Класс: BioIndexedFile
Получите записи из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile с помощью числового индекса
Entries = getEntryByIndex(BioIFobj, Indices)
Entries = getEntryByIndex(BioIFobj, Indices)BioIFobj, объект BioIndexedFile. Это извлекает и конкатенирует записи, заданные Indices, числовой вектор положительных целых чисел. Это возвращает Entries, вектор символов конкатенированных записей. Значение каждого элемента в Indices должно быть меньше чем или равно количеству записей в исходном файле. Непосредственное отношение существует между номером и порядком элементов в Indices и выход Entries, даже если Indices повторил записи.
|
Объект |
|
Числовой вектор положительных целых чисел. Значение каждого элемента должно быть меньше чем или равно количеству записей в исходном файле, сопоставленном с |
|
Вектор символов конкатенированных записей, извлеченных из исходного файла, сопоставлен с |
Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между условиями генной онтологии (GO) и названиями генов:
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Возвратите первые, третьи, и пятые записи в исходный файл:
% Access 1st, 3rd, and 5th entries subset_entries = getEntryByIndex(gene2goObj, [1 3 5]);
Используйте этот метод, чтобы визуализировать и исследовать подмножество записей в исходном файле в целях валидации.