Выполните поиск на локальной базе данных BLAST, чтобы создать отчет BLAST
blastlocal('InputQuery', InputQueryValue)
Data = blastlocal('InputQuery', InputQueryValue)
... blastlocal(..., 'Program', ProgramValue,
...)
... blastlocal(..., 'Database', DatabaseValue,
...)
... blastlocal(..., 'BlastPath', BlastPathValue,
...)
... blastlocal(..., 'Expect', ExpectValue,
...)
... blastlocal(..., 'Format', FormatValue,
...)
... blastlocal(..., 'ToFile', ToFileValue,
...)
... blastlocal(..., 'Filter', FilterValue,
...)
... blastlocal(..., 'GapOpen', GapOpenValue,
...)
... blastlocal(..., 'GapExtend', GapExtendValue,
...)
... blastlocal(..., 'BLASTArgs', BLASTArgsValue,
...)
InputQueryValue | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла FASTA, содержащего нуклеотид запроса или последовательность (последовательности) аминокислот. (Это соответствует blastall опция -i.) |
ProgramValue | Вектор символов или строка, задающая программу BLAST. Выбор:
( |
DatabaseValue | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла локальной базы данных BLAST (отформатированное использование formatdb NCBInr база данных в текущей папке MATLAB®. (Это соответствует blastall опция -d.) |
BlastPathValue | Вектор символов или строка, задающая полный путь к blastall исполняемый файл, включая имя и расширение исполняемого файла. Значением по умолчанию является системный путь. |
ExpectValue | Значение, задающее статистический порог значения для соответствий против последовательностей базы данных. Выбором является любое вещественное число. Значением по умолчанию является 10. (Это соответствует blastall опция -e.) |
FormatValue | Целое число, задающее формат выравнивания результатов поиска BLAST. Выбор:
(Это соответствует |
ToFileValue | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла, в котором можно сохранить содержимое отчета BLAST. (Это соответствует blastall опция -o.) |
FilterValue | Управляет применением фильтра (фильтр DUST для blastn программы или фильтр SEG для других программ) к последовательности (последовательностям) запроса. Выбором является true (значение по умолчанию) или false. (Это соответствует blastall опция -F.) |
GapOpenValue | Целое число, которое задает штраф за открытие разрыва в выравнивании последовательностей. Значением по умолчанию является -1. (Это соответствует blastall опция -G.) |
GapExtendValue | Целое число, которое задает штраф за расширение разрыва в выравнивании последовательностей. Значением по умолчанию является -1. (Это соответствует blastall опция -E.) |
BLASTArgsValue | NCBI blastall команда, которая является вектором символов или строкой, содержащей один или несколько экземпляров- и опция, сопоставленная с ним, используемая, чтобы задать входные параметры. |
Data | Структура MATLAB или массив структур (если несколько последовательностей запроса) содержащий поля, соответствующие ключевым словам BLAST и данным из локального отчета BLAST. |
Основное локальное средство поиска выравнивания (BLAST) предлагает быстрый и мощный сравнительный анализ белка и последовательностей нуклеотида против известных последовательностей в онлайновых или локальных базах данных.
Использовать blastlocal функция, у вас должна быть локальная копия blastall NCBI исполняемый файл (версия 2.2.17), доступная от вашей системы. Запустите загруженный исполняемый файл и сконфигурируйте его для вашей системы. Для удобства рассмотрите размещение blastall NCBI исполняемый файл на вашем системном пути.
blastlocal('InputQuery', представляет последовательность (последовательности) запроса, заданную InputQueryValue)InputQueryValue, файл FASTA, содержащий нуклеотид или последовательность (последовательности) аминокислот, для поиска BLAST локальной базы данных BLAST, путем вызова локальной версии blastall NCBI исполняемый файл. Результаты поиска BLAST отображены в Окне Команды MATLAB. (Это соответствует blastall опция -i.)
Data = blastlocal('InputQuery', InputQueryValue)Data, структура MATLAB или массив структур (если несколько последовательностей запроса) содержащий поля, соответствующие ключевым словам BLAST и данным из локального отчета BLAST.
Data содержит подмножество следующих полей, на основе заданного формата выравнивания.
| Поле | Описание |
|---|---|
Algorithm | Алгоритм NCBI раньше делал поиск BLAST. |
Query | Идентификатор последовательности запроса подвергается поиску BLAST. |
Length | Длина последовательности запроса. |
Database | Все базы данных ищутся. |
Hits.Name | Имя последовательности базы данных (подвергают последовательность), который совпадал с последовательностью запроса. |
Hits.Score | Счет выравнивания между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Hits.Expect | Значение ожидания для выравнивания между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Hits.Length | Длина подчиненной последовательности. |
Hits.HSPs.Score |
Попарный счет выравнивания к высоко выигрывающей паре последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Hits.HSPs.Expect | Значение ожидания для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Hits.HSPs.Identities | Тождества (соответствие, возможное, и процент) для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Hits.HSPs.Positives | Идентичные или подобные остатки (соответствие, возможное, и процент) для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью аминокислот. ПримечаниеЭто поле применяется только к переведенному нуклеотиду или последовательностям запроса аминокислоты и/или базам данных.
|
Hits.HSPs.Gaps | Неприсоединившиеся остатки (соответствие, возможное, и процент) для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Hits.HSPs.Mismatches | Остатки, которые не похожи друг на друга (соответствие, возможны, и процент) для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Hits.HSPs.Frame | Рамка считывания переведенной последовательности нуклеотида для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью.ПримечаниеЭто поле применяется только, когда выполнение перевело поисковые запросы, то есть, при использовании |
Hits.HSPs.Strand | Смысл (Plus = 5' к 3' и Minus = 3' к 5') нитей ДНК для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. ПримечаниеЭто поле применяется только при использовании последовательности запроса нуклеотида и базы данных. |
Hits.HSPs.Alignment | Матрица с тремя строками, показывающая выравнивание для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Hits.HSPs.QueryIndices | Индексы положений остатка последовательности запроса для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Hits.HSPs.SubjectIndices | Индексы подчиненных положений остатка последовательности для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Hits.HSPs.AlignmentLength | Продолжительность попарного выравнивания для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Alignment | Целое выравнивание для последовательности запроса и подчиненной последовательности (последовательностей). |
Statistics | Сводные данные статистических деталей о выполняемом поиске, таких как значения lambda, разрывают штрафы, количество последовательностей, искавших и количество хитов. |
... blastlocal (..., ' вызовы PropertyName', PropertyValue, ...)blastlocal с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие.
... blastlocal(..., 'Program', задает программу BLAST. Выбором является ProgramValue,
...)'blastp' (значение по умолчанию), 'blastn', 'blastx', 'tblastn', и 'tblastx'. (Это соответствует blastall опция -p.) Для справки в выборе соответствующей программы BLAST, посещения:
... blastlocal(..., 'Database', задает локальную базу данных BLAST (отформатированное использование DatabaseValue,
...)formatdb NCBI функция), чтобы искать. Значением по умолчанию является локальная версия nr база данных в текущей папке MATLAB. (Это соответствует blastall опция -d.)
... blastlocal(..., 'BlastPath', задает полный путь к BlastPathValue,
...)blastall исполняемый файл, включая имя и расширение исполняемого файла. Значением по умолчанию является системный путь.
... blastlocal(..., 'Expect', задает статистический порог значения для соответствий против последовательностей базы данных. Выбором является любое вещественное число. Значением по умолчанию является ExpectValue,
...)10. (Это соответствует blastall опция -e.) Можно узнать больше о статистике локального сравнения последовательности в:
... blastlocal(..., 'Format', задает формат выравнивания результатов поиска BLAST. Выбор:FormatValue,
...)
0 (значение по умолчанию) — Попарно
1 — Привязанные запросом, показывающие тождества
2 — Привязанный запросом, никакие тождества
3 — Плоские привязанные запросом, показывающие тождества
4 — Плоский привязанный запросом, никакие тождества
5 — Привязанный запросом, никакие тождества и тупые концы
6 — Плоский привязанный запросом, никакие тождества и тупые концы
7 — Не используемый
8 — Табличный
9 — Табличный со строками с комментариями
(Это соответствует blastall опция -m.)
... blastlocal(..., 'ToFile', сохраняет содержимое BLAST, сообщают заданному файлу. (Это соответствует ToFileValue,
...)blastall опция -o.)
... blastlocal(..., 'Filter', задает, применяется ли фильтр (фильтр DUST для blastn программы или фильтр SEG для других программ) к последовательности (последовательностям) запроса. Выбором является FilterValue,
...)true (значение по умолчанию) или false. (Это соответствует blastall опция -F.)
... blastlocal(..., 'GapOpen', задает штраф за открытие разрыва в выравнивании последовательностей. Значением по умолчанию является GapOpenValue,
...)-1. (Это соответствует blastall опция -G.)
... blastlocal(..., 'GapExtend', задает штраф за расширение разрыва в выравнивании последовательностей. Значением по умолчанию является GapExtendValue,
...)-1. (Это соответствует blastall опция -E.)
