getancestors

Класс: geneont

Найдите условия, которые являются предками заданного понятия Генной онтологии (GO)

Синтаксис

AncestorIDs = getancestors(GeneontObj, ID) [AncestorIDs, Counts] = getancestors(GeneontObj, ID) ... = getancestors(..., 'Height', HeightValue, ...) ... = getancestors(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) ... = getancestors(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...)

Описание

AncestorIDs = getancestors(GeneontObj, ID) поисковые запросы GeneontObj, объект geneont, для ИДУТ условия, которые являются предками ПОЙТИ термина (терминов), заданного ID, который является ПОЙТИ идентификатором термина или вектором идентификаторов. Это возвращает AncestorIDs, вектор ИДЕТ идентификаторы термина включая ID. ID неотрицательное целое число или вектор, содержащий неотрицательные целые числа.

[AncestorIDs, Counts] = getancestors(GeneontObj, ID) также возвращает число раз, которым найден каждый предок. Counts вектор-столбец с тем же числом элементов как условия в GeneontObj.

Совет

Counts возвращаемое значение полезно, когда вы соответствуете количествам в генных исследованиях обогащения. Для получения дополнительной информации смотрите Генное Обогащение Онтологии в Микроданных массива.

... = getancestors (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы getancestors с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = getancestors(..., 'Height', HeightValue, ...) поисковые запросы через конкретное количество уровней, HeightValue, в генной онтологии. HeightValue положительное целое число. Значением по умолчанию является Inf.

... = getancestors(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) поиски заданных типов связей, RelationtypeValue, в генной онтологии. RelationtypeValue вектор символов. Выбором является 'is_a', 'part_of', или 'both' (значение по умолчанию).

... = getancestors(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...) средства управления, исключая ID, исходный запрошенный термин (термины), от выхода AncestorIDs, если термин не был достигнут при поиске генной онтологии. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Входные параметры

`GeneontObj`	Объект geneont, такой, как создано `geneont` функция конструктора.
`ID`	ПОЙДИТЕ идентификатор термина или вектор идентификаторов.
`HeightValue`	Положительное целое число, задающее количество уровней, чтобы искать вверх в генной онтологии.
`RelationtypeValue`	Вектор символов, задающий типы связей, чтобы искать в генной онтологии. Выбор: `'is_a'` `'part_of'` `'both'` (значение по умолчанию)
`ExcludeValue`	Средства управления, исключая `ID`, исходный запрошенный термин (термины), от выхода `AncestorIDs`, если термин не был достигнут при поиске генной онтологии. Выбором является `true` или `false` (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

`AncestorIDs`	Вектор ИДЕТ идентификаторы термина включая `ID`.
`Counts`	Вектор-столбец с тем же числом элементов как условия в `GeneontObj`, указание на число раз каждый предок найдено.

Примеры

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont ^{в MATLAB}.
```
GO = geneont('LIVE', true)
```
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество условий в базе данных.
```
Gene Ontology object with 24316 Terms.
```

Получите предков Генного понятия Онтологии с идентификатором 46680.

ancestors = getancestors(GO,46680)

ancestors =
        8150
        9636
       17085
       42221
       46680
       50896

Создайте зависимую Генную Онтологию.
```
subontology = GO(ancestors)

Gene Ontology object with 6 Terms.
```

Создайте и отобразите отчет зависимых Генных условий Онтологии, который включает ПОЙТИ идентификатор и имя.

rpt = get(subontology.terms,{'id','name'})

    [ 8150]    'biological_process'
    [ 9636]    'response to toxin' 
    [17085]             [1x23 char]
    [42221]             [1x29 char]
    [46680]    'response to DDT'   
    [50896]             [1x20 char]

Просмотрите отношения зависимой Генной Онтологии при помощи getmatrix метод, чтобы создать матрицу связи, чтобы передать biograph функция.
```
cm = getmatrix(subontology);
BG = biograph(cm, get(subontology.terms, 'name'));
view(BG)
```

Смотрите также

goannotread | num2goid | term

Документация