Exponenta Banner
exponenta event banner

Определение сохраненных половин

  1. Загрузите Митотический проект Осциллятора Goldbeter, который включает переменную m1, объект модели:

    sbioloadproject Goldbeter_Mitotic_Oscillator_with_reactions

    Объект модели m1 появляется в MATLAB® Workspace.

  2. Отобразите информацию о разновидностях:

    m1.Compartments.Species
    SimBiology Species Array

Index:  Compartment:  Name:  InitialAmount:  InitialAmountUnits:
 1       unnamed       C        0.01              
 2       unnamed       M        0.01              
 3       unnamed       Mplus    0.99              
 4       unnamed       Mt       1                 
 5       unnamed       X        0.01              
 6       unnamed       Xplus    0.99              
 7       unnamed       Xt       1                 
 8       unnamed       V1       0                 
 9       unnamed       V3       0                 
 10      unnamed       AA       0

  3. Отобразите информацию о реакции:

    m1.Reactions
    SimBiology Reaction Array

   Index:    Reaction:
   1         AA -> C
   2         C -> AA
   3         C + X -> AA + X
   4         Mplus + C -> M + C
   5         M -> Mplus
   6         Xplus + M -> X + M
   7         X -> Xplus

  4. Используйте самую простую форму sbioconsmoiety, функционируют и отображают результаты. Вызов по умолчанию sbioconsmoiety, в котором не задан никакой алгоритм, использует алгоритм на основе сокращения строки. 

    [g sp] = sbioconsmoiety(m1)
    g =

     0     1     1     0     0     0
     0     0     0     1     1     0
     0     0     0     0     0     1


sp = 

    'C'
    'M'
    'Mplus'
    'X'
    'Xplus'
    'AA'

    Столбцы в g маркированы разновидностями sp. Таким образом первая строка описывает сохраненное отношение, M + Mplus. Заметьте, что третья строка указывает, что разновидность AA сохраняется, который является, потому что AA является постоянным (ConstantAmount = 1).

  5. Вызовите sbioconsmoiety снова, на этот раз задав полуположительный алгоритм, чтобы исследовать отношения сохранения в модели. Также задайте, чтобы возвратить сохраненные половины в массиве ячеек из символьных векторов вместо матрицы.

    cons_rel = sbioconsmoiety(m1,'semipos','p')
    cons_rel = 

    'AA'
    'X + Xplus'
    'M + Mplus'

  6. Используйте опцию 'link', чтобы изучить зависимые и независимые разновидности.

    [SI,SD,L0,NR,ND] = sbioconsmoiety(m1, 'link');

  7. Покажите список независимых разновидностей:

    SI
    SI = 

    'C'
    'M'
    'X'

  8. Покажите список зависимых разновидностей:

    SD
    SD = 

    'Mplus'
    'Xplus'
    'AA'

  9. Покажите матрице ссылки имеющий отношение SD и SI путем преобразования L0 вывод от разреженной матрицы до матрицы full:

    L0_full = full(L0)
    L0_full =

         0   -1.0000         0
         0         0   -1.0000
         0         0         0

  10. Покажите независимую матрицу стехиометрии, NR путем преобразования NR вывод от разреженной матрицы до полной матрицы:

    NR_full = full(NR)
    NR_full =

     1    -1    -1     0     0     0     0
     0     0     0     1    -1     0     0
     0     0     0     0     0     1    -1

  11. Покажите зависимую матрицу стехиометрии, ND путем преобразования ND вывод от разреженной матрицы до полной матрицы:

    ND_full = full(ND)
    ND_full =

     0     0     0    -1     1     0     0
     0     0     0     0     0    -1     1
     0     0     0     0     0     0     0
Документация SimBiology
Поддержка