Оцените изоэлектрическую точку для последовательности аминокислот
pI = isoelectric(SeqAA)
[pI Charge] = isoelectric(SeqAA)
isoelectric(..., 'PropertyName', PropertyValue,...)
isoelectric(..., 'PKVals', PKValsValue)
isoelectric(..., 'Charge', ChargeValue)
isoelectric(..., 'Chart', ChartValue)
SeqAA | Последовательность аминокислот. Введите вектор символов, строку или вектор целых чисел из таблицы Mapping Amino Acid Letter Codes to Integers. Примеры: 'ARN' или [1 2 3]. |
PKValsValue | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла PK, содержащего таблицу pK значений для аминокислот, который.isoelectric использование, чтобы оценить изоэлектрическую точку (pI) из последовательности аминокислот. Для примера формата файла PK введите edit Emboss.pK в командной строке MATLAB®. |
ChargeValue | Свойство выбрать определенный pH для оценки заряда. Введите номер между 0 и 14. Значением по умолчанию является 7.2. |
ChartValue | Управляет графическим выводом графика заряда по сравнению с pH. Введите true или false. |
pI = isoelectric(SeqAA)pI) для последовательности аминокислот с помощью следующих pK значений:
N_term 8.6 K 10.8 R 12.5 H 6.5 D 3.9 E 4.1 C 8.5 Y 10.1 C_term 3.6
Изоэлектрическая точка является pH, на уровне которого белок имеет чистый заряд нуля.
[ возвращает предполагаемую изоэлектрическую точку (pI Charge] = isoelectric(SeqAA)pI) поскольку последовательность аминокислот и предполагаемое взимают за данный pH (значением по умолчанию является типичный внутриклеточный pH 7.2).
Оценки скашиваются базовыми предположениями, что все аминокислоты полностью отсоединены растворителю, что соседние пептиды не имеют никакого влияния на pK никакой данной аминокислоты, и что конститутивные аминокислоты, а также N-и C-конечные-остановки, не модифицированы. Остатки цистеина, участвующие в двусернистых мостах также, влияют на истинное пи и не рассматриваются здесь. По умолчанию, isoelectric использует РЕЛЬЕФНУЮ аминокислоту pK таблица, или можно заменить другими значениями с помощью свойства PKVals.
Если последовательность содержит неоднозначные символы аминокислоты (b z * –), isoelectric игнорирует символы и отображает предупреждающее сообщение.
Warning: Symbols other than the standard 20 amino acids appear in the sequence.
Если последовательность содержит неопределенные символы аминокислоты (i j o), isoelectric игнорирует символы и отображает предупреждающее сообщение.
Warning: Sequence contains unknown characters. These will be ignored.
isoelectric(..., ' задает дополнительные свойства с помощью имени свойства / пары значения.PropertyName', PropertyValue,...)
isoelectric(..., 'PKVals', использование pK значения сохранено в PKValsValue)PKValValues, файл PK, чтобы оценить изоэлектрическую точку (pI) из последовательности аминокислот. Для примера формата файла PK введите edit Emboss.pK в командной строке MATLAB.
isoelectric(..., 'Charge', возвращает предполагаемый заряд последовательности для данного pH (ChargeValue)ChargeValue).
isoelectric(..., 'Chart', когда ChartValue)ChartValue true, возвращает график, строящий заряд белка по сравнению с pH растворителя.
% Get a sequence from PDB.
pdbSeq = getpdb('1CIV', 'SequenceOnly', true)
% Estimate its isoelectric point.
isoelectric(pdbSeq)
% Plot the charge against the pH for a short polypeptide sequence.
isoelectric('PQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGGWGQGGSHSQG', 'CHART', true)
% Get the Rh blood group D antigen from NCBI and calculate
% its charge at pH 7.3 (typical blood pH).
gpSeq = getgenpept('AAB39602')
[pI Charge] = isoelectric(gpSeq, 'Charge', 7.38)