blastncbi

Создайте удаленный ID запроса отчета BLAST NCBI или соединитесь с отчетом BLAST NCBI

свернуть все на странице

Синтаксис

blastncbi(Seq,Program)
RID = blastncbi(Seq,Program)
[RID,RTOE] = blastncbi(Seq,Program)
___ = blastncbi(___,Name,Value)

Описание

пример

blastncbi(Seq,Program) отправляет запрос BLAST к NCBI против Seq, нуклеотид или последовательность аминокислот, с помощью Program, заданная программа BLAST. Затем это возвращает ссылку на отчет BLAST NCBI. Для справки в выборе соответствующей программы BLAST посетите https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/producttable.shtml.

пример

RID = blastncbi(Seq,Program) возвращает RID, ID Запроса для отчета.

пример

[RID,RTOE] = blastncbi(Seq,Program) возвращает оба RID, ID Запроса для отчета BLAST NCBI и RTOE, Время Запроса Выполнения, которое является предполагаемым временем, необходимым для поиска, чтобы закончиться.

пример

___ = blastncbi(___,Name,Value) дополнительные опции использования, заданные одним или несколькими аргументами пары "имя-значение" и любым из аргументов в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Открыть скрипт

Выполните поиск BLAST на последовательности белка и сохраните результаты в XML-файл.

Получите последовательность от Банка данных Белка и создайте структуру MATLAB.

S = getpdb('1CIV');

Используйте структуру в качестве входа для поиска BLAST с порогом значения 1e-10. Первый выход является ID запроса, и второй выход является предполагаемым временем (в минутах), пока поиск не завершается.

[RID1,ROTE] = blastncbi(S,'blastp','expect',1e-10);

Получите результаты поиска из отчета. Можно сохранить XML-отформатированный отчет в файл для оффлайнового доступа. Используйте ROTE в качестве времени ожидания, чтобы получить результаты.

report1 = getblast(RID1,'WaitTime',ROTE,'ToFile','1CIV_report.xml')

Blast results are not available yet. Please wait ...

report1 = 

  struct with fields:

                RID: 'R49TJMCF014'
          Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
           Database: 'nr'
            QueryID: 'Query_224139'
    QueryDefinition: 'unnamed protein product'
               Hits: [1×100 struct]
         Parameters: [1×1 struct]
         Statistics: [1×1 struct]

Используйте blastread чтобы считать Показатель взрываемости из XML-отформатированного BLAST сообщают о файле.

blastdata = blastread('1CIV_report.xml')

blastdata = 

  struct with fields:

                RID: ''
          Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
           Database: 'nr'
            QueryID: 'Query_224139'
    QueryDefinition: 'unnamed protein product'
               Hits: [1×100 struct]
         Parameters: [1×1 struct]
         Statistics: [1×1 struct]

В качестве альтернативы запустите поиск BLAST с инвентарным номером NCBI.

RID2 = blastncbi('AAA59174','blastp','expect',1e-10)

RID2 =

    'R49WAPMH014'

Получите результаты поиска из отчета.

report2 = getblast(RID2)

Blast results are not available yet. Please wait ...

report2 = 

  struct with fields:

                RID: 'R49WAPMH014'
          Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
           Database: 'nr'
            QueryID: 'AAA59174.1'
    QueryDefinition: 'insulin receptor precursor [Homo sapiens]'
               Hits: [1×100 struct]
         Parameters: [1×1 struct]
         Statistics: [1×1 struct]

Входные параметры

свернуть все

Нуклеотид или последовательность аминокислот, заданная как вектор символов, строка или структура MATLAB, содержащая Sequence поле .

Если Seq вектор символов или строка, доступные параметры:

  • GenBank®, GenPept или инвентарный номер RefSeq

  • Имя файла FASTA

  • URL, указывающий на файл последовательности

Программа BLAST, заданная как одно из следующего:

  • 'blastn' — Поисковый запрос нуклеотида по сравнению с базой данных нуклеотида.

  • 'blastp' — Поисковый запрос белка по сравнению с базой данных белка.

  • 'blastx' — Поиск (перевел) запрос нуклеотида по сравнению с базой данных белка.

  • 'megablast' — Ищите очень подобные последовательности нуклеотида.

  • 'tblastn' — Поисковый запрос белка по сравнению с переведенной базой данных нуклеотида.

  • 'tblastx' — Поиск (перевел) запрос нуклеотида по сравнению с (переведенной) базой данных нуклеотида.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'Matrix','PAM70','Expect',1e-10 использует PAM70 матрица замены с порогом значения для набора соответствий к 1e-10.

База данных, чтобы искать, заданный как разделенная запятой пара, состоящая из 'Database' и вектор символов или строка.

Для баз данных нуклеотида допустимый выбор:

  • 'nr' (значение по умолчанию)

  • 'refseq_rna'

  • 'refseq_genomic'

  • 'est'

  • 'est_human'

  • 'est_mouse'

  • 'est_others'

  • 'gss'

  • 'htgs'

  • 'pat'

  • 'pdb'

  • 'alu'

  • 'dbsts'

  • 'chromosome'

Для баз данных белка допустимый выбор:

  • 'nr' (значение по умолчанию)

  • 'refseq_protein'

  • 'swissprot'

  • 'pat'

  • 'pdb'

  • 'env_nr'

Для справки в выборе соответствующей базы данных, посещения 

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/producttable.shtml
.

Максимальное количество хитов, чтобы возвратиться, заданный как разделенная запятой пара, состоящая из 'MaxNumberSequences' и положительное целое число. Фактические результаты поиска могут иметь меньше хитов, чем, что вы задаете, в зависимости от запроса, базы данных, значения ожидания и других параметров. Значением по умолчанию является 100.

Фильтр применился к последовательности запроса, заданной как разделенная запятой пара, состоящая из 'Filter' и одно из следующего:

  • 'L' — Области маски низкой композиционной сложности.

  • 'R' — Человек маски повторяет элементы (допустимый для blastn и megablast только).

  • 'm' — Замаскируйте запрос при создании seed уничтожения, но не во время расширения.

  • 'none' — Никакая маска не применяется.

  • 'l' — Маскируют любая буква, которая является нижним регистром в запросе.

Можно задать несколько допустимых букв в односимвольном векторе или представить в виде строки, чтобы применить несколько фильтров целиком. Например, 'Lm' применяет и низкий композиционный фильтр сложности и маску.

Выбор варьируется в зависимости от выбранного Program. Для получения дополнительной информации см. таблицу Choices for Optional Properties Программой BLAST.

Статистический порог значения для соответствий против последовательностей базы данных, заданных как разделенная запятой пара, состоящая из 'Expect' и положительное вещественное число. Значением по умолчанию является 10.

Можно узнать больше о статистике локального сравнения последовательности в https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/tutorial/Altschul-1.html#head2.

Размер слова для последовательности запроса, заданной как разделенная запятой пара, состоящая из 'Word' и положительное целое число.

Выбор для поиска запроса белка:

  • 2

  • 3 (значение по умолчанию)

Выбор для поиска запроса нуклеотида:

  • 7

  • 11 (значение по умолчанию)

  • 15

Выбор, когда Program установлен в 'megablast' :

  • 16

  • 20

  • 24

  • 28 (значение по умолчанию)

  • 32

  • 48

  • 64

  • 128

Матрица замены для последовательностей аминокислот, заданных как разделенная запятой пара, состоящая из 'Matrix' и вектор символов или строка. Матрица присваивает счет к возможному выравниванию любых двух остатков аминокислоты. Выбор:

  • 'PAM30'

  • 'PAM70'

  • 'BLOSUM45'

  • 'BLOSUM62' (значение по умолчанию)

  • 'BLOSUM80'

Соответствие и несоответствие баллам в выравнивании нуклеотида, заданном как разделенная запятой пара, состоящая из 'MatchScores' и двухэлементный числовой векторный [R Q]. Первый элемент R счет соответствия и второй элемент Q счет несоответствия. Эта опция для blastn и megablast только.

Чтобы гарантировать точную оценку значения выравнивания, только ограниченный набор комбинаций поддерживается. См. таблицу BLAST Optional Properties для всех поддерживаемых значений. Значение по умолчанию для megablast [1 -2], и значение по умолчанию для blastn [1 -3].

Штрафы за открытие и расширение разрыва, заданного как разделенная запятой пара, состоящая из 'GapCosts' и двухэлементный числовой вектор. Вектор содержит два целых числа: первым является штраф за открытие разрыва, и вторым является штраф за расширение разрыва.

Допустимый разрыв стоит за blastp, blastx, tblastn, и tblastx варьируйтесь согласно матрице замены белка. Для получения дополнительной информации смотрите GapCosts для blastp, blastx, tblastn, и tblastx.

Допустимый разрыв стоит за blastn и megablast варьируйтесь согласно MatchScores ([R Q]). Для получения дополнительной информации смотрите GapCosts для blastn и мегауничтожения.

Композиционный тип корректировки, чтобы компенсировать составы аминокислоты последовательностей, сравниваемых, заданных как разделенная запятой пара, состоящая из 'CompositionAdjustment' и одно из следующих значений:

  • 'none'— Никакая корректировка не применяется (значение по умолчанию).

  • 'cbs'— Основанный на составе подход статистики используется в корректировках счета.

  • 'ccsm'— Условная композиционная матрица счета используется в корректировках счета.

  • 'ucsm'— Универсальная композиционная матрица счета используется в корректировках счета.

Эта опция для blastp, blastx, и tblastn только. Получившиеся масштабированные баллы дают к более точным электронным значениям, чем стандартные, немасштабированные баллы. Для получения дополнительной информации смотрите Композиционные корректировки.

Entrez запрашивают синтаксис, чтобы искать подмножество выбранной базы данных, заданной как разделенная запятой пара, состоящая из 'Entrez' и вектор символов или строка. Используйте эту опцию, чтобы ограничить поисковые запросы на основе типов молекулы, длин последовательности, организмов, и так далее. Для получения дополнительной информации об ограничении поисковых запросов см. https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blastcgihelp.shtml#entrez_query.

Расширенные настройки, заданные как разделенная запятой пара, состоящая из 'Adv' и вектор символов или строка. Например, чтобы задать значения вознаграждения и штрафа для соответствий нуклеотида и несоответствий, используйте '-r 1 -q -3'. Для получения дополнительной информации см. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/urlapi.html.

Выходные аргументы

свернуть все

Запросите ID для отчета BLAST NCBI, возвращенного как вектор символов.

Запросите время выполнения, возвращенного как целое число. Это - предполагаемое время в минутах, пока поиск не завершается.

Совет

Если вы используете getblast функция, чтобы получить отчет BLAST, используйте эту временную оценку в качестве 'WaitTime' опция.

Больше о

свернуть все

BLAST дополнительные свойства

Выбор для дополнительных свойств программой BLAST

Когда программа BLAST...Затем выбор для следующих опций...
База данныхФильтрWordМатрицаMatchScores [R Q]GapCosts
'blastn''nr' (значение по умолчанию)
'refseq_rna'
'refseq_genomic''est'
'est_human'
'est_mouse'
'est_others'
'gss'
'htgs'
'pat'
'pdb'
'alu'
'dbsts'
'chromosome'		'Lm' (значение по умолчанию)
'R'
'm'
'l'
'none'		7
11 (значение по умолчанию)
15 		—[1 -3] (значение по умолчанию)
[1 -4]
[1 -2]
[1 -1]
[2 -3]
[4 -5] 		Смотрите GapCosts для blastn и мегауничтожения.
'megablast'16
20
24
28 (значение по умолчанию)
32
48
64
128 		[1 -3]
[1 -4]
[1 -2] (значение по умолчанию)
[1 -1]
[2 -3]
[4 -5]
'tblastn''L' (значение по умолчанию)
'm'
'l'
'none'		2
3 (значение по умолчанию)		'PAM30'
'PAM70'
'BLOSUM45'
'BLOSUM62' (значение по умолчанию)
'BLOSUM80' 		–Смотрите GapCosts для blastp, blastx, tblastn, и tblastx.
'tblastx'
'blastp''nr' (значение по умолчанию)
'refseq_protein'
'swissprot'
'pat'
'pdb'
'env_nr'		'L'
'm'
'l'
'none' (значение по умолчанию)
'blastx''L' (значение по умолчанию)
'm'
'l'
'none'

GapCosts для blastp, blastx, tblastn, и tblastx

Матрица заменыДопустимый 'GapCosts' Значения
'PAM30'[7 2]
[6 2]
[5 2]
[10 1]
[9 1] (значение по умолчанию)
[8 1]
'PAM70'[8 2]
[7 2]
[6 2]
[11 1]
[10 1] (значение по умолчанию)
[9 1]
'BLOSUM80'
'BLOSUM45'[13 3]
[12 3]
[11 3]
[10 3]
[15 2] (значение по умолчанию)
[14 2]
[13 2]
[12 2]
[19 1]
[18 1]
[17 1]
[16 1]
'BLOSUM62'[9 2]
[8 2]
[7 2]
[12 1]
[11 1] (значение по умолчанию)
[10 1]

GapCosts для blastn и megablast

MatchScores [R Q]Допустимый 'GapCosts' Значения
[1 -4][5 2] (значение по умолчанию)
[1 2]
[0 2]
[2 1]
[1 1]
[1 -3][5 2](значение по умолчанию)
[2 2]
[1 2]
[0 2]
[2 1]
[1 1]
[1 -2][5 2](значение по умолчанию)
[2 2]
[1 2]
[0 2]
[3 1]
[2 1]
[1 1]
[1 -1][5 2](значение по умолчанию)
[3 2]
[2 2]
[1 2]
[0 2]
[4 1]
[3 1]
[2 1]
[2 -3][5 2](значение по умолчанию)
[4 4]
[2 4]
[0 4]
[3 3]
[6 2]
[4 2]
[2 2]
[4 -5][5 2](значение по умолчанию)
[6 5]
[5 5]
[4 5]
[3 5]

Вопросы совместимости

развернуть все

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Ссылки

[1] Altschul, S.F., В. Джиш, В. Миллер, Э.В. Майерс и Д.Дж. Липмен (1990). "Основное локальное средство поиска выравнивания". J. Молекулярная масса Biol. 215, 403–410.

[2] Altschul, S.F., Т.Л. Мэдден, А.А. Шеффер, Цз. Чжан, Цз. Чжан, В. Миллер и Д. Дж. Липмен (1997). "Содержащий разрывы BLAST и PSI-BLAST: новое поколение базы данных белка ищет программы". Нуклеиновые кислоты Res. 25, 3389–3402.

Смотрите также

| | | |

Внешние веб-сайты

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте