setStart

Класс: BioMap

Установите запускают положения выровненных последовательностей чтения в BioMap объект

Синтаксис

NewObj = setStart(BioObj, Start)
NewObj = setStart(BioObj, Start, Subset)

Описание

NewObj = setStart(BioObj, Start) возвращает NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с Start набор свойств к Start, вектор положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Изменение Start свойство переключает выровненные последовательности.

NewObj = setStart(BioObj, Start, Subset) возвращает NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с Start свойство подмножества набора элементов к Start, вектор положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Это устанавливает положения запуска только для объектных элементов, указанных Subset.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Примечание

Если BioObj был создан из BioIndexedFile объект, вы не можете установить его Start свойство.

Start

Вектор положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности.

Subset

Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в BioObj:

  • Вектор положительных целых чисел

  • Логический вектор

  • Массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности

Примечание

Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в Start и Subset. Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать Subset, имейте в виду, что повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

NewObj

Объект BioMap класс.

Примеры

Создайте BioMap объект, и затем набор подмножество последовательности запускают значения:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Start property of the second element to a new value 
BMObj1 = setStart(BMObj1, 5, 2);

Советы

  • Чтобы обновиться запускают положения в существующем BioMap объект, используйте тот же объект в качестве входа BioObj и выход NewObj.

  • Если вы изменяете последовательности или подписи в объекте, вы, возможно, должны использовать setStart метод, чтобы изменить Start свойство переключить выравнивание модифицированных последовательностей соответственно.

Альтернативы

Альтернатива использованию setStart метод, чтобы обновить существующий объект должен использовать точечную индексацию с Start свойство:

BioObj.Start(Indices) = NewStart

В предыдущем синтаксисе, Indices вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов, содержащий заголовки последовательности. NewStart вектор целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Indices и NewStart должен иметь тот же номер и порядок элементов.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте