Анализ последовательности нуклеотида

Вычислите и в интерактивном режиме исследуйте статистику последовательности; вычислите свойства последовательности; анализируйте мотивы; спроектируйте капсюли; найдите ферменты ограничения

Приложения

Sequence ViewerВизуализируйте и в интерактивном режиме исследуйте биологические последовательности

Функции

basecountСчитайте нуклеотиды в последовательности
codonbiasВычислите частоту кодона для каждой аминокислоты, закодированной для в последовательности нуклеотида
codoncountСчитайте кодоны в последовательности нуклеотида
dimercountСчитайте димеры в последовательности нуклеотида
ntdensityПостройте плотность нуклеотидов вдоль последовательности
seqwordcountСчитайте количество случаев слова в последовательности
nt2aaПреобразуйте последовательность нуклеотида в последовательность аминокислот
aa2ntПреобразуйте последовательность аминокислот в последовательность нуклеотида
nt2intПреобразуйте последовательность нуклеотида от буквы до целочисленного представления
int2ntПреобразуйте последовательность нуклеотида от целого числа, чтобы обозначить буквами представление
dna2rnaПреобразуйте последовательность DNA в последовательность RNA
rna2dnaПреобразуйте последовательность RNA в последовательность DNA
revgeneticcodeВозвратите отображение реверса (аминокислота к кодону нуклеотида) для генетического кода
seqcomplementВычислите комплементарную нить последовательности нуклеотида
seqrcomplementВычислите противоположную комплементарную нить последовательности нуклеотида
seqreverseВычислите противоположную скрутку последовательности нуклеотида
baselookupНайдите коды нуклеотида, целые числа, имена и дополнения
geneticcodeВозвратите кодон нуклеотида в отображение аминокислоты для генетического кода
oligopropВычислите свойства последовательности олигонуклеотида DNA
cpgislandНайдите острова CpG в последовательности DNA
joinseqСоедините две последовательности, чтобы произвести самую короткую суперпоследовательность
palindromesНайдите палиндромы в последовательности
randseqСгенерируйте случайную последовательность от конечного алфавита
seqmatchНайдите соответствия для каждого вектора символов в библиотеке
seqviewerВизуализируйте и в интерактивном режиме исследуйте биологические последовательности
seqdispФормат длинная последовательность выводится для легкого просмотра
seqshoworfsОтобразите открытые рамки считывания в последовательности
seqshowwordsГрафически отобразите слова в последовательности
featureparseПроанализируйте функции от GenBank, GenPept или данных EMBL
featureviewЧертите линейную или круговую карту функций от структуры GenBank
seqconsensusВычислите последовательность согласия
seqdotplotСоздайте точечную диаграмму двух последовательностей
seqlogoОтобразите логотип последовательности для нуклеотида или последовательностей аминокислот
seqprofileВычислите профиль последовательности от набора умножают выровненные последовательности
seqinsertgapsВставьте разрывы в нуклеотид или последовательность аминокислот
rebasecutsНайдите ферменты ограничения, которые сокращают последовательность нуклеотида
restrictРазделите последовательность нуклеотида на сайте ограничения
seq2regexpПреобразуйте последовательность с неоднозначными символами к регулярному выражению

Темы

Исследование последовательности нуклеотида Используя командную строку

Начиная с последовательности DNA вычислите статистику для содержимого нуклеотида.

Исследование последовательности нуклеотида Используя приложение Sequence Viewer

Используйте графический интерфейс в функциях последовательности.

Утилиты последовательности и статистика

Можно управлять и анализировать последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических, и биологических характеристик данных.

Рекомендуемые примеры

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте