Bowtie2InspectOptions

Содержите опции, чтобы смотреть Галстук-бабочку 2 индексных файла

Описание

Bowtie2InspectOptions объект содержит опции, чтобы запустить bowtie2inspect функция, которая смотрит Галстук-бабочку 2 индексных файла.

Создание

Описание

пример

inspectOptions = Bowtie2InspectOptions создает Bowtie2InspectOptions объект со значениями свойств по умолчанию.

Bowtie2InspectOptions требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку.

Примечание

Bowtie2InspectOptions поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

пример

inspectOptions = Bowtie2InspectOptions(Name,Value) свойства наборов с помощью одной или нескольких пар "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки. Например, inspectOptions = Bowtie2InspectOptions('Summary',true) задает, чтобы возвратить сводные данные содержимого индекса вместо ссылочных последовательностей.

пример

inspectOptions = Bowtie2InspectOptions(S) задает дополнительные параметры в векторе символов или строке S.

Входные параметры

развернуть все

Параметры, чтобы смотреть индексные файлы, заданные как вектор символов. S должны быть в Галстуке-бабочке 2 синтаксиса опции (снабженный префиксом одним или двумя тире) [1].

Типы данных: char | string

Свойства

развернуть все

Дополнительные опции, не включенные в свойства объектов, заданные как вектор символов. Вектор символов должен быть в Галстуке-бабочке 2 синтаксисами опции (снабженный префиксом одним или двумя тире). Значением по умолчанию является пустой символьный вектор ''.

Пример: 'ExtraBowtie2Command','--version'

Типы данных: char | string

Булев индикатор, чтобы распечатать только ссылочные имена последовательности в выходном файле, заданном как true или false.

Пример: 'NamesOnly',true

Типы данных: логический

Булев индикатор, чтобы распечатать итоговую информацию о ссылочных именах последовательности и длинах вместо фактических последовательностей в выходном файле, заданном как true или false.

Пример: 'Summary',true

Типы данных: логический

Функции объекта

getBowtie2CommandПереведите свойства объектов в Галстук-бабочку 2 опции
getBowtie2TableПолучите таблицу со свойствами объектов и эквивалентным Галстуком-бабочкой 2 опции
runСмотрите Галстук-бабочку 2 индексных файла

Примеры

свернуть все

Получите информацию о ссылочной последовательности, используемой, чтобы создать соответствующие индексные файлы при помощи bowtie2inspect. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

По умолчанию, выходной файл Dmel_chr4_retrieved.fa содержит фактическую последовательность ссылки, используемой, чтобы создать индекс.

Можно также получить итоговую информацию о ссылочном имени и длинах вместо фактической последовательности.

Создайте объект опций.

inspectOpt = Bowtie2InspectOptions;

Установите Summary свойство к true.

inspectOpt.Summary = true;

Запустите функцию снова с помощью заданной опции.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary.fa',inspectOpt);

Если контроль индекса успешен, функция возвращает 0, и выходной файл теперь содержит итоговую информацию ссылочной последовательности.

В качестве альтернативы можно передать в Галстуке-бабочке 2 строки синтаксиса вместо того, чтобы использовать объект опции.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary2.fa','-s');

Ссылки

[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.

Введенный в R2018a

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте