Документация

Предпосылки

BioRead объект представляет набор чтений последовательности. Каждый элемент в объекте сопоставлен с последовательностью, заголовком последовательности и информацией о качестве последовательности.

Создайте BioRead объект одним из двух способов:

Создайте объект BioRead из FASTQ-или SAM-отформатированного файла

Используйте BioRead функция конструктора, чтобы создать BioRead объект из FASTQ-отформатированного файла и набора Name свойство:

BRObj1 = BioRead('SRR005164_1_50.fastq', 'Name', 'MyObject')

BRObj1 = 

  BioRead with properties:

     Quality: [50x1 File indexed property]
    Sequence: [50x1 File indexed property]
      Header: [50x1 File indexed property]
       NSeqs: 50
        Name: 'MyObject'

Построение функции конструктора BioRead возразите и, если индексный файл уже не существует, он также создает индексный файл с тем же именем файла, но с.IDX расширением. Этот индексный файл, по умолчанию, хранится в том же месте как исходный файл.

Предпосылки

BioMap объект представляет набор чтений последовательности, которые сопоставляют против одной ссылочной последовательности. Каждый элемент в объекте сопоставлен с последовательностью чтения, заголовком последовательности, информацией о качестве последовательности и информацией о выравнивании/отображении.

При построении BioMap объект из файла BAM, максимальный размер файла ограничивается вашей операционной системой и доступной памятью.

Создайте BioMap объект одним из двух способов:

Создайте объект BioMap из SAM-или отформатированного BAM файла

Функция конструктора создает BioMap возразите и, если индексные файлы уже не существуют, это также создает один или два индексных файла:

Создайте объект BioMap из структуры BAM или SAM

Получите свойство из объекта BioRead или BioMap

Можно получить определенное свойство из элементов в BioRead или BioMap объект.

Например, чтобы получить все заголовки из BioRead объект, используйте Header свойство можно следующим образом:

allHeaders = BRObj1.Header;

Этот синтаксис возвращает массив ячеек, содержащий заголовки для всех элементов в BioRead объект.

Точно так же, чтобы получить всех запускают положения выровненных последовательностей чтения от BioMap объект, используйте Start свойство объекта:

allStarts = BMObj1.Start;

Этот синтаксис возвращает вектор, содержащий положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности в BioMap объект.

Получите несколько свойств из объекта BioRead или BioMap

Можно получить несколько свойств из BioRead или BioMap объект в одной команде с помощью get метод. Например, чтобы получить и запустите информацию о положениях и заголовках BioMap объект, используйте get метод можно следующим образом:

multiProp = get(BMObj1, {'Start', 'Header'});

Этот синтаксис возвращается, массив ячеек, содержащий всех, запускают информацию о положениях и заголовках BioMap объект.

Получите подмножество информации от объекта BioRead или BioMap

Используйте специализировал get методы с числовым вектором, логическим вектором или массивом ячеек заголовков, чтобы получить подмножество информации от объекта. Например, чтобы получить первые 10 элементов из BioRead объект, используйте getSubset метод:

newBRObj = getSubset(BRObj1, [1:10]);

Этот синтаксис возвращает новый BioRead объект, содержащий первые 10 элементов в исходном BioRead объект.

Например, чтобы получить первые 12 положений последовательностей с заголовками SRR005164.1, SRR005164.7 и SRR005164.16, используют getSubsequence метод:

subSeqs = getSubsequence(BRObj1, ...
          {'SRR005164.1', 'SRR005164.7', 'SRR005164.16'}, [1:12]')

subSeqs = 

    'TGGCTTTAAAGC'
    'CCCGAAAGCTAG'
    'AATTTTGCGGCT'

Например, чтобы получить информацию о третьем элементе в BioMap объект, используйте getInfo метод:

Info_3 = getInfo(BMObj1, 3);

Этот синтаксис возвращает разграниченный вкладкой вектор символов, содержащий эту информацию для третьего элемента:

Предпосылки

Изменить свойства (кроме Name и Reference) из BioRead или BioMap объект, данные должны быть в памяти, и не индексированы. Гарантировать данные находится в памяти, выполнить одно из следующих действий:

Обеспечьте пользовательские заголовки для последовательностей

Во-первых, создайте объект с данными в памяти:

BRObj1 = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true);

Чтобы обеспечить пользовательские заголовки для последовательностей интереса (в этом случае последовательности 1 - 5), сделайте следующее:

BRObj1.Header(1:5) = {'H1', 'H2', 'H3', 'H4', 'H5'};

В качестве альтернативы можно использовать setHeader метод:

BRObj1 = setHeader(BRObj1, {'H1', 'H2', 'H3', 'H4', 'H5'}, [1:5]);

Несколько других специализированных set методы позволяют вам установить свойства подмножества элементов в BioRead или BioMap объект.

Отфильтруйте несопоставленные последовательности чтения

Отфильтруйте последовательности чтения, которые не сопоставлены в паре