sbioconsmoiety

Найдите сохраненные половины в модели SimBiology

Синтаксис

[G, Sp] = sbioconsmoiety(modelObj) [G, Sp] = sbioconsmoiety(modelObj, alg) H = sbioconsmoiety(modelObj, alg,'p') H = sbioconsmoiety(modelObj, alg,'p', FormatArg) [SI, SD, L0, NR, ND] = sbioconsmoiety(modelObj,'link')

Аргументы

`G`	Матрица `m-by-n`, где `m` является количеством сохраненных найденных количеств и `n`, является количеством разновидностей в модели. Каждая строка `G` задает линейную комбинацию разновидностей, скорость изменения которых в зависимости от времени является нулем.
`Sp`	Массив ячеек имен разновидностей, который маркирует столбцы `G`. Если разновидности находятся в нескольких отсеках, имена разновидностей квалифицированы с именем отсека в форме `compartmentName.speciesName`. Например, `nucleus.DNA`, `cytoplasm.mRNA`.
`modelObj`	Объект модели, который будет оценен для сохраненных половин.
`alg`	Задайте алгоритм, чтобы использовать во время оценки сохраненных половин. Допустимыми значениями является `'qr'`, `'rreduce'` или `'semipos'`.
`H`	Массив ячеек из символьных векторов, содержащий сохраненные половины.
`p`	Распечатывает вывод согласно формату, заданному `FormatArg`.
`FormatArg`	Задает форматирование для вывода `H`. `FormatArg` должен или быть вектором символов или строкой, задающей формат `C-style` или положительное целое число, задающее максимальное количество цифр используемой точности.
`SI`	Массив ячеек, содержащий имена независимых разновидностей в модели.
`SD`	Массив ячеек, содержащий имена зависимых разновидностей в модели.
`L0`	Матрица ссылки relating `SI` и `SD`. Матрица ссылки `L0` удовлетворяет `ND = L0NR`. Для функциональности `'link'` разновидности с их набором свойств `BoundaryCondition` или `ConstantAmount` к истине обработаны как наличие стехиометрии нуля во всех реакциях. `L0`* является разреженной матрицей. Чтобы преобразовать его в полную матрицу, используйте функцию `full`.
`NR`	Уменьшаемые матрицы стехиометрии, содержащие одну строку для каждой независимой разновидности. Конкатенированный матричный `[NR;ND]` является переставленной строкой версией полной матрицы стехиометрии `modelObj`. `NR` является разреженной матрицей. Чтобы преобразовать его в полную матрицу, используйте функцию `full`.
`ND`	Уменьшаемые матрицы стехиометрии, содержащие одну строку для каждой зависимой разновидности. Конкатенированный матричный `[NR;ND]` является переставленной строкой версией полной матрицы стехиометрии `modelObj`. `ND` является разреженной матрицей. Чтобы преобразовать его в полную матрицу, используйте функцию `full`.

Описание

[G, Sp] = sbioconsmoiety(modelObj) вычисляет полный набор линейных отношений сохранения для разновидностей в объекте модели SimBiology^® modelObj.

sbioconsmoiety вычисляет отношения сохранения путем анализа структуры матрицы стехиометрии объекта модели. Таким образом sbioconsmoiety не включает разновидности, которыми управляют алгебраическим или правилами скоростей.

[G, Sp] = sbioconsmoiety(modelObj, alg) обеспечивает спецификацию алгоритма. Для alg задайте 'qr', 'rreduce' или 'semipos'.

Когда вы задаете 'qr', sbioconsmoiety использует алгоритм на основе факторизации QR. С числовой точки зрения это - самый эффективный и надежный подход.
Когда вы задаете 'rreduce', sbioconsmoiety использует алгоритм на основе сокращения строки, которое приводит к лучшим числам для меньших моделей. Это значение по умолчанию.
Когда вы задаете 'semipos', sbioconsmoiety возвращает отношения сохранения, в которых все коэффициенты больше, чем или равны 0, разрешая более прозрачную интерпретацию с точки зрения физических количеств.

Для больших моделей QR - рекомендуется базирующийся метод. Для меньших моделей сокращение строки или полуположительный алгоритм могут быть предпочтительными. Для сокращения строки и факторизации QR, количество возвращенных отношений сохранения равняется степени вырождения ранга строки матрицы стехиометрии объекта модели. Полуположительный алгоритм может возвратить различное количество отношений. Математически говоря, этот алгоритм возвращает генерирующийся набор векторов для пробела полуположительных отношений сохранения.

H = sbioconsmoiety(modelObj, alg,'p') возвращает массив ячеек из символьных векторов H, содержащий сохраненные количества in modelObj.

H = sbioconsmoiety(modelObj, alg,'p', FormatArg) задает форматирование для вывода H. FormatArg должен или быть строкой формата C-style или положительным целым числом, задающим максимальное количество цифр используемой точности.

[SI, SD, L0, NR, ND] = sbioconsmoiety(modelObj,'link') использует QR - базирующийся алгоритм, чтобы вычислить информацию, относящуюся к размерному сокращению, через отношения сохранения, сети реакции in modelObj.

Примеры

Пример 1

Этот пример показывает сохраненные половины в цикле.

Создайте модель с циклом. Поскольку удобство использует произвольные скорости реакции, когда это не будет влиять на результат.
```
modelObj = sbiomodel('cycle');
modelObj.addreaction('a -> b','ReactionRate','1');
modelObj.addreaction('b -> c','ReactionRate','b');
modelObj.addreaction('c -> a','ReactionRate','2*c');
```

Ищите сохраненные половины.

 [g sp] = sbioconsmoiety(modelObj)

g =

     1     1     1


sp = 

    'a'
    'b'
    'c'

Пример 2

Исследуйте полуположительные отношения сохранения в модели oscillator.

modelObj = sbmlimport('oscillator');
 sbioconsmoiety(modelObj,'semipos','p')

 ans = 

    'pol + pol_OpA + pol_OpB + pol_OpC'
    'OpB + pol_OpB + pA_OpB1 + pA_OpB_pA + pA_OpB2'
    'OpA + pol_OpA + pC_OpA1 + pC_OpA2 + pC_OpA_pC'
    'OpC + pol_OpC + pB_OpC1 + pB_OpC2 + pB_OpC_pB'

Смотрите также

getstoichmatrix

Темы

Сохраненное определение половины

Документация