Генетический различный анализ

Найдите, анализируйте и визуализируйте генетические варианты, такие как изменения номера копии (CNVs) и один полиморфизмы нуклеотида (SNPs)

Функции

cghcbsВыполните круговую бинарную сегментацию (CBS) на данных об основанной на массиве сравнительной геномной гибридизации (aCGH)
cghfreqplotОтобразите частоту изменений номера копии DNA через несколько выборок
chromosomeplotПостройте идеограмму хромосомы с шаблоном G-соединения
gcrmaВыполните GC Устойчивое Среднее значение Мультимассивов (GCRMA) фоновая корректировка, нормализация квантиля и резюмирование средней полировки на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов
gcrmabackadjВыполните GC Устойчивое Среднее значение Мультимассивов (GCRMA) фоновая корректировка на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью информации о последовательности
mattestВыполните 2D демонстрационный t-тест, чтобы оценить дифференциальную экспрессию генов от двух экспериментальных условий или фенотипов
mafdrОцените положительный ложный уровень открытия для нескольких тестирование гипотезы
mavolcanoplotСоздайте значение по сравнению с отношением экспрессии гена (изменение сгиба) график рассеивания микроданных массива
mairplotСоздайте интенсивность по сравнению с графиком рассеивания отношения микроданных массива
maboxplotСоздайте диаграмму для микроданных массива
maloglogСоздайте loglog график микроданных массива
mapcaplotСоздайте график Анализа главных компонентов (PCA) микроданных массива
nbintestНепарный тест гипотезы для данных о количестве с размерами небольшой выборки

Классы

DataMatrixОбъект Create DataMatrix
DataMatrix objectДанные об инкапсуляции структуры данных и метаданные от микромассива экспериментируют так, чтобы это могло быть индексировано геном или тестовыми идентификаторами и демонстрационными идентификаторами
NegativeBinomialTestНепарный результат испытаний гипотезы

Рекомендуемые примеры

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте