ntdensity
Постройте плотность нуклеотидов вдоль последовательности
Синтаксис
ntdensity(SeqNT)
Density = ntdensity(SeqNT)
... = ntdensity(..., 'Window', WindowValue,
...)
[Density, HighCG]
= ntdensity(..., 'CGThreshold', CGThresholdValue,
...)
Аргументы
SeqNT | Одно из следующего:
ПримечаниеНесмотря на то, что можно представить последовательность с нуклеотидами кроме |
WindowValue | Значение, которое задает длину окна для вычисления плотности. Значением по умолчанию является |
CGThresholdValue | Управляет возвратом индексов для областей где |
Описание
ntdensity( строит плотность нуклеотидов SeqNT)ACG, и T в последовательности SeqNT.
Density = ntdensity(SeqNT)ACG, и T.
... = ntdensity ( вызовы SeqNTPropertyName ', PropertyValue, ...)ntdensity с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = ntdensity(..., 'Window', использует окно длины WindowValue,
...)WindowValue для вычисления плотности. WindowValue по умолчанию длина (.SeqNT)/20
[ возвращает индексы для областей где Density, HighCG]
= ntdensity(..., 'CGThreshold', CGThresholdValue,
...)CG содержимое SeqNT больше CGThresholdValue. CGThresholdValue по умолчанию 5.
Примеры
Создайте случайный вектор символов, чтобы представлять последовательность нуклеотида.
s = randseq(1000, 'alphabet', 'dna');
Постройте плотность нуклеотидов вдоль последовательности.
ntdensity(s)
Смотрите также
basecount | codoncount | cpgisland | dimercount | filter