featureparse

Проанализируйте функции от GenBank, GenPept или данных EMBL

Синтаксис

FeatStruct = featureparse(Features)
FeatStruct = featureparse(Features, ...'Feature', FeatureValue, ...)
FeatStruct = featureparse(Features, ...'Sequence', SequenceValue, ...)

Входные параметры

FeaturesЛюбое следующее:
  • Структура MATLAB® с полями, соответствующими GenBank®, GenPept или данным EMBL, такими как возвращенные genbankread, genpeptread, emblread, getgenbank, getgenpept, или getembl

  • Вектор символов или символьный массив, содержащий текст от раздела Features GenBank, GenPept или EMBL-отформатированного файла

FeatureValueИмя функции содержится в Features. Когда задано, featureparse возвращает только подструктуру, которая соответствует этой функции. Если существует несколько функций с тем же FeatureValue, затем FeatStruct массив структур.
SequenceValueСвойство управлять экстракцией, если это возможно, последовательностей, соответствующих к каждой функции, присоединяясь и дополняя части исходной последовательности и храня их в Sequence поле возвращенной структуры, FeatStruct. При извлечении последовательности из неполной функции CDS, featureparse использует codon_start спецификатор, чтобы настроить систему координат последовательности. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

FeatStructСтруктура output, содержащая поле для каждой функции базы данных. Каждое имя поля в FeatStruct совпадает с соответствующим именем функции в GenBank, GenPept или базе данных EMBL, за исключениями, перечисленными в таблице ниже. Поля в FeatStruct содержите подструктуры со спецификаторами функции как поля. В GenBank, GenPept и базах данных EMBL, для каждой функции, единственный обязательный спецификатор является своим местоположением, который featureparse переводит в поле Location. Когда возможно, featureparse также переводит это местоположение в числовые индексы, создавая Indices поле .

Примечание

Если вы используете Indices поле, чтобы извлечь информацию о последовательности, вы, возможно, должны дополнить последовательности.

Описание

FeatStruct = featureparse(Features) анализирует функции от Features, который содержит GenBank, GenPept или функции EMBL. Features может быть a:

  • Вектор символов или строка, содержащая GenBank, GenPept или функции EMBL

  • Символьный массив MATLAB включая текстовое описание GenBank, GenPept или функции EMBL

  • Структура MATLAB с полевым соответствием GenBank, GenPept или данным EMBL, таким как возвращенные genbankread, genpeptread, emblread, getgenbank, getgenpept, или getembl

FeatStruct структура output, содержащая поле для каждой функции базы данных. Каждое имя поля в FeatStruct совпадает с соответствующим именем функции в GenBank, GenPept или базе данных EMBL, за следующими исключениями.

Покажите имя в GenBank, GenPept или базе данных EMBLИмя поля в структуре MATLAB
-10_signalminus_10_signal
-35_signalminus_35_signal
3'UTRthree_prime_UTR
3'clip three_prime_clip
5'UTR five_prime_UTR
5'clip five_prime_clip
D-loop D_loop

Поля в FeatStruct содержите подструктуры со спецификаторами функции как поля. В GenBank, GenPept и базах данных EMBL, для каждой функции, единственный обязательный спецификатор является своим местоположением, который featureparse переводит в поле Location. Когда возможно, featureparse также переводит это местоположение в числовые индексы, создавая Indices поле .

Примечание

Если вы используете Indices поле, чтобы извлечь информацию о последовательности, вы, возможно, должны дополнить последовательности.

FeatStruct = featureparse (FeaturesPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы featureparse с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

FeatStruct = featureparse(Features, ...'Feature', FeatureValue, ...) возвращает только подструктуру, которая соответствует FeatureValue, имя функции содержится в Features. Если существует несколько функций с тем же FeatureValue, затем FeatStruct массив структур.

FeatStruct = featureparse(Features, ...'Sequence', SequenceValue, ...) управляет экстракцией, если это возможно, последовательностей, соответствующих к каждой функции, присоединяясь и дополняя части исходной последовательности и храня их в поле Sequence. При извлечении последовательности из неполной функции CDS, featureparse использует codon_start спецификатор, чтобы настроить систему координат последовательности. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примеры

Пример 16. Получение всех функций из файла GenBank

Следующий пример получает все функции, сохраненные в файле GenBank nm175642.txt:

gbkStruct = genbankread('nm175642.txt');
features = featureparse(gbkStruct)

features = 

    source: [1x1 struct]
      gene: [1x1 struct]
       CDS: [1x1 struct]

Пример 17. Получение подмножества функций от записи GenBank

Следующий пример получает только последовательности кодирования (CDS) функция Синорхэбдити elegans космидная запись (инвентарный номер Z92777) от базы данных GenBank:

worm = getgenbank('Z92777');
CDS = featureparse(worm,'feature','cds')

CDS = 

1x12 struct array with fields:
    Location
    Indices
    locus_tag
    standard_name
    note
    codon_start
    product
    protein_id
    db_xref
    translation

Пример 18. Извлечение последовательностей для каждой функции
  1. Получите две последовательности нуклеотида из базы данных GenBank для нейраминидазы (NA) белок двух деформаций Гриппа вирус (H5N1).

     hk01 = getgenbank('AF509094');
     vt04 = getgenbank('DQ094287');
    
  2. Извлеките последовательность области кодирования для нейраминидазы (NA) белок от двух последовательностей нуклеотида. Последовательности областей кодирования хранятся в Sequence поля возвращенных структур, hk01_cds и vt04_cds.

    hk01_cds = featureparse(hk01,'feature','CDS','Sequence',true);
    vt04_cds = featureparse(vt04,'feature','CDS','Sequence',true);
    
  3. Если вы извлекли последовательности нуклеотида, можно использовать nt2aa и nwalign функции, чтобы выровнять последовательности аминокислот, преобразованные от последовательностей нуклеотида.

     [sc,al]=nwalign(nt2aa(hk01_cds),nt2aa(vt04_cds),'extendgap',1);
    
  4. Затем можно использовать seqinsertgaps функционируйте, чтобы скопировать разрывы от выровненных последовательностей аминокислот до их соответствующих последовательностей нуклеотида, таким образом выравнивание кодона их.

     hk01_aligned = seqinsertgaps(hk01_cds,al(1,:))
     vt04_aligned = seqinsertgaps(vt04_cds,al(3,:))
    
  5. Если у вас есть код, выровнял эти две последовательности, можно использовать их в качестве входа к другим функциям, таким как dnds, который вычисляет синонимичные и несинонимичные уровни замен выровненных кодоном последовательностей нуклеотида. Установкой Verbose к true, можно также отобразить кодоны, рассмотренные в расчетах и их переводах аминокислоты.

    [dn,ds] = dnds(hk01_aligned,vt04_aligned,'verbose',true)
    

Смотрите также

| | | |

Представленный в R2006b

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте