seqdisp

Формат длинная последовательность выводится для легкого просмотра

Синтаксис

seqdisp(Seq)
seqdisp(Seq, ...'Row', RowValue, ...)
seqdisp(Seq, ...'Column', ColumnValue, ...)
seqdisp(Seq, ...'ShowNumbers', ShowNumbersValue, ...)

Аргументы

Seq

Нуклеотид или последовательность аминокислот, представленная любым следующим:

  • Массив символов

  • Вектор строки

  • Вектор символов, содержащий имя файла FASTA

  • Структура MATLAB® с полем Sequence

Умножьтесь выровненные последовательности позволены.

Файлы FASTA могут иметь расширение файла fa, fasta, fas, fsa, или fst.

RowValueЦелое число, которое задает длину каждой строки. Значением по умолчанию является 60.
ColumnValueЦелое число, которое задает ширину столбца или количество символов прежде, чем отобразить пробел. Значением по умолчанию является 10.
ShowNumbersValueУправляет отображением чисел в начале каждой строки. Выбором является true (значение по умолчанию), чтобы показать числа или false скрыть числа.

Описание

seqdisp(Seq) отображает последовательность в строках, с длиной строки по умолчанию 60 и шириной столбца по умолчанию 10.

seqdisp (SeqPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы seqdisp с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

seqdisp(Seq, ...'Row', RowValue, ...) задает длину каждой строки для отображенной последовательности.

seqdisp(Seq, ...'Column', ColumnValue, ...) задает количество букв, чтобы отобразиться прежде, чем добавить пробел. RowValue должно быть больше, чем и равномерно делимым ColumnValue.

seqdisp(Seq, ...'ShowNumbers', ShowNumbersValue, ...) управляет отображением чисел в начале каждой строки. Выбором является true (значение по умолчанию), чтобы показать числа или false скрыть числа.

Примеры

Считайте информации последовательности из базы данных GenBank®. Отобразите последовательность в строках с 50 буквами, и в строке, разделите каждые 10 букв пробелом.

mouseHEXA = getgenbank('AK080777');
seqdisp(mouseHEXA, 'Row', 50, 'Column', 10)

Создайте и сохраните файл FASTA с двумя последовательностями, и затем отобразите его.

hdr = ['Sequence A'; 'Sequence B'];
seq = ['TAGCTGRCCAAGGCCAAGCGAGCTTN';'ATCGACYGGTTCCGGTTCGCTCGAAN']
fastawrite('local.fa', hdr, seq);
seqdisp('local.fa', 'ShowNumbers', false')

ans =
>Sequence A
 1  TAGCTGRCCA AGGCCAAGCG AGCTTN
>Sequence B
 1  ATCGACYGGT TCCGGTTCGC TCGAAN

Представлено до R2006a

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте