Можно использовать Simulink.BlockDiagram.arrangeSystem
с любой открытой моделью, и это особенно полезно с моделями, которые вы заполняете программно.
Блоки в модели ex_arrange_system
плохо располагаются.
Точно так же блоки в его подсистеме плохо располагаются.
Программно расположите блоки в верхнем слое заданных систем.