Суперклассы:
Содержите аннотации Формата переноса генов (GTF)
GTFAnnotation класс содержит аннотации для одной или нескольких ссылочных последовательностей, соответствуя формату файла GTF.
Вы создаете GTFAnnotation объект из отформатированного GTF файла. Каждый элемент в объекте представляет аннотацию. Используйте свойства объектов и методы, чтобы отфильтровать аннотации функцией, ссылочной последовательностью или ссылочным положением последовательности. Используйте методы объекта извлечь данные для подмножества аннотаций в массив структур.
Annotobj =
GTFAnnotation(File)Annotobj, GTFAnnotation объект, от File, отформатированный GTF файл.
|
Вектор символов или строка, задающая отформатированный GTF файл. |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена доступных полей данных для каждой аннотации в |
|
Целочисленное количество определения аннотаций в |
| getData | Создайте структуру, содержащую подмножество данных из GTFAnnotation объект |
| getExons | Возвратите таблицу экзонов от GTFAnnotation объект |
| getFeatureNames | Получите имена уникальной функции из GTFAnnotation объект |
| getGeneNames | Получите уникальные названия генов из GTFAnnotation объект |
| getGenes | Возвратите таблицу уникальных генов в GTFAnnotation объект |
| getIndex | Возвратите массив индекса аннотаций от GTFAnnotation объект |
| getRange | Получите область значений аннотаций от GTFAnnotation объект |
| getReferenceNames | Получите ссылочные имена из GTFAnnotation объект |
| getSegments | Возвратите таблицу неперекрывающихся сегментов от GTFAnnotation объект |
| getSubset | Создайте объект, содержащий подмножество элементов от GTFAnnotation объект |
| getTranscriptNames | Получите уникальные имена расшифровки стенограммы из GTFAnnotation объект |
| getTranscripts | Возвратите таблицу уникальных расшифровок стенограммы в GTFAnnotation объект |
Значение. Чтобы изучить, как классы значения влияют на операции копии, смотрите Копирование Объектов (MATLAB).
GTFAnnotation объекты поддерживают точку. индексация, чтобы извлечь свойства.
Создайте GTFAnnotation объект из отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™:
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf')GTFAnnotObj =
GTFAnnotation with properties:
FieldNames: {1x11 cell}
NumEntries: 308