поддержанное вашей операционной системой. расширениями File является .sbml, или .xml.File может также быть URL, если у вас есть язык программирования Java®.
sbmlimport поддерживает Версию 1 Уровня 3 SBML и ранее.
Для функциональных характеристик и ограничений, см. Поддержку SBML.
sbmlimport добавляет первоначальное правило присвоения при импорте моделей SBML со следующими условиями.
Если модели SBML инициализировали разновидность s к X с помощью initialAmount и имеет установку hasOnlySubstanceUnits = false атрибута:
SimBiology устанавливает начальную сумму s к X.
Если модель уже не имеет начального присвоения или повторенного правила присвоения для s, SimBiology добавляет, что начальное присвоение управляет s = X / V, где V является объемом отсека (способность). Это правило гарантирует, что начальная сумма s является модулем концентрации.
Если модель уже имеет начальное присвоение или повторенное правило присвоения для s, то SimBiology не использует значение X. Вместо этого SimBiology оценивает правило и устанавливает ассигновать начальную сумму.
Если модели SBML инициализировали разновидность s к X с помощью initialConcentration и имеет установку hasOnlySubstanceUnits = true атрибута:
SimBiology устанавливает начальную сумму s к X.
Если модель уже не имеет начального присвоения или повторенного правила присвоения для s, SimBiology добавляет, что начальное присвоение управляет s = X * V, где V является объемом отсека (способность). Это правило гарантирует, что начальная сумма s является модулем суммы.
Если модель уже имеет начальное присвоение или повторенное правило присвоения для s, то SimBiology не использует значение X. Вместо этого SimBiology оценивает правило и устанавливает ассигновать начальную сумму.
Если разновидность s в модели SBML имеет установку hasOnlySubstanceUnits атрибута = верный без каких-либо заданных модулей, SimBiology выдает предупреждение и устанавливает модуль суммы разновидностей на модуль по умолчанию (родинка) гарантировать, что это интерпретировано как сумма, не концентрация. Импортированная модель SimBiology имеет набор свойств DimensionalAnalysis ко лжи, чтобы предотвратить размерные аналитические ошибки.
|
Вектор символов или строка, задающая любое из следующего:
|
Модель Import SBML:
sbmlobj = sbmlimport('oscillator.xml');Finney, A., Hucka, M., (2003). Уровень 2 Языка разметки системной биологии (SBML): Структуры и средства для образцовых определений. SBML.org.
DimensionalAnalysis | get | sbiosimulate | sbmlexport | set