exponenta event banner

Импортирование данных — поддерживаемые файлы и типы данных

Поддерживаемые файлы и типы данных

Можно импортировать табличные данные на рабочий стол SimBiology® или на MATLAB® Workspace. Поддерживаемыми типами файлов являются файлы Excel® (.xls, .xlsx), текстовые файлы (.csv, .txt), и файлы SAS® XPORT (.xpt). Можно также указать, что данные находятся в отформатированном файле NONMEM®. Процесс импорта интерпретирует столбцы согласно определениям NONMEM. Для получения дополнительной информации смотрите Поддержку Импорта NONMEM Отформатированные Файлы.

С рабочего стола SimBiology можно отфильтровать необработанные данные, чтобы подавить выбросы, визуализировать данные с помощью общих графиков (таких как plot, semilog, scatter или stairs), и выполнить основной статистический анализ. Также можно использовать функции, чтобы обработать и визуализировать данные в командной строке.

Примечание

Если ваш набор данных содержит информацию о дозировании, которая является данными о вливании, набор данных должен содержать уровень и не длительность вливания.

Модульное преобразование

Независимо от того, ли включена модульная функциональность преобразования или прочь, дозирование в файле данных должно быть выражено в суммах (или как amount/time для уровня вливания). Unit Conversion по умолчанию выключено, таким образом, необходимо гарантировать, что модули для данных сопоставимы друг с другом. Если вы хотите включить модульное преобразование, смотрите Модульное Преобразование для Импортированных Данных.

Поддержка импорта NONMEM отформатированные файлы

Можно указать, что данные находятся в отформатированном файле NONMEM. Следующая таблица подсвечивает интерпретацию этих данных в программном обеспечении SimBiology.

Заголовок столбцаИнтерпретация
ID

Текст (вектор символов), числовые, или категориальные значения, которые идентифицируют запись или группу. Процесс импорта принимает, что непрерывные данные с тем же значением содержат данные от одного человека. Если данные содержат ссылки, состоящие из нескольких несмежных участков, на то же значение, присвоения процесса импорта, второй ID столкнулся с индексируемым, оцененным выведенный от группы, с которой сначала сталкиваются. Например, если столбцы ID содержат [1 1 1 2 2 2 1 1 1], присвоенными идентификаторами является 1, 2, 1_1.

TIME

Монотонно увеличивающие положительные значения в каждой группе, указывая время наблюдения или дозы или текста (вектор символов). Файл данных может задать часы (2:30 как вектор символов) или десятичные значения (6.25). Процесс импорта присваивает значение 0 к первому значению TIME в файле данных. Процесс импорта присваивает последующие значения относительно первого значения.

Следующая таблица является примером того, как процесс импорта интерпретирует значения часов как десятичные значения.

Исходные значения часовИмпортированные значения
10:000
10:300.5
111
12:302.5

Если файл данных также содержит столбец DATE, процесс импорта использует его со столбцом TIME в вычислении относительных значений TIME. Столбец не может содержать Inf.

DATE, DAT1, DAT2, or DAT3

Задает день наблюдения или дозы. Столбец может содержать месяц как номер (9) или вектор символов (Sep). Задайте дату в следующих форматах:

  • Дата Столбец может задать month/day/year или month-day-year. Если вы задаете два числа, процесс импорта принимает, что они - месяц и день. Можно использовать или / или - как разделитель.

  • DAT1 — Столбец может задать day/month/year или day-month-year. Если вы задаете два числа, процесс импорта принимает, что они - день и месяц.

  • DAT2 — Столбец может задать year/month/day или year-month-day. Если вы задаете два числа, процесс импорта принимает, что они - месяц и день.

  • DAT3 — Столбец может задать year/day/month или year-day-month. Если вы задаете два числа, процесс импорта принимает, что они - день и месяц.

Примечание

  • Если вы задаете только один номер, процесс импорта принимает, что это - день.

  • Можно не использовать год или задать 1, 2, 3, или 4 цифры. Если вы задаете годы 2D цифры, это принято, чтобы быть в 1900-х.

  • Если данные имеют DAT1, DAT2 или столбец DAT3, установил свойство DateLabel объекта NMFileDef соответственно с помощью sbionmfiledef. Затем задайте объект как второй входной параметр, когда вы запустите sbionmimport.

DVЧисловое значение наблюдения. Столбец не может содержать Inf или –Inf.
MDV Задает, описывает ли строка наблюдение:
  • Строка содержит 0 — событие Observation

  • Строка содержит 1 — Не событие наблюдения

EVIDЗадает тип события, описанного для строки в записи:
  • 0 — Событие Observation; строка содержит наблюдаемую величину.

  • 1 — событие Dose; строка описывает дозу.

  • 2 — Другое событие; строка описывает некоторое другое событие, такое как измерение коварианта.

Если столбец содержит значения для дозы, но EVID не является 1, процесс импорта игнорирует значение. Вы видите предупреждение, и значение проигнорировано.

Если EVID установлен в 2, то только те заданные данные о строке импортированы как ковариационные данные. Однако, если вы имеете столбец EVID, а также один или несколько ковариационных столбцов, но не задаете значение 2 нигде в столбце EVID, затем SimBiology импортирует все данные о строке как ковариационные значения.

Процесс импорта не поддерживает значения 3 и 4. Вы видите предупреждение, и значение проигнорировано.

CMT Указывает, какой отсек используется для значения наблюдения или для полученной дозы. Интерпретация также зависит от EVID:
  • Событие Observation (EVID = 0) — столбец CMT указывает, какой отсек использовался для значения наблюдения.

  • Событие дозы (EVID = 1) — столбец CMT указывает, какой отсек получил дозу.

Примечание

Отсеки чисел SimBiology начиная с 1, в то время как числа NONMEM их начиная с 0. Например, если файл данных NONMEM содержит дозы и измерения для CMT = 0, SimBiology генерирует столбцы данных под названием Dose1 и Response1 соответственно.

AMT Доза указания положительного числа. 0 или NaN не задают введенной дозы. Столбец не может содержать Inf.
RATEУровень указания положительного числа вливания. 0 задает бесконечный уровень (эквивалентный дозе шарика), и NaN не задает уровня. Столбец не может содержать Inf.
IIПоложительное число, задающее время между дозами.
ADDLКогда данные задают много идентичных последовательных доз в определенных интервалах (заданный II), ADDL задает количество доз в ряду, исключая начальную дозу. Если данные задают II, но не ADDL, то SimBiology принимает, что дозирование происходит на время той записи данных.

Неподдерживаемые определения NONMEM

Процесс импорта не поддерживает (и поэтому игнорирует), строки, содержащие следующие значения или определения:

  • Значения EVID 3 и 4

  • Столбец SS для определения доз устойчивого состояния

  • Столбец PCMT, чтобы задать, вычислить ли прогноз для строки

  • Столбец CALL для вызова ОШИБКИ или стандартной подпрограммы PK

  • Если уровень задан как являющийся меньше, чем нуль, он принят, чтобы быть нулем

Создание файла данных с определениями SimBiology

Если вы создаете файл, содержащий данные о населении, которые вы хотите позже импортировать в SimBiology, создать файл данных со следующими столбцами:

  • Столбец группы — Задает текст, числовые, или категориальные значения. Строки в файле, которые имеют то же значение столбца Группы, для того же человека.

  • Столбец времени — Задает монотонно увеличивающие положительные значения в каждой группе, которые задают время дозы, наблюдения и/или ковариационных измерений.

  • Нуль или больше столбцов дозирования — Создают один столбец дозирования для каждого дозируемого отсека. В каждом столбце задайте положительные значения, представляющие дозы в сумме, которые добавляются к разновидности. Используйте 0 или NaN, чтобы указать, что никакая доза не была применена в требуемое время. Это полезно в течение многих времен, когда наблюдение было зарегистрировано, но никакая доза не была применена.

  • Нуль или больше столбцов уровня — Задает положительные значения. Нуль задает бесконечный уровень, и NaN указывает, что никакой уровень не применяется. Столбец уровня сопоставлен со столбцом дозирования и задает уровень, на котором введена доза.

  • Нуль или больше столбцов наблюдения — Задают числовые значения или NaN s. Можно только задать одно значение наблюдения в определенное время для каждой группы. значения NaN не задают то наблюдение, был зарегистрирован в требуемое время. Это полезно в течение многих времен, когда доза была применена, но никакое наблюдение не было зарегистрировано.

  • Нуль или больше ковариационных столбцов — Задают числовые значения или NaN s. Каждое значение задает ковариационное значение в требуемое время. значения NaN не задают то ковариационное наблюдение, был зарегистрирован в требуемое время.

    Если вы устанавливаете значение EVID 2 для некоторых строк, то SimBiology импортирует только те строки как ковариационные данные. Если вы не упоминаете значение EVID 2 нигде и имеете один или несколько ковариационных столбцов, то SimBiology импортирует все данные о строке как ковариационные данные.