Класс: BioMap
Установите положения помощника последовательностей чтения в BioMap объект
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos)
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos,Subset)
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos)NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с MatePosition набор свойств к MatePos, вектор неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности.
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos,Subset)NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с MatePosition свойство подмножества набора элементов к MatePos, вектор неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. setMatePosition метод устанавливает положения помощника только для объектных элементов, указанных Subset.
|
Объект ПримечаниеЕсли |
|
Вектор неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
ПримечаниеНепосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в |
|
Объект |
Создайте BioMap объект, и затем набор подмножество значений положения помощника последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file and determine the header for the second element
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
BMObj1.Header(2)ans =
'EAS54_65:7:152:368:113'% Set the MatePosition property of the second element to a new value of 5
BMObj1 = setMatePosition(BMObj1, 5, {'EAS54_65:7:152:368:113'});% Set the MatePosition properties of the first and third elements in % the object to 6 and 7 respectively BMObj1 = setMatePosition(BMObj1, [6 7], [1 3]);
% Set the MatePosition property of all elements in the object to zero y = zeros(1,BMObj1.NSeqs); BMObj1 = setMatePosition(BMObj1,y);
Альтернатива использованию setMatePosition метод, чтобы обновить существующий объект должен использовать точечную индексацию с MatePosition свойство:
BioObj.MatePosition(Indices) = NewMatePos
В предыдущем синтаксисе, Indices вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов, содержащий заголовки последовательности. NewMatePos вектор целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Indices и NewMatePos должен иметь тот же номер и порядок элементов.