Модель SimBiology® является динамической системой, описанной набором количеств и математических выражений. Существует три типа количеств: разновидности, параметр и отсек. Три типа выражений описывают математические отношения среди количеств. Первый тип выражения является реакцией, которая описывает процесс, такой как преобразование, транспорт, связывая или развязывая реагентов и продуктов. Другой тип выражения является классом уравнений присвоения (правила), которые задают, как значения количества инициализируются или обновляются. Третий тип является событием, которое описывает изменение в значении количества во время симуляции. Для получения дополнительной информации о моделях SimBiology, смотрите то, Что Модель?.
Биологическая изменчивость может быть смоделирована с помощью названного варианта элемента моделирования. Вариант является набором количеств с альтернативными значениями. Варианты не изменяют исходные значения количества постоянно. Например, у вас может быть множество значений для иммунологических параметров здорового человека, представленного вариантом и различным множеством значений для больного раком, представленного другим вариантом. Можно затем моделировать модель с каждым вариантом, чтобы видеть прогнозы для обоих случаев.
Увеличение суммы разновидностей или концентрация из-за внешнего стимула, такого как пероральный прием или внутривенное введение препарата могут быть смоделированы с помощью названной дозы элемента. Можно использовать массив доз, чтобы исследовать различные режимы дозирования и определить оптимальную стратегию дозирования. Для получения дополнительной информации смотрите Дозы.
Модель может создаваться и визуализироваться в трех различных взглядах: представление Diagram, Табличное представление и представление Equations. Каждое представление является различным представлением той же модели. Например, представление Diagram показывает графическое представление модели и позволяет вам создать модели в интерактивном режиме. Для получения дополнительной информации на всех представлениях, смотрите Образцовые Представления.
Когда вы создаете модель, настольные проверки, если существуют какие-либо ошибки или предупреждения, и идентифицирует их использующий индикаторы сообщения. Можно навести на каждый индикатор, чтобы видеть соответствующее предупреждающее сообщение или сообщение об ошибке. Во время образцовой верификации рабочий стол исследует много аспектов модели включая образцовую структуру и валидность математических выражений. Это также проверяет непротиворечивость модулей и размерностей, и отмечает любые проблемы.
Можно сохранить многоуровневые модели в одном проекте, который использует нативный формат файла, заканчивающийся в *.sbproj. Также модель может быть сохранена в SBML-отформатированный файл, но некоторые функции SimBiology, не поддерживавшие SBML, не сохранены с моделью. Для получения дополнительной информации см. Поддержку SBML.
Учитывая модель, можно выполнить несколько анализов модели, таких как симуляция, оценка параметра и вычисление чувствительности. Для получения дополнительной информации смотрите Аналитический Рабочий процесс.