... blastlocal(..., 'BLASTArgs', задает опции с помощью входных параметров в BLASTArgsValue,
...)blastall NCBI функция. BLASTArgsValue вектор символов или строка, содержащая один или несколько экземпляров или- и опция сопоставлена с ним. Например, чтобы задать xBLOSUM 45 матрица, вы использовали бы следующий синтаксис:
blastlocal('InputQuery', ecoliquery.txt, 'BLASTArgs', '-M BLOSUM45')Используйте 'BlastArgs' свойство задать blastall опции, для которых нет никакого соответствующего имени свойства / пар значения свойства.
Для полного списка допустимых входных параметров для blastall NCBI функционируйте, убедитесь что blastall исполняемый файл расположен на вашем системном пути или текущей папке, затем введите следующее в командной строке своей системы.
blastall -
Можно также использовать синтаксис и входные параметры, принятые blastall NCBI функция, вместо имени свойства / пары значения свойства, перечисленные ранее. Для этого предоставьте вектор символов или строку, содержащую несколько опций с помощью-
xoption синтаксис. Например, можно задать ecoliquery.txt Файл FASTA как ваши последовательности запроса, blastp программа и ecoli локальная база данных, при помощи
blastlocal('-i ecoliquery.txt -p blastp -d ecoli')Для полного списка допустимых входных параметров для blastall NCBI функционируйте, убедитесь что blastall исполняемый файл расположен на вашем системном пути или текущей папке, затем введите следующее в командной строке своей системы.
blastall -
Следующие примеры принимают, что у вас есть файл нуклеотида FASTA и файл аминокислоты FASTA для E. coli, такого как файлы NC_004431.fna и NC_004431.faa, сохраненный в вашу текущую папку MATLAB.
Создайте локальные blastable базы данных из NC_004431.fna и NC_004431.faa Файлы FASTA при помощи blastformat функция.
blastformat('inputdb', 'NC_004431.fna', 'protein', 'false');
blastformat('inputdb', 'NC_004431.faa');Используйте getgenbank функция, чтобы получить информацию о последовательности для E. coli оперон треонина от базы данных GenBank®.
S = getgenbank('M28570');Создайте файл запроса при помощи fastawrite функция, чтобы создать файл с именем FASTA query_nt.fa от этой информации о последовательности, с помощью только инвентарный номер в качестве заголовка.
S.Header = S.Accession;
fastawrite('query_nt.fa', S);Используйте синтаксис MATLAB, чтобы представить последовательность запроса в query_nt.fa Файл FASTA для поиска BLAST локальной базы данных NC_004431.faa аминокислоты. Задайте программу BLAST blastx. Возвратите результаты поиска BLAST в results, структура MATLAB.
results = blastlocal('inputquery', 'query_nt.fa',...
'database', 'NC_004431.faa',...
'program', 'blastx');Если вы уже не сделали так, создайте локальные blastable базы данных и файл запроса, аналогичный описанному ранее.
Используйте blastall синтаксис, чтобы представить последовательность запроса в query_nt.fa Файл FASTA для поиска BLAST локальной базы данных NC_004431.fna нуклеотида. Задайте программу BLAST blastn и значение ожидания 0.0001. Возвратите результаты поиска BLAST в results, структура MATLAB.
results = blastlocal('-i query_nt.fa -d NC_004431.fna ...
-p blastn -e 0.0001');Если вы уже не сделали так, создайте локальные blastable базы данных и файл запроса, аналогичный описанному ранее.
Представьте последовательность запроса в query_nt.fa Файл FASTA для поиска BLAST локальной базы данных NC_004431.fna нуклеотида. Задайте программу BLAST blastn и табличный формат выравнивания. Сохраните содержимое BLAST, сообщают файлу с именем о myecoli_nt.txt.
blastlocal('inputquery', 'query_nt.fa',...
'database', 'NC_004431.fna', 'tofile',...
'myecoli_nt.txt', 'blastargs', '-p blastn -m 8');[1] Altschul, S.F., Gish, W., Миллер, W., Майерс, E.W., и Липмен, D.J. (1990). Основное локальное средство поиска выравнивания. J. Молекулярная масса Biol. 215, 403–410.
[2] Altschul, S.F., Раздражайте, T.L., Шеффер, A.A., Чжан, J., Чжан, Z., Миллер, W., и Липмен, D.J. (1997). Содержащий разрывы BLAST и PSI-BLAST: новое поколение базы данных белка ищет программы. Нуклеиновые кислоты Res. 25, 3389–3402.
blastformat | blastncbi | blastread | blastreadlocal | getblast