Импорт данных

Импортируйте данные о Секвенировании следующего поколения (NGS) и покажите аннотации от СЭМА, BAM, FASTA, FASTQ, GTF и файлов GFF

Импортируйте данные NGS, сохраненные в различных форматах файлов, таких как FASTA, FASTQ, СЭМ и файлы BAM. Считайте аннотации функции из GTF и файлов GFF. Используйте различные объекты получить доступ и управлять данными NGS. Например, BioIndexedFile объект позволяет вам эффективно текстовые файлы доступа с записями неоднородного размера, такими как последовательности и аннотации. Используйте объект получить доступ к отдельным записям или подмножеству записей, когда исходный файл будет слишком большим, чтобы уместиться в памяти. Используйте BioMap и BioRead объекты сохранить и управлять последовательностью считывают данные, содержащие информацию о заголовках, качествах и выравниваниях.

Функции

развернуть все

fastainfoВозвратите информацию о файле FASTA
fastareadСчитайте данные из файла FASTA
fastawriteЗапишите в файл с помощью формата FASTA
fastqinfoВозвратите информацию о файле FASTQ
fastqreadСчитайте данные из файла FASTQ
fastqwriteЗапишите в файл с помощью формата FASTQ
saminfoВозвратите информацию о файле SAM
samsortСортировка файлов SAM
samreadСчитайте данные из файла SAM
baminfoВозвратите информацию о файле BAM
bamreadСчитайте данные из файла BAM
bamsortСортировка файлов BAM
bamindexreadСчитайте индекс BAM, BAI, файл

Классы

развернуть все

BioReadСодержите чтения последовательности и их качественные данные
BioMapСодержите последовательность, качество, выравнивание и данные об отображении
BioIndexedFileПредоставьте быстрый и эффективный доступ к файлу крупного текста с записями неоднородного размера
GFFAnnotationСодержите аннотации Общего формата функции (GFF)
GTFAnnotationСодержите аннотации Формата переноса генов (GTF)
cuffgffreadОтфильтруйте и преобразуйте файлы GTF и GFF
cuffgtf2samПреобразуйте файлы GTF в файлы SAM

Темы

Работа с данными о секвенировании следующего поколения

Используйте BioIndexedFile объекты извлечь записи из больших файлов с помощью индексов или ключей и данных о синтаксическом анализе с помощью пользовательских функций.

Управляйте последовательностью считанные данные в объектах

Используйте BioMap и BioRead объекты получить доступ и управлять данными о Секвенировании следующего поколения (NGS) из различных форматов файлов, таких как FASTQ, СЭМ и файлы BAM.

Сохраните и управляйте аннотациями функции в объектах

Используйте GTF, и GFF показывают объекты аннотации, чтобы получить информацию о функции из одной или нескольких ссылочных последовательностей.

Форматы данных и базы данных

Доступ к онлайновым базам данных и репозиториям с помощью различных функций MATLAB® и импортирует данные к рабочей области для последующих анализов.

Рекомендуемые примеры

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте